病毒学报

全球戊型肝炎的预防控制—进展及挑战

猴痘Ⅰ型毒株疫情流行新态势及其公共卫生风险应对策略与建议

新型冠状病毒主蛋白酶M49L及T93I突变体多维生化性质表征

新冠病毒感染和疫苗接种人群血清中和SARS样冠状病毒效果研究

甲型H3N2亚型流感病毒重配疫苗株产量评估与基因特性研究

2021-2022中国12省5岁以下人星状病毒分子流行病学特征研究

为了解2021-2022年我国5岁以下儿童中病毒性急性胃肠炎患者HAstV的分子特征及遗传进化规律。对1236份5岁以下急性胃肠炎住院或门诊患儿粪便样本采用实时荧光法筛查HAstV，在HAstV阳性样本中随机选择30例用RT-PCR法扩增并送公司测序，测序成功的HAstV序列利用生物信息学分析软件GenBank、BioAider、MEGA11.0、DNASTAR和BEAST软件对其进行基因分型、遗传进化及贝叶斯分析。2021-2022年我国HAstV阳性率为4.05%(50/1 236)，测序获得24条基因序列，鉴定结果显示，HAstV-1为主要基因型（66.67%），其次为HAstV-4(20.83%),HAstV-5(8.33%)和HAstV-2(4.16%)。HAstV-1平均进化率约为6.3×10-4(HPD95%2.2×10-4～1.1×10-3)替换/位点/年；HAstV-4平均进化率约为7.5×10-4(HPD95%4.9×10-4～1.0×10-3)替换/位点/年。本研究显示，2021-2022年我国HAstV基因型别多样，HAstV-1和HAstV-4占比较高且进化速率低。本研究了解我国HAstV的遗传变异情况，为今后病毒防控和疫苗的研发提供一定的基础数据。

2022年山东省济南市某医院DBV的全基因组测序和遗传进化研究

本研究旨在探究2022年山东省济南市某医院大别班达病毒（Dabie bandavirus,DBV）的基因组特征和遗传变异规律。在山东省某医院采集6例疑似发热伴血小板减少综合征（Severe fever with thrombocytopenia syndrome,SFTS）患者的血样，提取DBV RNA并进行全基因组测序，将新获得的DBV序列与GenBank中山东省的DBV序列组成数据集；使用BioEdit进行同源性分析，识别氨基酸变异；IQ-TREE构建系统发育树，发掘潜在的重配毒株；RDP4和SimPlot筛选可能的重组事件；Datamonkey在线服务器分析选择压力。结果表明，新获得的6条DBV全基因组序列包含96个氨基酸突变，与GenBank中山东省DBV全基因组序列相比，其中15个是新发现的突变；四种DBV基因型（C1-C4）在山东省流行；本研究共鉴定出3种DBV重配类型和7个DBV重组事件；山东省DBV的四个基因在进化过程中均受到阴性选择压力影响。山东省DBV遗传多样性不断提高且进化机制复杂，需持续监测。

2018-2024年上海市人腺病毒B亚属全基因组序列特征分析

为了解上海市人腺病毒B亚属（Human adenovirus species B,HAdV-B）基因序列及遗传进化特征，为人腺病毒（Human adenovirus,HAdV）相关疾病防控及疫苗研发提供科学依据，本研究选取了13例2018-2024年上海市HAdV-B感染病例样本进行全基因组序列测定并获得全基因组序列，利用生物信息学软件分析基因序列特征，解析HAdV-B基因突变情况及进化规律。基于主要抗原蛋白六邻体（Hexon）、五邻体（Penton）、纤维突蛋白（Fiber）基因及全基因组的进化关系树显示，13株HAdV-B中9株为HAdV-3型，4株为HAdV-7型，HAdV-3型与HAdV-7型型别内核苷酸相似度均高达99.9%。系统发育进化树显示本研究中9株HAdV-3型上海株与国内的参考毒株聚集于同一分支；4株HAdV-7型上海株与国内流行的HAdV-7d属于同一亚分支。选取代表株进行核苷酸相似度及重组分析，其中HAdV-3型与2018年北京株（MW748657）相似度最高为99.97%,HAdV-7型与2019年广州株（MT350344）相似度最高为99.95%，代表株中均未发现有明显重组现象。应对HAdV-B的进化和变异进行持续性监测研究。

