大别班达病毒（Bandavirus dabieense,DBV）是一种人畜共感染的蜱媒病毒，可引起以发热、血小板减少和多器官功能障碍为主要临床表现的发热伴血小板减少综合征（Severe fever with thrombocytopenia syndrome, SFTS）。近十余年来，我国累计报告SFTS病例的省、市、自治区从5个增加到25个，病死率在5.2%～30%。此外，其他国家如泰国、日本、韩国、越南等也陆续报道了DBV感染。由于DBV的高病死率和传播途径多样性，SFTS对人类和动物的健康构成了严重威胁，增加了防控的复杂性。本文对DBV传播途径进行总结，以期为DBV的预防和控制提供新的方法和思路。
了解甘肃省前3例猴痘病例流行病学特征和基因组特征及遗传变异情况，为甘肃省猴痘的防控提供科学依据。对甘肃省报告的前3例猴痘病例开展流行病学调查并采集相应样本，利用Illumina mini-seq二代测序仪完成猴痘病毒全基因组测序和数据处理，采用生物信息学软件对病毒全基因组序列进行遗传特征、谱系分型和进化树溯源分析。甘肃省报告的前3例猴痘病例均症状较轻，主要为疱疹伴瘙痒和神经疼痛，无发热等全身症状，主要传播途径为男男性行为密切接触，但使用安全套可能无法有效阻断传播；测序获得的全基因组序列全长分别为病例1(GanSu-JC)197 199bp；病例2(GanSu-LZ)197 200bp；病例3(GanSu-BY)197 199bp，基因组覆盖度分别为97.12%、99.37%、99.38%，与参考序列（NC＿063383.1）相比3例病例猴痘病毒基因组序列分别存在78、88、87处核苷酸突变，分别有38、42、42个氨基酸发生突变，涉及宿主免疫调控、病毒致病性等生物特性发生改变；系统遗传进化分析显示，GanSu-JC序列与韩国提交的序列遗传进化亲缘关系较近；GanSu-LZ和GanSu-BY序列与中国深圳、云南提交的序列遗传进化亲缘关系较近，均属于Ⅱb C.1谱系。甘肃省报告的前3例猴痘病例均为西非亚型Ⅱb C.1谱系，兰州市2023年底之前很可能已存在猴痘病例，提示甘肃应加强猴痘防控宣教、鉴别诊断和防治工作。
为了解北京市朝阳区新型冠状病毒（Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2）本土变异株基因型构成及关键基因特征，本文通过纳米孔测序获取2023年6月至2024年3月期间北京市朝阳区新冠病毒感染病例的全基因组序列，采用Pangolin v4.3在线分型平台和Nextclade v3.3.1在线分析工具，获取基因分型、氨基酸变异等信息，并通过TBtools-II v2.070绘制氨基酸变异热图。同时，利用VarEPS在线系统（https：//nmdc.cn/ncovn/lineage）评估氨基酸变异对本地区新冠病毒S蛋白编码基因的血管紧张素转化酶2(Angiotensin converting enzyme 2,ACE2)受体结合能力及稳定性、抗体亲和力和蛋白质功能的影响等进行分析。结果显示185例（质量评估≥mediocre）SARS-CoV-2序列均为奥密克戎变异株，按照Pangolin分型法可分为8个分支，JN.1(BA.2.86.1.1/B.1.1.529.2.86.1.1)及其亚分支占比最高（42.16%,78/185），与系统进化树显示结果一致。从2023年6月至8月以EG.5.1及其亚分支为主（40.00%～68.00%），再以HK.3及其亚分支为优势毒株（9月至11月，76.09%），继而转换为JN.1及其亚分支为绝对优势分支。EG.5.1和HK.3及其亚分支分别在20岁～39岁年龄组（52.94%）和20岁～49岁人群占比最高（62.50%），而JN.1及其亚分支在60岁～89岁年龄组占比较高（56.41%）。氨基酸变异分析显示，本研究SARS-CoV-2序列平均发生113个（95个～128个）核苷酸变异，其中由于非同义突变引起平均80个（65个～91个）氨基酸突变，其中S蛋白编码基因变异最为频繁（1.02%～1.36%）。进一步分析发现，相较EG.5.1和HK.3及其亚分支，JN.1及其亚分支在NTD等多个区域均发生氨基酸变异位点数量新增/减少。同时，JN.1及其分支增加的P1143L、L452R和N450D等氨基酸变异位点可能会降低S蛋白与中和抗体的结合稳定性和/或降低S蛋白与ACE2受体之间的结合稳定性。并且，本研究所有序列在NSP1、蛋白酶木瓜样蛋白酶（PLpro,NSP3）、3-胰凝乳蛋白酶样蛋白酶（3CLpro,NSP5）编码基因以及其他结构蛋白等关键编码基因亦发生突变。本研究结果提示JN.1及其亚分支关键位点氨基酸变异频繁，相较EG.5.1和HK.3及其亚分支可能具有更强的传播能力和免疫逃逸能力，应持续并继续加强新冠病毒病原学监测。
