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  • 中国精品科技期刊证书

    <正>病毒学报根据中国精品科技期刊遴选指标体系综合评价结果,贵刊入选"第4届中国精品科技期刊",即"中国精品科技期刊顶尖学术论文(F5000)"项目来源期刊。有效期:2017年10月-2020年12月。特此证明。

    2020年05期 v.36 740页 [查看摘要][在线阅读][下载 9831K]
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新型冠状病毒研究专题论著

  • 北京市朝阳区1例输入性SARS-CoV-2全基因组序列分析

    韩桃利;王海滨;焦洋;雷娜;高艳;赵剑虹;田甜;董歧;段杉;孙灵利;

    北京市朝阳区在连续40d没有新增本土COVID-19确诊病例的情况下,出现了1例潜伏期超过14d的境外回国COVID-19确诊病例。为分析北京市朝阳区1例COVID-19患者是否为输入病例,进行了全基因组序列测定和遗传特性分析,本研究采用高通量测序技术配合Ion Torrent系列仪器和试剂对患者咽拭子中的SARS-CoV-2进行测序,同时应用对应插件或软件分析其全基因组同源性和变异情况。结果显示,该病例标本中测得1株SARS-CoV-2毒株,共29 876 bp,BLAST结果显示与其他国家和地区分离株的相似性高于与中国分离株的相似性。系统进化树中该毒株与2003年感染人的SARS冠状病毒和蝙蝠中分离的SARS冠状病毒明显不同,分处不同进化分支;该毒株与中国分离株分处不同的簇,而和美国分离株聚集在一簇。另外,突变分析显示存在3个改变氨基酸性质的非同义突变。本研究提示,该病例为美国输入的SARS-CoV-2感染病例,应注意境外输入性COVID-19的传播,并适当延长隔离观察期限;该毒株在患者的1例关联病例中发生了部分核苷酸突变,对SARS-CoV-2的致病力等的影响有待进一步研究。

    2020年05期 v.36 745-750页 [查看摘要][在线阅读][下载 1412K]
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  • 安徽省新型冠状病毒分离鉴定和全基因组序列分析

    栗薇薇;孙永;袁媛;俞俊岭;陈晴晴;葛盈露;张竹慧;何军;

    新型冠状病毒(SARS-CoV-2)作为引起全球新型冠状病毒肺炎疫情蔓延的病原体而受到广泛关注。安徽省自2020年1月起陆续出现990例新型冠状病毒肺炎确诊病例。为探索SARS-CoV-2分离培养和二代测序方法构建,了解该病毒在安徽省传播的变异情况,为药物筛选和疫苗研发等工作提供基础和依据,本研究选取1例新型冠状病毒肺炎确诊病例咽拭子样本接种Vero细胞进行病毒分离培养,并逐日观察细胞病变,经荧光定量PCR检测确认病毒分离培养结果;采用SARS-CoV-2全基因组捕获技术及二代测序对毒株进行全基因组测序,并通过DNASTAR Lasergene MegAlign v7.1.0和PhyloSuite v1.2.1进行序列比对和进化分析;将全基因组序列上传国家基因组科学数据中心鉴定变异位点。结果显示,样本接种Vero细胞第4d出现细胞病变,经荧光定量PCR检测确认为SARS-CoV-2毒株。该毒株基因组序列全长29 860bp,与SARS-CoV-2参比序列相似度均在99%以上,共有9个位点发生突变。与蝙蝠来源SARS样冠状病毒Bat Yunnan RaTG13相似度最高,为96.8%。本研究通过Vero细胞成功分离培养了新型冠状病毒,并分析了安徽省首个SARS-CoV-2毒株全基因组序列,为了解病毒生物学特性提供了重要的参考信息。

    2020年05期 v.36 751-757页 [查看摘要][在线阅读][下载 3504K]
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  • 磷酸氯喹治疗阿比多尔治疗失败新冠肺炎患者的疗效观察

    莫广艳;席加喜;