2017-2022年慈溪市腹泻患者中诺如病毒流行病学特征分析

为了解慈溪市腹泻患者中诺如病毒的流行病学特征及相关食品暴露风险，为预防诺如病毒的感染提供科学依据。本文采集2017-2022年慈溪市食源性疾病监测哨点医院腹泻病人相关信息，描述性统计分析诺如病毒的流行病学特征、临床症状及食品暴露风险，利用χ~2检验或Fisher精确检验分析组间差异，在2017-2022年慈溪市食源性疾病监测哨点医院共收治的2322例腹泻患者中，检出诺如病毒283例，综合检出率为12.19%。各年检出率依次为7.94%、9.55%、23.29%、13.77%、11.72%、6.72%。基因型以GⅡ型为主，占比95.41%。1～4月和10～12月检出率高于其余月份，为13.61%～36.23%。性别（χ~2=2.81,P=0.094）、年龄（χ~2=4.71,P=0.194）、地区（χ~2=1.10,P=0.294）、职业（χ~2=11.59,P=0.094）间差异无统计学意义。临床症状主要以水样便、粘液便、呕吐为主；偶见血样便、稀状便、腹痛、恶心、发热等，多见于0～6岁儿童。检出率较高的前三位暴露食品种类为多种食品、混合食品和饮料与冷冻饮品类，分别为33.33%(2/6）、19.61%(10/51）和18.42%(7/38）。可疑暴露食品的加工及包装方式包括预包装、餐饮服务业、家庭自制、散装和其他（指母乳喂养）5种，检出率分别为14.37%(118/821）、15.15%(15/99）、12.66%(79/624）、7.63%(9/118）和9.39%(62/660），差异有统计学意义（χ~2=11.71,P=0.020）。2017-2022年慈溪市诺如病毒感染以GⅡ型为主。检出率各年份存在差异，其中2019年最高。一年中呈现1～4月和10～12月两个流行高峰。人群普遍易感，需加强饮食健康宣传教育。

大别班达病毒的传播途径研究进展

大别班达病毒（Bandavirus dabieense,DBV）是一种人畜共感染的蜱媒病毒，可引起以发热、血小板减少和多器官功能障碍为主要临床表现的发热伴血小板减少综合征（Severe fever with thrombocytopenia syndrome, SFTS）。近十余年来，我国累计报告SFTS病例的省市自治区从5个增加到25个，病死率在5.2%～30%。此外，其他国家如泰国、日本、韩国、越南等也陆续报道了DBV感染。由于DBV的高病死率和传播途径多样性，SFTS对人类和动物的健康构成了严重威胁，增加了防控的复杂性。本文对DBV传播途径进行总结，以期为DBV的预防和控制提供新的方法和思路。

含P_RP_L启动子的原核高效表达载体的组建及其应用

我们组建了一个含P_RP_L自动子的原核高效表达载体,它同时含有cI调控基因、多酶切点和两个强的转录终止序列。带起始密码子ATG的外源基因可以插入启动子下游的多酶切点,表达非融合蛋白,产品可供临床使用。我们实验室已用它成功地表达了人γ干扰素、人白细胞介素-2和人肿瘤坏死因子等,表达量均占菌体总蛋白的20％以上。

鸡的J亚群白血病病毒的分离及部分序列比较

通过接种鸡胚成纤维细胞、聚合酶链式反应 (PCR)技术及特异性单抗的间接荧光抗体反应 (IFA) ,从某大型肉用型种鸡场的疑似J亚群白血病的病鸡中 ,以及 2 5个临床健康的商品代肉鸡群的 2群中 ,分离鉴定出J亚群禽白血病病毒 (ALV J)。在用抗ALV Jgp85单克隆抗体JE9的IFA中 ,来自病鸡群的两株病毒SD990 1和SD990 2呈强阳性反应 ,来自临床健康肉鸡群的YZ990 1和YZ990 2株呈弱阳性反应。对YZ990 1株和SD990 2株的PCR产物直接测序结果表明 ,这二个中国株的囊膜蛋白 gp85的氨基酸组成与原型株HPRS 10 3及美国分离株ADOL Hcl有 89%～ 93%的同源性 ,它们相互间的同源性是 92 %。其 3′端LTR区与原型株HPRS 10 3则有 95 %～ 97%的同源性 ,但中国的两株病毒在紧靠 3′端LTR的“E”成分中 ,出现了一个 139个碱基的缺失性突变 ,而代之以一个 11个碱基的插入序列。

