- 宋明辉;赵林清;钱渊;朱汝南;邓洁;王芳;孙宇;田润;
为了解北京地区急性呼吸道感染儿童中人鼻病毒(HRV)-A、B、C型(尤其是HRV-C)的感染状况及分子生物学特征,本研究收集了2011年1月至12月急性呼吸道感染患儿呼吸道标本703例,采用半巢式PCR方法同时进行HRV-A、B、C检测,并对HRV阳性标本进行VP4/VP2衣壳蛋白编码区基因序列测定及进化树分析。结果显示703例标本中共有54例HRV检测阳性,总阳性检出率为7.7%(54/703);HRV感染的儿童中年龄在5岁以下的占94.4%(51/54);HRV检出率在毛细支气管炎患儿中最高(23.1%),其次是哮喘(20.0%)、肺炎(11.0%)、急性支气管炎(4.3%)、急性上呼吸道感染(4.1%)患儿;序列分析表明54例HRV检测阳性标本中25例为HRV-A(46.3%,25/54),8例为HRV-B(14.8%,8/54),21例为HRV-C(38.9%,21/54);HRV同一基因型内各核苷酸序列同源性为70.0%～100.0%,不同基因型间核苷酸序列同源性为55.5%～65.8%。上述结果提示,HRV是引起北京地区儿童急性呼吸道感染(尤其是下呼吸道感染)重要的病毒病原之一;HRV-C阳性检出率与HRV-A相近,较HRV-B高;HRV各个基因型间具有较高变异性。
2013年02期 v.29 97-105页 [查看摘要][在线阅读][下载 653K] [下载次数：425 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：30 ] |[阅读次数：3 ] - 常慧;伊瑶;赵敏;周为民;赵国霞;王慧娟;毕胜利;高基民;刘冰;谭文杰;
人冠状病毒NL63受体结合区蛋白是其免疫学诊断和疫苗研究的主要靶点,在受体吸附、病毒进入细胞及膜融合中起关键作用。本研究在E.coli系统中进行人冠状病毒NL63受体结合区(RBD)大、小蛋白的表达纯化,并对其进行免疫学鉴定。首先密码子优化设计合成了HCoV-NL63的RBD大片段(RL:232-684aa)与小片段(RS:476-616aa)的编码基因,并将其克隆进硫氧还蛋白表达载体pM48,构建了人冠状病毒NL63的受体结合区蛋白(RBD)大(RL)、小(RS)片段与硫氧还蛋白的融合表达质粒;转化E.coli BL21pLys S,利用IPTG进行诱导表达,用镍亲和层析对蛋白进行纯化,并以表达HCoV-NL63RL与RS蛋白的重组痘苗病毒免疫小鼠血清对重组蛋白进行免疫印迹鉴定。结果表明在37℃,0.8mM IPTG诱导4h时,蛋白表达量达到最高,融合蛋白主要以包涵体形式表达,纯化后纯度可达95%以上。Western blot显示,两个融合蛋白均与痘苗病毒(天坛株)表达的HCoV-NL63RL与RS蛋白免疫的小鼠血清发生特异性反应。本研究首次在国内用原核系统表达纯化并鉴定了人冠状病毒NL63受体结合区大小蛋白(RL和RS),为人冠状病毒NL63感染的免疫学检测与疫苗研究提供了基础。
2013年02期 v.29 106-111页 [查看摘要][在线阅读][下载 461K] [下载次数：439 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：2 ] |[阅读次数：3 ] - 江龙凤;甘霖;李珊山;冯艳艳;姜薇;段亚平;陈敬贤;王明丽;
为进一步了解我国不同地区流行的水痘—带状疱疹病毒(VZV)病毒株的基因型分布和分析代表性病毒株gE基因序列。于2010年12月至2011年6月期间,收集来自北京市、长春市、拉萨市和乌鲁木齐市4个地区水痘和带状疱疹患者的疱疹液拭子和皮肤痂片,共计18份。用单个核苷酸多态性(SNP)谱的方法确定病毒株的基因型。然后采用聚合酶链反应(PCR)方法扩增gE基因的全长片段,并进行测序分析。SNP分析显示18个病毒株的基因型共为4种,其中有7株属于clade2遗传支,1株属于clade3遗传支,4株为clade5遗传支。另有6株病毒兼有不同遗传支的特征,按照目前国际通用的分型方法不能归属于任何明确的遗传支。对不同病毒株gE基因序列分析,除了发现3个国外已有报道的1个同义突变(T660C)和2个反义突变(C119T、C1606A),还发现了3个新的反义突变(C56T、C1109T和C917A)和4个同义突变(C54T、T1075C、T816C和G279A)。首次在我国新疆自治区发现了clade5遗传支的VZV,在长春市还发现了目前尚未能分型的6株病毒。对部分病毒株gE基因序列分析,在gE的e1和c1抗原表位的编码区内中检出1个新型反义突变(C917A),需要进一步研究该突变对该病毒免疫原性和致病性的影响。