慢性乙型肝炎（Chronic hepatitis B,CHB）是全球的公共卫生难题，近来年非酒精性脂肪肝（Non-alcoholic fatty liver disease,NAFLD）负担持续增加，两者并发现象是当前肝病领域的一大特点与趋势。众所周知，乙型肝炎病毒（Hepatitis B virus,HBV）感染和NAFLD是导致肝硬化、肝细胞癌（Hepatic cell carcinoma,HCC）发生的主要原因。然而，对于CHB患者，并发NAFLD对于肝纤维化的进展、HCC的发生以及抗病毒治疗效果的影响，目前的证据仍然模糊不清。因此，本文将介绍慢性乙型肝炎患者并发非酒精性脂肪肝的流行病学，并重点阐述非酒精性脂肪肝对慢性乙型肝炎患者预后以及抗病毒治疗的影响，为临床治疗提供参考。
了解河北地区EV-A71(Enterovirus A71)疫苗上市前后EV-A71遗传变异情况。在NCBI网站上获得疫苗株及EV-A71各亚型参考株序列。A亚型参考株为1969年加利福尼亚州分离株，NCBI编号为U22521。B1亚型参考株NCBI编号为AF135871;B2亚型参考株为AF009534;B3亚型参考株为AF376105;B4亚型参考株为AF376111;B5亚型参考株为AY258307;C1亚型参考株为AF376081;C2亚型参考株为AB213614;C3亚型参考株为AY125966;C4a亚型参考株为EU024958/AY905614;C4b亚型参考株为AY547499/AF302996;C5亚型参考株为EF063152；阜阳株为EU703813；疫苗株为HQ328793/EU812515/JX025561。对2011-2019年手足口病患者样本分离的EV-A71 VP1区核苷酸序列进行测定，对获得的序列进行遗传进化、相似性及位点变异等分析。测序成功的196条VP1区序列均属于EV-A71 C4a亚型，相同年份以及相近年份的分离株在进化树中存在聚集现象，各序列之间相似性较高。中和表位PEP27(site142-156)整体受到负向选择压力作用，其中VP1-145位点常出现VP1-145Q与VP1-145G突变；VP1区序列整体处于负向选择压力中。EV-A71疫苗上市前后河北地区EV-A71 VP1区遗传特征相对稳定，未出现较大的变异。
为了解云南地区流行的H9N2亚型禽流感病毒（avian influenza virus,AIV）的遗传变异情况，并为进一步研究和防控提供依据，采用逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）技术对2020-2023年云南省部分地区采集的环境标本进行H9N2亚型AIV核酸检测，对阳性标本进行鸡胚病毒分离实验，对分离获得的28株H9N2亚型阳性AIV的血凝素（HA）基因片段进行扩增和测序，利用生物信息软件进行核苷酸和氨基酸同源性分析，受体结合位点、抗原位点、潜在糖基化等关键位点分析，并构建系统进化树。分析结果显示，28株分离株的HA基因属于欧亚分支Y280为代表的第Ⅰ群，与疫苗株A/chicken/Jiangsu/WJ57/2012在同一分支，核苷酸同源性为90.63%～100%，氨基酸同源性为92.45%～100%，与中国最早分离的疫苗株A/chicken/Beijing/1/1994(H9N2)核苷酸同源性整体较低，为84.18%～85.68%，氨基酸同源性为85.73%～88.72%;28株分离株HA蛋白裂解位点均为PSRSSR↓GLF，受体结合位点存在A198T/V、T163N、N232H、Q234L、Q235M突变，其中Q234L突变具有和人流感受体受体结合的特性；抗原位点仅在234、285、334位点存在变异，其他位点相对保守；分离株存在7～8潜在糖基化位点，主要变异表现在218、492位点的缺失和313、491位点的增加。28株H9N2亚型AIV分离株均为低致病性禽流感病毒，存在人易感位点，与参考株比较发生了一定程度的变异，应加强H9N2亚型AIV病毒的监测，密切关注其变异情况。
为了调查宁夏地区蚊虫携带主要蚊媒病毒的种类及其流行情况，本研究于2023年在宁夏采集蚊虫样本，采用实时荧光定量逆转录PCR(Reverse transcription-quantitative real-time PCR, RT-qPCR)筛查6种蚊媒病毒核酸，包括塔希纳病毒（Tahyna virus, TAHV）、乙脑病毒（Japanese encephalitis virus, JEV）、辛德毕斯病毒（Sindbis virus,SINV）、西尼罗病毒（West Nile virus, WNV）、库蚊黄病毒（Culex flavivirus, CxFV）和盖塔病毒（Getah virus,GETV）。对阳性样本进行病毒基因扩增、序列测定及系统进化分析。结果共采集5540只蚊虫标本，包含伊蚊、按蚊和库蚊，其中伊蚊数量最多为3350只（60.47%）。按采集时间、地点和蚊种共分装为185批标本。