    2019年底,新型冠状病毒肺炎(Coronavirus disease 2019,COVID-19)于湖北省武汉发现,目前尚无明确的特效药。为观察COVID-19经阿比多尔治疗失败后接受磷酸氯喹治疗的临床疗效,本研究根据入组标准收集了9例阿比多尔治疗失败后接受磷酸氯喹治疗的患者的体温、呼吸道症状、咽拭子核酸、肺部影像学等资料,评价磷酸氯喹治疗后整体的临床有效率,并评价其安全性。结果显示,经磷酸氯喹治疗有8例患者体温、呼吸道症状、咽拭子核酸检测等转归,达到出院标准;1例因核酸持续阳性且肺部CT无明显吸收,考虑治疗效果不佳,整体临床有效率为88.89%。有6例患者出现出现恶心、呕吐、头晕、视力模糊、转氨酶升高等不良反应,考虑与磷酸氯喹相关,停药后均缓解。因此,对于阿比多尔治疗失败新冠肺炎患者可考虑予磷酸氯喹治疗,具有良好的临床疗效,不良反应轻,停药后可缓解。

    2020年05期 v.36 758-762页 [查看摘要][在线阅读][下载 918K]
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  • 2019新型冠状病毒肺炎肾功能及尿常规指标分析

    刘海艇;陈赛;尚雪菱;李轶;桂嵘;张军华;

    探讨肾功能指标及尿常规检测在2019新型冠状病毒肺炎(Coronavirus disease 2019,COVID-19)诊疗过程中的临床意义。收集2020年1月1日至2020年3月15日湖南省岳阳市一人民医院收治的所有COVID-19患者病例,经纳入与排除标准后,确定82例COVID-19患者作为本次研究对象。收集患者一般资料及实验室检查,根据患者病情严重程度分为轻型组(20例)、普通型组(32例)、重型组(23例)和危重型组(7例),分析各组患者基线特征,肾功能和尿常规检测相关指标异常病例比例及水平差异。从患者基线特征分析来看,各组年龄、性别比例、伴发疾病情况均无统计学差异,但各组住院时长,白细胞,丙氨酸转氨酶及白蛋白水平存在显著性统计学差异。从各组肾功能相关指标分析来看,各组血尿素氮(Blood urea nitrogen,BUN)、血清肌酐(Serum creatinine,SCR)、血清尿酸(Serum uric acid,SUA)指标升高病例比例及水平,血清胱抑素C(Cystatin C,Cys C)水平无统计学差异,但各组间的血清Cys C升高病例比例有显著性统计学差异,且危重型组升高病例比例远高于其余组。从尿常规检测相关指标分析来看,各组间的蛋白尿和尿红细胞计数的异常病例比例及水平无统计学差异。但各组间尿白细胞计数及细菌数的异常病例比例及水平具有显著性统计学差异,且均表现为危重型组异常病例比例及水平高于其余组。与SCR,BUN,SUA,蛋白尿及血尿指标相比,血清Cys C更能灵敏地反映COVID-19患者肾功能情况。并且危重型患者可能更易发生肾损伤。危重型患者尿常规中细菌数及尿白细胞计数异常病例比例和水平均高于其余组,提示危重型患者易合并尿路感染。说明肾功能指标及尿常规检测在COVID-19患者诊疗过程中具有一定的临床意义。

    2020年05期 v.36 763-769页 [查看摘要][在线阅读][下载 1168K]
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手足口病相关病毒研究专题论著

  • 基于5'UTR-VP4-VP2区测序鉴定手足口病肠道病毒

    王建;邵永强;孙宝昌;钭慧芬;郑文力;吴矛矛;

    目前肠道病毒(Enterovirus,EV)分子分型主要基于VP1区,此区不仅可以分型还能区分亚型,但不同型别的肠道病毒在VP1区的核苷酸变异很大,需要使用多对引物或高简并度的简并引物进行巢式PCR才能定型,实验过程繁琐。本研究发现肠道病毒5'UTR-VP4-VP2区两端序列高度保守能利用通用引物进行扩增、中间序列差异大于10%能区分不同型别。本研究建立并验证5'UTR-VP4-VP2区测序鉴定手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)临床标本中肠道病毒的方法。根据ICTV公布的人肠道病毒104个型别的核苷酸全序列,在肠道病毒5'UTR-VP4-VP2区设计引物(EV543F/EV1197R)。收集702份肠道病毒核酸检测阳性的手足口病临床标本,用EV543F/EV1197R引物扩增5'UTR-VP4-VP2区基因并测序,BLAST比对定型;对407份标本同时进行RTPCR分型检测。在702份标本中鉴定出15个型别679份肠道病毒,阳性率为96.7%;407份RT-PCR分型结果和本法比较,结果显示EV-A71、CV-A16和CV-A10两法一致性很好(Kappa值0.966~0.970),本法CV-A6阳性率(38.82%)优于RT-PCR分型(34.40%),Mcnemar卡方P值=0.003。肠道病毒5'UTR-VP4-VP2区测序法具有较好的敏感性和简便、快速的特点,可用于手足口病肠道病毒感染的实验室诊断和相关研究。