2013年02期 v.29 112-118页 [查看摘要][在线阅读][下载 753K] [下载次数：478 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：9 ] |[阅读次数：3 ] - 李劲涛;周福有;董温平;王立东;曾毅;
为了探讨人乳头瘤病毒(Human papillomavirus,HPV)与上消化道肿瘤食管癌关系,从食管癌高发区安阳市取到一例76岁的中国女性食管鳞癌患者肿瘤组织。通过直接SCID小鼠致瘤实验,可长成移植瘤。取出组织做组织培养并多次纯化传代筛选后,成均一单层细胞。分别进行免疫荧光,细胞生长曲线,软琼脂鉴定,染色体分析,细胞致瘤实验及瘤体切片HE染色等确定是上皮细胞来源的癌细胞。利用细胞STR分型结果显示,基因座均未出现三等位基因现象,无人类细胞交叉污染。对细胞DNA分析发现存在HPV18型的DNA。利用蛋白检测实验发现有HPV病毒癌蛋白表达。结果表明,所建细胞株为有HPV核酸存在并能表达病毒癌蛋白的新的食管鳞癌细胞株。为我们进行食管癌的发生发展的病因学研究提供了新的细胞学材料。
2013年02期 v.29 119-125页 [查看摘要][在线阅读][下载 728K] [下载次数：232 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：0 ] |[阅读次数：3 ] - 郝彦哲;滕智平;杨怡姝;孙晓娜;马晶;金孝华;曾毅;
RNA干扰可以有效地抑制特定基因的表达,在HIV基因治疗中成为一种重要的方法。为了防止病毒逃逸株的出现,本研究分别构建了靶向于HIV-1调控蛋白基因vpr和tat的shRNA重组慢病毒载体以及含有这两种shRNA的双表达重组慢病毒载体,分别由U6和H1两种启动子启动,通过与靶向基因tat和vpr表达质粒在293T细胞中进行共转染,采用荧光定量PCR方法测定细胞内靶向基因的表达丰度,结果显示双表达shRNA的重组慢病毒载体对vpr和tat的表达抑制率分别可以达到89.20%和62.00%。与pNL4-3病毒包装质粒共转染,P24ELISA显示plvx-vpr-tat shRNA对病毒包装产量的抑制率可以达到99.05%,比单个shRNA的抑制率都要强,HIV-1NL4-3体外对MT4细胞攻毒实验表明双shRNA重组慢病毒载体具有很强的抑制病毒复制的能力。
2013年02期 v.29 126-131页 [查看摘要][在线阅读][下载 543K] [下载次数：311 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：3 ] |[阅读次数：3 ] - 朱艳菊;潘玥;陈俊英;刘雅灵;施海晶;廖宏玮;孙强明;马绍辉;
为了解云南省手足口病患者标本中分离到的一株ECHO-9病毒基因组特征,对2010年云南省ECHO-9病毒分离株MSH-KM812-2010全基因组序列测序,并与GenBank中其它ECHO-9病毒株基因组序列比对和分析。MSH-KM812-2010基因组长为7 424bp,编码2 203个氨基酸,其结构基因区与其它ECHO-9病毒核苷酸和氨基酸的同源性高于其它型别肠道病毒;而在非结构区,与其它肠道病毒血清型的同源性高于ECHO-9病毒株。VP1系统进化分析显示ECHO-9病毒株可形成A、B和C三个进化分支,MSH-KM812-2010株以及其它中国分离株属于C簇。三个分支之间核苷酸序列的差异大于15.0%可将ECHO-9病毒分为三个基因型。通过重组检测软件3(RDP3)和基本局部比对搜索工具(BLAST)比对分析,发现在非结构区可能存在重组。本文首次对我国分离的ECHO-9病毒全基因组序列的测定和分析,对了解ECHO-9病毒遗传特性具有重要意义。
2013年02期 v.29 132-136页 [查看摘要][在线阅读][下载 174K] [下载次数：155 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：3 ] |[阅读次数：3 ] - 申红卫;李瑾;王淼;张晨;王佶;聂凯;杨梦婕;张益;谭文杰;马学军;
