病毒学报

肠道病毒D68型流行基因型高灵敏通用型Real-time RT-PCR检测方法建立及应用

2023年河南省急性弛缓性麻痹病例中非脊髓灰质炎肠道病毒病原学及流行病学分析

2018-2023年新余地区手足口病流行特征及其CVA6型病毒分子特征研究

MPXV的流行动态、遗传演化分支及其公共卫生安全挑战

猴痘病毒对雌兔和雄兔致病差异研究

湖北省鄂州市城乡活禽市场H9N2亚型禽流感病毒HA和NA基因生物学特征分析

为了解2024年鄂州市城乡活禽市场H9N2亚型禽流感病毒的遗传变异特征及进化规律，本研究采集活禽市场外环境标本，开展H9N2亚型禽流感病毒核酸检测，对阳性标本进行病毒分离，并测定分离毒株的HA和NA基因序列，运用生物信息学软件分析其基因特征。系统进化树和核苷酸相似性分析表明，2株分离株的HA和NA基因分别归属于h9.4.2.5c分支和1.2分支，与早期毒株的核苷酸相似性分别为85.57%～91.83%和85.51%～89.29%。氨基酸序列关键位点分析发现，HA蛋白裂解位点为PSRSSR↓GLF，表明其属于低致病性禽流感病毒，且受体结合位点出现T155N、S158N、F/A160N等突变；NA蛋白茎部缺失63～65位的3个氨基酸(TEI)，红细胞366-373结合位点发生K/E/S368N、D369N突变，而与NA蛋白耐药性相关的位点未发生突变。进化速率估算结果显示，HA基因平均进化速率为2.479×10^-3替代/位点/年，NA基因平均进化速率为1.573×10^-3替代/位点/年，其最近共同祖先估算时间分别在2003年和2009年，说明HA基因比NA基因进化更为活跃。研究结果提示，2024年从鄂州市城乡活禽市场外环境分离的H9N2亚型禽流感病毒HA和NA基因检测到部分关键位点突变，这些突变可能增强了病毒对哺乳动物的适应性，在进化过程中存在潜在的跨宿主传播风险，需持续加强对该病毒分子进化的监测，以便评估其公共卫生威胁，为防控策略的制定提供科学依据。

2023-2024年新疆乙型Victoria系流感病毒血凝素基因特征分析

为分析新疆2023-2024年乙型Victoria系流感病毒血凝素基因特征，本文从新疆15家国家级流感监测网络实验室分离上送的BV系流感毒株中随机选取14株，进行二代全基因组序列测定。通过生物信息学软件MEGA X、BioEdit、ChiPot、NetNGlyc 1.0 Services进行基因序列特征及同源性分析。2023-2024年度共监测流感毒株14份，抗原性分析显示，所有毒株均为B/Austria/1359417/2021(BV)疫苗株的类似株，未检测到低反应株；与疫苗株相比，核苷酸同源性为98.8%～99.5%，氨基酸同源性为99.4%～99.8%;14株BV系流感毒株HA基因与疫苗亲缘关系极高，均以162-164位三缺失为主要分支特征，共同归属于V1A.3a.2分支；共2个位点发生氨基酸变异，分别为E128D(11/14)和E183K(11/14)，仅E128D位点处于120环，属于关键位点变异；所有流感毒株均未发现糖基化位点的置换变异。2023-2024年新疆BV系流感毒株与疫苗株进化起源相同，未发现新的变异株，提示该组分疫苗匹配性好，但仍发现潜在的非关键位点的变异，故今后仍需加强流感监测工作，为BV系流感病毒的分子进化规律以及流行病学监测提供研究基础。