在我国腹泻患儿中发现诺瓦克样病霉感染

诺瓦克病毒是引起无菌性急性胃肠炎爆发的重要病原。１９９０年１０月至１９９１年１月从河南省急性腹泻门诊患儿便样中发现了诺瓦克样病毒。经电镜观察，病毒直径约为２８ｎｍ，病毒壳似由有结构的亚单位组成，进一步用诺瓦克病毒特异的寡核苷酸引物做逆转录一聚合酶链式反应（ＲＴ－ＰＣＲ），检定为阳性。由ＰＣＲ产物测得的核苷酸序列与诺瓦克病毒原型株相应序列比较，同源性为７２％。以上结果证实，在我国腹泻病人中有诺瓦克样病毒感染。这对我国病毒性胃肠炎流行的防治研究具有重要意义。

肠道病毒71型的RT-PCR诊断及基因特征

2002～2003年从上海市和重庆市手足口病患儿的疱液标本中分离到10株病毒,其中上海9株,重庆1株。利用两对分别针对EV71和Cox.A16病毒VP1区的特异性引物,用RT PCR方法对病毒进行初步鉴别。根据PCR所用引物及PCR扩增出的产物片段大小不同,可初步判定出EV71和Cox.A16病毒的血清型别。RT PCR结果提示,上海分离到的9株病毒中,有2株为EV71,其余7株病毒为Cox.A16;重庆分离到的1株病毒为EV71。10株病毒的RT PCR产物经序列测定和分析证实,PCR定型结果正确,说明PCR法具有很高的特异性,可作为EV71初步鉴定的首选方法。对所分离的3株EV71病毒进行VP1区编码基因全序列的测定和遗传学分析,通过同源性比较和构建系统发生树发现,此3株EV71病毒和中国大陆已发表的7株EV71病毒(SHZH03、SHZH98、SH F1、SH F2、SH H25、SH H26和CHN 87)全部属于C基因型,与该型代表株比较,同源性为89 3%～94 6%;与A、B基因型代表株比较,同源性为81 3%～84 0%,差异较大。在C基因型中,此3株EV71病毒和中国大陆先前分离的6株病毒(SHZH03、SHZH98、SH F1、SH F2、SH H25、SH H26)的同源性较高,在94 5%～100%范围内。在系统发生树上,这9株病毒形成一个较独立的分支。与CHN 87株的同源性在92 1%～93 6%之间。与已知的C1、C2、C3亚型代表株比较,同源

我国地方品种鸡分离到的一个禽白血病病毒新亚群的鉴定

为探明我国地方品种鸡群禽白血病病毒(Avian leukosis virus,ALV)的特点,通过接种DF-1细胞及细胞培养上清液p27抗原的检测,从芦花鸡中分离得到三株外源性ALV禽白血病病毒,分别是JS11C1、JS11C2和JS11C3,并对其进行亚群鉴定分析。用PCR方法扩增env基因测序,并与已知鸡源各亚群ALV的囊膜蛋白(gp85)作氨基酸同源性比较。这三株ALV的env基因的gp85大小为1 005bp,编码335个氨基酸;env基因的gp37大小为609bp,编码203个氨基酸。三个毒株之间gp85的同源性为91.9%～97.0%。与A、B、C、D和E五个经典亚群在GenBank中已发表的18个毒株的gp85的同源性仅在77.7%～84.6%间,显著低于鸡群中常见的A、B、E各亚群内的同源性范围(分别为88.2%～98.5%,91.6%～98.8%和97.9%～99.4%),而与J亚群参考株的同源性更是只有34.2%～36.5%。上述结果表明,芦花鸡分离到的三株病毒可能是不同于鸡源ALV已知6个亚群的一个新亚群,按国际上对ALV亚群分类的习惯,初步将其定名为K亚群。

新冠病毒SARS-CoV-2的感染机制研究进展

由新型冠状病毒(SARS-CoV-2)引起的冠状病毒病2019(COVID-19)作为一种新发传染病,已经蔓延到全世界的多个国家和地区,被WHO判定为全球大流行病(Pandemic disease),引发了严重的公共卫生安全问题。自SARS-CoV-2出现以来,病毒溯源和中间宿主等问题得到了民众的广泛关注,虽然只有约2%的感染者有野生动物接触史,但科学家普遍认为SARS-CoV-2是一种来自野生动物的病毒。病毒的跨种属传播十分困难,而且往往会引起新宿主的高病死率,但SARS-CoV-2被发现以来,表现出对人类机体已经有了很好的适应性,具有传播能力强和病死率较低的特性,这与之前发现的引起新发、突发传染病的大多数病毒有所不同。因此,本文对SARS-CoV-2的病原学,功能受体和基因组进化等方面的研究进展进行综述,以期为SARS-CoV-2的溯源提供新的视角。