再测序芯片(Resequencing Pathogen Microarray,RPM)是一种新的基于微阵列DNA芯片的病原体检测与鉴定技术。为了将RPM应用于不明原因呼吸道感染的检测,提高应对传染病暴发的能力,本研究建立了基于一种新型RPM的呼吸道多病原检测方法。该方法可以同时检测19种常见呼吸道病毒、9种甲型流感(Flu A)和11种鼻病毒(HRV)、28种肠病毒、18种少见呼吸道病毒。选取已验证的16种常见呼吸道病毒感染阳性的样本评价RPM的特异性,用克隆质粒或体外转录的RNA梯度稀释液来检验RPM的灵敏度,在10～103拷贝/反应水平时RPM仍能检测和分辨出相近的病毒亚型。将8份不明原因的咽拭子样品提取的核酸合并,用新建立的方法进行检测,根据RPM结果再以普通PCR加测序作为验证,同时和Abbott公司的质谱测序(PLEX-ID)结果进行比较,除RPM检出假阳性PIV1外,三者的其余检测结果一致。结果表明,这种基于新型RPM的方法具有高灵敏度、高通量的优点,对应对新发和突发传染病具有重要意义。
2013年02期 v.29 137-142页 [查看摘要][在线阅读][下载 151K] [下载次数：196 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：2 ] |[阅读次数：3 ] - 蓝雨;黄维娟;隋竑弢;李希妍;赵翔;李明;陈瑶瑶;郭俊峰;成艳辉;谭敏菊;王钊;肖宁;隗合江;王大燕;舒跃龙;
为了探明2009年5月甲流在中国暴发几个月后,既往在人群中流行多年的季节性H1N1流感病毒流行强度突然下降,并且最后在人群中消失的原因,本文对2006～2011年中国季节性H1N1流感病毒的HA1进行测序,然后计算HA1所受选择压力,得到季节性H1N1流感病毒在不同时段的ω值。结果表明季节性流感H1N1流感病毒在甲流暴发前ω=0.36,暴发后ω=0.28。统计学分析表明暴发前和暴发后两组的ω值有显著性差异(t检验,P<0.05)。因此,中国季节性H1N1流感病毒在甲流大流行后受到更强的纯化选择,可能是导致其从人群中消失的主要原因之一。
2013年02期 v.29 143-147页 [查看摘要][在线阅读][下载 169K] [下载次数：365 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：26 ] |[阅读次数：3 ] - 张红;黄一伟;刘运芝;李芳彩;陈长;李文超;邓志红;胡世雄;高立冬;
了解和掌握2009～2011年湖南省甲型H1N1流感流行动态和变化规律,掌握甲型H1N1流感流行株基因特性及耐药性情况。收集哨点医院采集的流感样病例咽拭子标本,通过荧光PCR法或病毒分离法对流感病毒进行检测,选取部分阳性毒株进行基因序列测定,序列使用MEGA 5.05软件完成进化分析。2009年第20周至2011年52周,共检测标本17 773份,检出流感阳性标本3 831份,检测阳性率为21.6%,其中甲型H1N1流感阳性标本1794份,占流感阳性的比例为46.8%。甲型H1N1流感共有2个流行高峰,分别出现在2009年第41～53周和2011年第1～12周。测序的23株毒株HA基因亲缘关系较近,病毒在基因进化树中基本上按照时间顺序分布。全基因组序列分析显示7株毒株的所有8个基因片段均与疫苗株同源,并未发现基因重配。23株毒株的HA氨基酸位点相对于疫苗株高度相似(同源性为98.2%～100%),但均有P83S、S203T和I321V的突变。在A/Hunan/YQ30/2009毒株中发现了可能导致病毒毒力增强的222位点突变,突变为D222E。所有检出毒株均未发现对奥斯他韦耐药性的突变。2009～2011年湖南省甲型H1N1流感流行呈双峰分布,未发现病毒基因发生大规模变异,临床上使用奥斯他韦仍然是有效的。
2013年02期 v.29 148-153页 [查看摘要][在线阅读][下载 576K] [下载次数：203 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：3 ] |[阅读次数：3 ] - 彭宜;谢芝勋;郭捷;周辰瑜;刘加波;庞耀珊;邓显文;谢志勤;谢丽基;范晴;罗思思;