湖北省手足口病重症病例发生风险与年龄的定量分析

年龄的连续性变化对手足口病重症病例发生风险尚不清楚。本研究选取2009～2018年湖北省10岁及以下共104 384例手足口病病例进行探讨。以是否为重症病例为因变量，控制性别、地区、病原学类型、发病至就诊时间、人群分类、发病年份及月份等协变量，将年龄作为主要自变量，采用限制性立方样条(restricted cubic spline,RCS)函数进行分析，并开展不同性别和病原学类型的亚组分析。结果显示，重症病例1 150例，重症率为1.10%。RCS模型提示年龄是重症发生的重要影响因素(χ²=1426.32,P<0.001)，且与重症发生风险之间存在非线性关系(χ²=3.43,P=0.064)。重症发生风险总体随年龄增长而下降(AAPC=—13.71%,95%CI:—13.79%～—13.64%)，分段对数线性回归拟合发现拐点年龄为2.66岁(95%CI:2.61～2.70岁)，其中2.66岁前后重症手足口病发生风险APC依次为—23.69%(95%CI:—24.02%～—23.35%)、—8.51%(95%CI:—8.59%～—8.42%)。亚组分析显示，男性(χ²=4.31,P=0.038)和EV-A71型(χ²=3.59,P=0.058)病例中，年龄对重症风险同样存在非线性效应，趋势与总体一致；而CVA16型(OR=0.93,95%CI:0.68～1.24)、其他肠道病毒(OR=0.95,95%CI:0.77～1.15)年龄对重症风险无显著影响。研究表明，年龄与手足口病重症风险之间存在总体下降的非线性剂量-反应关系，关键拐点为2.66岁，提示应重点关注低龄儿童，特别是2.66岁以下的EV-A71型感染患儿的病情进展。

2022-2024年新疆生产建设兵团甲型H3N2流感病毒进化与基因特征分析

分析新疆生产建设兵团（简称新疆兵团）2022-2024年甲型H3N2亚型流感病毒抗原性变异及耐药情况。本文采集哨点医院流感样病例咽拭子标本进行病毒分离，选取病毒血凝效价≥8的毒株，利用二代测序技术对病毒株进行全基因组测序后通过生物信息学软件MEGA分析基因进化特征，同时分析病毒HA抗原决定簇和NA基因氨基酸位点变化情况，对其进行基因进化同源性和三维建模分析。新疆兵团2022-2024年甲型H3N2亚型流感病毒株均位于3C.2a1b.2a.2a.3a.1分支，与WHO 2022-2023年发布的疫苗株A/Darwin/6/2021亲缘关系较近，HA基因抗原决定簇上存在9处不同的氨基酸突变位点。NA基因共存在27个氨基酸突变位点，但是均不在NA酶活性位点，推测不会产生相关的耐药性。全基因组其余6个片段序列相似性为95.2%-100%，均位于相应分支无重配现象。2022-2024年度新疆兵团H3N2亚型流感病毒与WHO 2022-2023年发布的疫苗株对比发生了部分变异，还需持续做好流感病毒抗原性和耐药监测工作，及时掌握流感病毒基因特性情况，为本地区流感病毒防控提供科学依据。