新型冠状病毒肺炎的疫情趋势预测

2019年12月以来,湖北省武汉市部分医院陆续发现了多例不明原因肺炎病例,现已证实为新型冠状病毒肺炎(Coronavirus disease 2019,COVID-19)。全国各地采取了前所未有的措施,大力开展疾病救治和防疫工作。本文收集中国国家卫生健康委员会公布的官方统计数据预测疫情走向。传统SEIR模型中仅考虑病例和处于潜伏期的感染者,病例具有传染性而潜伏者无传染性;事实上,新冠肺炎确诊患者在医院中隔离无法对外界易感人群造成感染,有研究表明处于潜伏期的感染者可能具有传染性。因此,本研究提出了改进的传染病传播模型—ISEIR,将患者分为未收治的发病患者(具有传染性)和已收治的确诊患者(不考虑传染性),并考虑处于潜伏期的感染者具有传染性;以历史数据动态拟合模型参数,来摆脱固定参数的局限性。在数据预处理中根据每日有效再生数的概率分布将2020年2月12至14日这三天的临床诊断数据进行预处理,摊入到前期数据中。疫情分成全国(湖北省外)和湖北省两大区域分别进行探讨,通过新模型ISEIR预测今后疫情的进一步发展,并计算每日的有效再生数变化。结果显示,湖北省的有效再生数从3.108逐渐降低,2020年4月19日所有患者将全部治愈出院,累计确诊患者为66 487人;全国(湖北省外)的初始有效再生数为1.929,小于湖北省,2020年3月26日所有患者全部治愈,累计确诊患者13 270人。从结果中可以发现,在严格的防控措施下疫情得到了有效抑制,验证了目前防控措施的有效性,但仍需要防止复工潮引起的疫情反弹。

新型冠状病毒（2019-nCoV）治疗药物体内外研究及药物研发进展

2019年12月以来,中国湖北省武汉市陆续发现了多例新型冠状病毒感染的肺炎患者,随着疫情的蔓延,中国其他地区及境外也相继发现了此类病例。2020年1月12日,世界卫生组织(WHO)将该新病毒暂定命名为2019新型冠状病毒(2019-nCoV)。2019-nCoV是继SARS冠状病毒(SARS-CoV)、MERS冠状病毒(MERS-CoV)之后发现的一种具有高传染性且可以引起重症呼吸道疾病的新型病毒,临床尚无特效治疗药物。本文结合临床治疗、体内外的研究对相关指南推荐的治疗药物及药物研发进展进行综述,旨在为2019-nCoV病毒感染的肺炎患者的临床治疗提供借鉴。

2019新型冠状病毒的研究进展

自2019年12月以来,新型冠状病毒SARS-CoV-2引发的肺炎疫情在中国武汉暴发,随后疫情迅速蔓延,扩散至中国其它各省市。新型冠状病毒属于β冠状病毒属,与SARS-CoV和MERS-CoV近缘但有较大区别,尤其是刺突蛋白(Spike,S),根据序列相似性推断可能来源于蝙蝠,使用与SARS-CoV相同的血管紧张素转化酶Ⅱ(Angiotensin-converting enzyme Ⅱ,ACE2)受体进入细胞,以飞沫和接触传播为主要传播途径,缺乏有效药物治疗和疫苗是疫情防控的挑战。

埃博拉病毒侵染细胞机制的研究进展

埃博拉病毒能在人类和非人灵长类中引起严重的埃博拉出血热,病死率可高达90%,并且目前还没有针对埃博拉病毒有效的疫苗或者是治疗手段。面对埃博拉病毒带来的挑战,针对埃博拉病毒的相关研究已经成为病毒学的热点问题。其中,关于埃博拉病毒侵染细胞机制的科学研究对于开发病毒疫苗以及新型治疗药物有非常关键的作用。因此,本综述拟就埃博拉病毒侵染细胞机制方面的研究进展进行总结。