为直接根据颜色变化进行可视化检测H1亚型、N1亚型、N2亚型禽流感病毒(AIV),根据环介导等温扩增技术(LAMP),建立针对H1亚型AIV及特异性鉴定N1、N2亚型的逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)检测方法。根据GenBank中的AIV基因序列,设计了三套分别针对H1亚型AIV-HA基因及N1、N2亚型AIV-NA基因的特异性简并引物,并优化反应条件和体系。结果表明建立的检测方法对其它亚型AIV及禽呼吸道病原体无交叉扩增反应并能特异性地检测N1、N2亚型AIV,灵敏度优于传统的RT-PCR方法。整个反应在常规水浴中50min就可完成,反应结束后不需打开反应管盖,可根据反应液的颜色变化对结果直接进行判定。120份临床样品用建立的RT-LAMP方法检测到14份H1N1亚型AIV、8份H1N2亚型AIV,结果与病毒分离结果相符。本研究建立的三种RT-LAMP可视化检测技术特异、灵敏、快速、操作和结果判定简便,适合在基层进行H1亚型AIV的快速检测及N1、N2亚型AIV的分型。
2013年02期 v.29 154-161页 [查看摘要][在线阅读][下载 412K] [下载次数：677 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：23 ] |[阅读次数：3 ] - 郑鹏;曾祥洁;檀晓娟;李静;马焱;陈海云;崔爱利;祝双利;高允生;许文波;
为了探究2010年海南省手足口病(Hand-foot-and-mouth disease,HFMD)的流行病学及病原学特征,本研究对2010年海南省HFMD病例报告信息进行整理分析,并对2010年海南省18县市1346份HFMD病例临床标本进行肠道病毒(enterovirus,EV)实验室检测。核酸检测阳性标本进行EV分离和鉴定,对分离到的肠道病毒71型(Enterovirus 71,EV71)的VP1编码区全长基因进行扩增及序列测定,用Sequencher 5.0和MEGA 5.0等生物信息学软件基于VP1编码区进行EV71的分子流行病学分析。流行病学分析表明:全省18个县市均有病例报告,尤其以东北部县市高发,同时以4岁以下的婴儿为高发人群;而与全国大多省份流行规律不同的是其发病高峰期为9和10月份。实验室结果显示:EV71和CA16是引起2010年海南省HFMD流行的主要病原,但EV71感染在重症病例和死亡病例中占绝对优势。除此之外,还存在部分由其它EV感染引起的HFMD病例。分子流行病学分析提示:2010年海南省流行的EV71均属于C4a亚型,该亚型为我国近年来流行的优势基因型,同时进化分析提示至少存在3条传播链。本研究数据对阐明海南HFMD的流行传播规律,以进一步指导HFMD防控具有重要理论价值。
2013年02期 v.29 162-168页 [查看摘要][在线阅读][下载 464K] [下载次数：375 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：11 ] |[阅读次数：3 ] - 汤晶晶;赵智娴;田炳均;罗梅;张杰;丁峥嵘;
为了解云南省非脊髓灰质炎(脊灰)肠道病毒(NPEV)的基因型分布及分子进化特征,对2006～2010年间从急性迟缓性麻痹(AFP)病例中分离到的105株NPEVs进行VP1区部分核苷酸扩增和序列测定。所获得的云南地方株基因序列与各基因型原型株进行核苷酸与氨基酸同源性比较,并与GenBank中选取的代表株构建基因进化关系树。结果分析显示:105株NPEVs分别属于HEV-A、HEV-B、HEV-C,其中HEV-A 18株(7个血清型)所占比例为17.1%;HEV-B 77株(22个血清型)所占比例为73.3%,表明云南省AFP病例中流行的NPEV还是以HEV-B为主;HEV-C 10株(4个血清型)所占比例为9.5%;没有分离到HEV-D组肠道病毒;基因进化树中各种血清型病毒与对应原型株及代表株聚集一起,除CA2、EV90和EV76外,云南地方株与原型株位于不同分支。相同型别的毒株在5年的流行过程中变异程度亦不同,亲缘关系远近不一,表明这些病毒在云南省存在不同的传播链。
2013年02期 v.29 169-175页 [查看摘要][在线阅读][下载 763K] [下载次数：228 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：14 ] |[阅读次数：3 ] - 阎岩;郭军;周敬祝;唐光鹏;王定明;