人乳头状瘤病毒与喉咽鳞癌血清指标及预后相关性研究

为研究人乳头瘤状病毒（Human papillomavirus,HPV）与喉咽鳞状细胞癌患者血清MCM2、MCM3水平及预后的相关性，本研究选取我院2018年1月～2021年9月收治的喉咽鳞状细胞癌患者125例，按照是否感染HPV分为HPV阳性组（83例）及HPV阴性组（42例）。检测患者血清微染色体维持蛋白2(MCM2)、微染色体维持蛋白3(MCM3)水平。收集记录患者年龄、性别、肿瘤大小、临床分期、淋巴结转移等临床资料。随访3年，记录患者生存情况。采用cox回归分析患者随访3年内死亡的危险因素，采用受试者工作曲线（ROC）评估HPV感染、血清MCM2水平、血清MCM3水平预测患者生存情况的价值。结果显示，HPV阳性组血清MCM2、MCM3水平均高于HPV阴性组（P<0.05）。HPV阳性组临床分期Ⅲ～Ⅳ期比例、淋巴结转移患者比例高于HPV阴性组（P<0.05）。随访3年HPV阳性组和HPV阴性组累积生存率分别为66.67%和45.78%。HPV感染与喉咽鳞状细胞癌患者血清MCM2、MCM3水平及随访3年内死亡呈正相关（P<0.05）。临床分期Ⅲ～Ⅳ期、淋巴结转移、HPV感染、血清MCM2水平、血清MCM3水平为喉咽鳞状细胞癌患者随访3年内死亡的独立影响因素（P<0.05）。HPV感染、血清MCM2水平、血清MCM3水平、三种指标联合预测喉咽鳞状细胞癌患者随访3年内死亡的曲线下面积（AUC）分别为0.593、0.822、0.825、0.921，约登指数分别为0.209、0.499、0.560、0.709。HPV感染与喉咽鳞状细胞癌患者血清MCM2、MCM3水平及预后不良相关，HPV感染、血清MCM2水平、血清MCM3水平对喉咽鳞状细胞癌患者预后具有一定预测价值，联合评估效能更高。

含P_RP_L启动子的原核高效表达载体的组建及其应用

我们组建了一个含P_RP_L自动子的原核高效表达载体,它同时含有cI调控基因、多酶切点和两个强的转录终止序列。带起始密码子ATG的外源基因可以插入启动子下游的多酶切点,表达非融合蛋白,产品可供临床使用。我们实验室已用它成功地表达了人γ干扰素、人白细胞介素-2和人肿瘤坏死因子等,表达量均占菌体总蛋白的20％以上。

鸡的J亚群白血病病毒的分离及部分序列比较

通过接种鸡胚成纤维细胞、聚合酶链式反应 (PCR)技术及特异性单抗的间接荧光抗体反应 (IFA) ,从某大型肉用型种鸡场的疑似J亚群白血病的病鸡中 ,以及 2 5个临床健康的商品代肉鸡群的 2群中 ,分离鉴定出J亚群禽白血病病毒 (ALV J)。在用抗ALV Jgp85单克隆抗体JE9的IFA中 ,来自病鸡群的两株病毒SD990 1和SD990 2呈强阳性反应 ,来自临床健康肉鸡群的YZ990 1和YZ990 2株呈弱阳性反应。对YZ990 1株和SD990 2株的PCR产物直接测序结果表明 ,这二个中国株的囊膜蛋白 gp85的氨基酸组成与原型株HPRS 10 3及美国分离株ADOL Hcl有 89%～ 93%的同源性 ,它们相互间的同源性是 92 %。其 3′端LTR区与原型株HPRS 10 3则有 95 %～ 97%的同源性 ,但中国的两株病毒在紧靠 3′端LTR的“E”成分中 ,出现了一个 139个碱基的缺失性突变 ,而代之以一个 11个碱基的插入序列。

在我国腹泻患儿中发现诺瓦克样病霉感染

诺瓦克病毒是引起无菌性急性胃肠炎爆发的重要病原。１９９０年１０月至１９９１年１月从河南省急性腹泻门诊患儿便样中发现了诺瓦克样病毒。经电镜观察，病毒直径约为２８ｎｍ，病毒壳似由有结构的亚单位组成，进一步用诺瓦克病毒特异的寡核苷酸引物做逆转录一聚合酶链式反应（ＲＴ－ＰＣＲ），检定为阳性。由ＰＣＲ产物测得的核苷酸序列与诺瓦克病毒原型株相应序列比较，同源性为７２％。以上结果证实，在我国腹泻病人中有诺瓦克样病毒感染。这对我国病毒性胃肠炎流行的防治研究具有重要意义。