RT-qPCR检测结果显示，1批蚊虫JEV阳性，1批蚊虫TAHV阳性，55批蚊虫CxFv阳性。经Sanger测序获得1株TAHV的S、M和L段基因序列，长度分别为767 nt、3836 nt、6814 nt。1株JEV全基因组序列，长度为10967 nt。36株CxFv E基因序列，长度约为1450 nt。同源性及系统发育分析结果显示，新测序的TAHV S、M、L段基因序列分别与内蒙古分离株HQ541823.1、盘锦分离株OP727995.1和捷克斯洛伐克分离株KF361881.1亲缘关系最近，核苷酸（氨基酸）相似性分别为99.29%(100%)、94.76%(98.47%)、95.22%(99.25%)；新测序的JEV全基因组序列与2020年四川毒株JEV-SC-2020-1亲缘关系较近，核苷酸（氨基酸）相似性为99.83%(99.97%)，同属于GIb型；2批CxFv(NX23176、NX23182)属于GIB型，34批CxFv属于GIA型。本研究于2023年在宁夏采集的蚊虫中检测到3种蚊媒病毒，并首次在宁夏获得1株TAHV S、M、L段完整编码区基因组序列，为当地蚊媒病毒监测和防控提供了重要的基础数据。
戊型肝炎（简称“戊肝”）是一种由戊型肝炎病毒（Hepatitis E virus，简称“HEV”）引起的病毒性肝脏炎症，在孕妇、患有基础性肝病、免疫缺陷等人群中可导致严重疾病，卫生资源欠佳的地区常发生暴发流行。目前尚缺乏针对戊肝的特效治疗方法，因此，接种戊肝疫苗成为戊肝防控的关键措施。全球唯一的戊肝疫苗HEV 239安全性良好，且具有可持续至少十年的高效保护性。2022年，HEV 239疫苗被无国界医生组织成功用于南苏丹的戊肝疫情控制，2024年该疫苗被纳入全球疫苗免疫联盟的战略储备，这均为戊肝疫苗未来更加广泛的真实世界应用奠定了基础。本文对HEV 239疫苗上市后的临床研究进展及真实世界应用情况进行综述。
埃可病毒11型（Echovirus 11,E11）是一种常被检出的肠道病毒，近年来在亚洲与欧洲地区多次报道由E11引发新生儿重症病例甚至导致死亡。自1994年E11在我国被首次检出后，其基因型历经多次更替。为探究基因型更替与型间交叉中和能力是否存在相关性，本研究选取了曾经在中国流行的A1、A2、C1、C3、D5以及E基因型的代表性毒株，依次进行噬斑试验、浓缩、纯化和灭活，随后与铝佐剂混合，于第0周、第2周、第4周，分三次对6周龄雌性BALB/c小鼠进行免疫。在末次免疫1周后，采集小鼠抗血清进行交叉中和效果评估。中和实验结果表明，不同基因型间的交叉中和能力存在显著差异。部分毒株能够突破前代毒株所形成的免疫保护屏障，这一现象与E11流行基因型转换的规律相契合。其中，D5基因型毒株展现出较高的免疫原性以及较为广谱的交叉保护特性，具备作为理想疫苗候选株的特征。同时，当前流行的D5基因型毒株抗血清对C1和C3基因型毒株提供的交叉保护作用有限，提示未来有可能出现新的基因型更替。此外，通过序列分析发现，VP1-BC loop和VP2-EF loop区域的差异可能对E11毒株的抗原性产生影响，进一步揭示了E11免疫逃逸的潜在机制。本研究系统地探讨了E11的交叉免疫效应及其对基因型更替的影响，为制订E11感染的防控策略和开展疫苗研发提供了重要的参考依据。
为初步了解近年来大黄鱼虹彩病毒（Large yellow croaker iridovirus,LYCIV）的流行现状和流行特点及其组织分布情况，于2022年3月至2023年2月，随机监测了宁德地区45家大黄鱼养殖场及重点监测了15家正发生“大黄鱼虹彩病毒病（Large yellow croaker iridovirus disease,LYCIVD）”的养殖场，并对患病大黄鱼组织进行透射电镜观察；同时，采用实时荧光定量PCR(Quantitative real time PCR,qPCR)法对上述重点监测养殖场的15份经检测为肿大细胞病毒阳性的自然发病大黄鱼样品不同组织中的病毒含量进行了测定，并克隆病毒主要衣壳蛋白基因（Major capsid protein,MCP），测序后与GenBank中的虹彩病毒进行比对分析。结果显示，随机调查的45家养殖场中有10家为LYCIV阳性，阳性率为22.2%;15家重点调查的养殖场均为LYCIV阳性；感染LYCIV的大黄鱼临床症状普遍表现为肝脏出血、脾脏和肾脏肿大等病症；检出LYCIV阳性的样品，采样水温为25℃～30℃、鱼规格为10 cm～32 cm；透射电镜下可见脾脏和肾脏等组织细胞内存在病毒包涵体结构以及病毒粒子，直径约为130 nm～150nm;MCP序列分析发现，15株大黄鱼虹彩病毒MCP序列均与肿大细胞病毒属的真鲷虹彩病毒聚类。此外，采用qPCR法测定患病大黄鱼不同组织中的LYCIV含量发现，鳃、脾脏和眼的病毒含量相对较高，肝脏中的病毒含量相对较低，故鳃、脾脏和眼可作为该病诊断、监测及研究的“优先”采样组织。