为研究贵州省肠道病毒71型(EV71)的基因型和分子流行特征,监测了全省报告的手足口病病例,选择2008年以来贵州全省部分EV71阳性标本进行病毒分离及VP1全基因测序(含重症病例、死亡病例和轻症病例),与国内外近年流行毒株及各亚型代表株进行基因比对,分析同源性及基因亚型。2008年、2009年及2011年贵州省流行的主要病原为EV71,获得109株参比序列毒株的同源性为95.3%～99.7%,贵州省毒株与邻省及山东省、上海市、南京市、吉林省和宁波市代表株的同源性最高,轻症与重死病例的核苷酸及氨基酸序列无明显的特征性差异,未出现不同基因亚型病毒的输入或改变,仍属C4a亚型。同地区、同年度内的核苷酸序列差异小于跨地区、跨年度差异。
2013年02期 v.29 176-179页 [查看摘要][在线阅读][下载 408K] [下载次数：169 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：11 ] |[阅读次数：3 ] - 苏何玲;黄日东;何松青;徐庆;朱华;莫之婧;刘青波;刘永明;
携带鸭乙肝病毒(DHBV)麻鸭作为乙肝动物模型被广泛应用于抗HBV药物活性和毒性研究,广西桂林地区麻鸭具有较高的DHBV携带率,但其DHBV基因组结构特点尚未见报道。本研究克隆了桂林麻鸭DHBV基因组,其序列全长3 027bp,ORF finder分析发现桂林麻鸭DHBV除具有S、P、C开放阅读框架外,还有一编码未知多肽的开放阅读框架,Vector NTI 8.0分析显示该多肽具有与HLA*0201结合的模体结构。比对不同国家及地区DHBV序列,并以Mega5.0生成进化树提示DHBV序列差异无明显的地域分布特点。以所构建的DHBV S基因重组质粒pGEM-DHBV-S为标准品,建立了荧光定量PCR检测DHBV方法。本研究结果为应用桂林麻鸭作为乙肝动物模型奠定了实验基础。
2013年02期 v.29 180-184页 [查看摘要][在线阅读][下载 209K] [下载次数：306 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：11 ] |[阅读次数：2 ] - 吴晓平;张红星;吴异健;韩典霖;王劭;吴宝成;黄一帆;
番鸭呼肠孤病毒(Muscovy duck reovirus,DRV)是造成雏番鸭高死亡率的重要病原体,深入其检测与免疫研究对于防控DRV感染意义重大。利用RT-PCR和测序技术,对3株福建DRV分离株的S3基因进行序列分析,发现DRV-YH、YJL株与禽呼肠孤病毒(Avian reovirus,ARV)遗传距离较近,同源性高达94.6%～98.9%,而DRV-YB株与ARV同源性仅为60.6%～61.7%。构建和鉴定DRV YB株重组原核表达质粒pET-30a-S3,并转化大肠杆菌BL21,SDS-PAGE表明,表达的目的蛋白分子量约为42ku,IPTG最适诱导浓度为0.1mM,最适诱导时间为5h,最适诱导温度为37℃,以包涵体形式存在。薄层扫描显示重组DRVσB蛋白占菌体总量的67.7%。以Ni 2+柱亲和层析纯化蛋白,纯化后的目的蛋白纯度为93%,质量浓度为0.86g/L。Western blot分析该融合蛋白能与抗DRV阳性血清发生特异性反应,表明重组DRVσB蛋白具有良好的免疫反应性。
2013年02期 v.29 185-191页 [查看摘要][在线阅读][下载 594K] [下载次数：242 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：4 ] |[阅读次数：3 ] - 王轲;任科;燕玉娥;王荟;张宝云;刘勇;董小平;张瑾;
αB-晶体蛋白(αB-crystallin)是小热休克蛋白(Small heat shock protein,sHSP)家族的代表成员,已发现与多种神经退行性疾病发生发展密切相关,但至今为止对αB-晶体蛋白在朊病毒病发生发展中可能扮演的角色研究甚少,作用尚不清楚。本研究利用羊瘙痒因子仓鼠敏感株263K感染仓鼠建立的朊病毒实验动物模型,通过免疫印迹(Western blots)和免疫组织化学染色观察到伴随PrPSc在感染终末期动物脑组织中大量沉积,αB-晶体蛋白表达显著上调,比正常对照增高3倍。免疫荧光双染确定其分布的主要细胞类型为星形胶质细胞,神经元中未检测到表达。感染动物中高表达的αB-晶体蛋白与异常沉积的PrPSc无明显共定位。此研究为进一步探讨和揭示αB-晶体蛋白在朊病毒病中可能的作用和分子机制奠定了基础。
2013年02期 v.29 192-196页 [查看摘要][在线阅读][下载 403K] [下载次数：114 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：0 ] |[阅读次数：3 ]