肠道病毒71型的RT-PCR诊断及基因特征

2002～2003年从上海市和重庆市手足口病患儿的疱液标本中分离到10株病毒,其中上海9株,重庆1株。利用两对分别针对EV71和Cox.A16病毒VP1区的特异性引物,用RT PCR方法对病毒进行初步鉴别。根据PCR所用引物及PCR扩增出的产物片段大小不同,可初步判定出EV71和Cox.A16病毒的血清型别。RT PCR结果提示,上海分离到的9株病毒中,有2株为EV71,其余7株病毒为Cox.A16;重庆分离到的1株病毒为EV71。10株病毒的RT PCR产物经序列测定和分析证实,PCR定型结果正确,说明PCR法具有很高的特异性,可作为EV71初步鉴定的首选方法。对所分离的3株EV71病毒进行VP1区编码基因全序列的测定和遗传学分析,通过同源性比较和构建系统发生树发现,此3株EV71病毒和中国大陆已发表的7株EV71病毒(SHZH03、SHZH98、SH F1、SH F2、SH H25、SH H26和CHN 87)全部属于C基因型,与该型代表株比较,同源性为89 3%～94 6%;与A、B基因型代表株比较,同源性为81 3%～84 0%,差异较大。在C基因型中,此3株EV71病毒和中国大陆先前分离的6株病毒(SHZH03、SHZH98、SH F1、SH F2、SH H25、SH H26)的同源性较高,在94 5%～100%范围内。在系统发生树上,这9株病毒形成一个较独立的分支。与CHN 87株的同源性在92 1%～93 6%之间。与已知的C1、C2、C3亚型代表株比较,同源

我国地方品种鸡分离到的一个禽白血病病毒新亚群的鉴定

为探明我国地方品种鸡群禽白血病病毒(Avian leukosis virus,ALV)的特点,通过接种DF-1细胞及细胞培养上清液p27抗原的检测,从芦花鸡中分离得到三株外源性ALV禽白血病病毒,分别是JS11C1、JS11C2和JS11C3,并对其进行亚群鉴定分析。用PCR方法扩增env基因测序,并与已知鸡源各亚群ALV的囊膜蛋白(gp85)作氨基酸同源性比较。这三株ALV的env基因的gp85大小为1 005bp,编码335个氨基酸;env基因的gp37大小为609bp,编码203个氨基酸。三个毒株之间gp85的同源性为91.9%～97.0%。与A、B、C、D和E五个经典亚群在GenBank中已发表的18个毒株的gp85的同源性仅在77.7%～84.6%间,显著低于鸡群中常见的A、B、E各亚群内的同源性范围(分别为88.2%～98.5%,91.6%～98.8%和97.9%～99.4%),而与J亚群参考株的同源性更是只有34.2%～36.5%。上述结果表明,芦花鸡分离到的三株病毒可能是不同于鸡源ALV已知6个亚群的一个新亚群,按国际上对ALV亚群分类的习惯,初步将其定名为K亚群。

新冠病毒SARS-CoV-2的感染机制研究进展

由新型冠状病毒(SARS-CoV-2)引起的冠状病毒病2019(COVID-19)作为一种新发传染病,已经蔓延到全世界的多个国家和地区,被WHO判定为全球大流行病(Pandemic disease),引发了严重的公共卫生安全问题。自SARS-CoV-2出现以来,病毒溯源和中间宿主等问题得到了民众的广泛关注,虽然只有约2%的感染者有野生动物接触史,但科学家普遍认为SARS-CoV-2是一种来自野生动物的病毒。病毒的跨种属传播十分困难,而且往往会引起新宿主的高病死率,但SARS-CoV-2被发现以来,表现出对人类机体已经有了很好的适应性,具有传播能力强和病死率较低的特性,这与之前发现的引起新发、突发传染病的大多数病毒有所不同。因此,本文对SARS-CoV-2的病原学,功能受体和基因组进化等方面的研究进展进行综述,以期为SARS-CoV-2的溯源提供新的视角。

新型冠状病毒肺炎的疫情趋势预测

2019年12月以来,湖北省武汉市部分医院陆续发现了多例不明原因肺炎病例,现已证实为新型冠状病毒肺炎(Coronavirus disease 2019,COVID-19)。全国各地采取了前所未有的措施,大力开展疾病救治和防疫工作。本文收集中国国家卫生健康委员会公布的官方统计数据预测疫情走向。传统SEIR模型中仅考虑病例和处于潜伏期的感染者,病例具有传染性而潜伏者无传染性;事实上,新冠肺炎确诊患者在医院中隔离无法对外界易感人群造成感染,有研究表明处于潜伏期的感染者可能具有传染性。因此,本研究提出了改进的传染病传播模型—ISEIR,将患者分为未收治的发病患者(具有传染性)和已收治的确诊患者(不考虑传染性),并考虑处于潜伏期的感染者具有传染性;以历史数据动态拟合模型参数,来摆脱固定参数的局限性。在数据预处理中根据每日有效再生数的概率分布将2020年2月12至14日这三天的临床诊断数据进行预处理,摊入到前期数据中。疫情分成全国(湖北省外)和湖北省两大区域分别进行探讨,通过新模型ISEIR预测今后疫情的进一步发展,并计算每日的有效再生数变化。结果显示,湖北省的有效再生数从3.108逐渐降低,2020年4月19日所有患者将全部治愈出院,累计确诊患者为66 487人;全国(湖北省外)的初始有效再生数为1.929,小于湖北省,2020年3月26日所有患者全部治愈,累计确诊患者13 270人。从结果中可以发现,在严格的防控措施下疫情得到了有效抑制,验证了目前防控措施的有效性,但仍需要防止复工潮引起的疫情反弹。

新型冠状病毒（2019-nCoV）治疗药物体内外研究及药物研发进展

2019年12月以来,中国湖北省武汉市陆续发现了多例新型冠状病毒感染的肺炎患者,随着疫情的蔓延,中国其他地区及境外也相继发现了此类病例。2020年1月12日,世界卫生组织(WHO)将该新病毒暂定命名为2019新型冠状病毒(2019-nCoV)。2019-nCoV是继SARS冠状病毒(SARS-CoV)、MERS冠状病毒(MERS-CoV)之后发现的一种具有高传染性且可以引起重症呼吸道疾病的新型病毒,临床尚无特效治疗药物。本文结合临床治疗、体内外的研究对相关指南推荐的治疗药物及药物研发进展进行综述,旨在为2019-nCoV病毒感染的肺炎患者的临床治疗提供借鉴。

2019新型冠状病毒的研究进展

自2019年12月以来,新型冠状病毒SARS-CoV-2引发的肺炎疫情在中国武汉暴发,随后疫情迅速蔓延,扩散至中国其它各省市。新型冠状病毒属于β冠状病毒属,与SARS-CoV和MERS-CoV近缘但有较大区别,尤其是刺突蛋白(Spike,S),根据序列相似性推断可能来源于蝙蝠,使用与SARS-CoV相同的血管紧张素转化酶Ⅱ(Angiotensin-converting enzyme Ⅱ,ACE2)受体进入细胞,以飞沫和接触传播为主要传播途径,缺乏有效药物治疗和疫苗是疫情防控的挑战。

埃博拉病毒侵染细胞机制的研究进展

埃博拉病毒能在人类和非人灵长类中引起严重的埃博拉出血热,病死率可高达90%,并且目前还没有针对埃博拉病毒有效的疫苗或者是治疗手段。面对埃博拉病毒带来的挑战,针对埃博拉病毒的相关研究已经成为病毒学的热点问题。其中,关于埃博拉病毒侵染细胞机制的科学研究对于开发病毒疫苗以及新型治疗药物有非常关键的作用。因此,本综述拟就埃博拉病毒侵染细胞机制方面的研究进展进行总结。