    2020年05期 v.36 770-777页 [查看摘要][在线阅读][下载 1075K]
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  • 基于Label-free定量蛋白组学揭示肠道病毒A71型感染致人扁桃体上皮细胞蛋白质组的改变

    李丹;苏萌;孙萍萍;王春阳;王蒋丽;王宏;章青;杜娈英;郭文平;谢广成;

    肠道病毒A组71型(Enterovirus-A71,EV-A71)感染引起的手足口病给婴幼儿造成严重的疾病负担,明确EV-A71的致病机制能为有效防控手足口病提供科学依据。为了研究EV-A71感染与人扁桃体上皮细胞的互作,本研究采用Label-free定量蛋白组学技术研究EV-A71感染人扁桃体上皮细胞UT-SCC-60B 6h和12h后蛋白质组的改变情况,并确定EV-A71感染动力学(EV-A71 6h∶12h)过程中蛋白质组的改变情况,并进行差异表达蛋白(Differentially expressed proteins,DEPs)的蛋白互作网络和基因本体(Gene ontology,GO)分析。EV-A71感染6h时共有27个DEPs(下调12个DEPs,上调15个DEPs)发生显著改变;EV-A71感染12h时共有62个DEPs(下调26个DEPs,上调36个DEPs)发生显著改变;EV-A71感染动力学(EV-A71 6h∶12h)过程中共有40个DEPs(下调21个DEPs,上调19个DEPs)发生显著改变。显著发生改变的COX6C、TIMM10、MAP1LC3B、HIST1H1D、DNAJC8、TMED4和ARPC5等DEPs为各组间重叠蛋白。蛋白互作网络和GO分析结果显示,DEPs主要涉及到线粒体及线粒体膜的通透性调节、细胞囊泡形成、细胞凋亡、线粒体介导的凋亡等生物学过程。因此,EV-A71感染使人扁桃体上皮细胞的蛋白表达谱发生改变。

    2020年05期 v.36 778-786页 [查看摘要][在线阅读][下载 1711K]
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  • EV71感染诱导小鼠海马细胞发生自噬的作用研究

    刘海沣;张玉;贺晓丽;周远涛;李莉;

    肠道病毒71型(Enterovirus 71,EV71)是引发手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)儿童死亡的主要致病病原体。其引发的重症手足口病可出现病毒性脑膜炎、神经源性肺水肿等严重的神经系统并发症,但具体致病机制尚不明确。自噬(autophagy)是一种在进化中保守的、溶酶体依赖的分解代谢反应途径,可通过自噬途径清除细胞内细菌、病毒等,发挥天然免疫效应。本文旨在研究EV71感染诱导小鼠海马细胞发生自噬的作用机制,以期为探讨发现其关键致病机制找到新的突破口。本研究主要采用小鼠海马细胞作为EV71感染的神经细胞,分别采用电镜、流式细胞术、Western Blot、蚀斑实验、激光共聚焦显微镜等技术对其作用机制展开研究。EV71感染后,在小鼠海马细胞内可观察到自噬小体的产生,并且随感染时间延长,自噬分子LC3-II蛋白持续高表达;在加入自噬抑制剂后,自噬被抑制,说明EV71感染可诱导小鼠海马细胞发生自噬;此外还发现随着感染时间延长,细胞内EV71滴度显著增加;细胞内自噬小体上有EV71蛋白聚集;而且CTAB量子点标记的EV71-RNA与EGFP-LC3标记的自噬小体能够发生共定位,说明EV71感染与细胞内自噬发生可能存在很大的相关性,推测其可能利用细胞内自噬机制发生免疫逃逸。因此,EV71感染可以诱导小鼠海马细胞发生自噬,且病毒在细胞内的复制可能与细胞内自噬发生密切相关。本研究将为探索EV71关键致病机制提供新的参考依据及研究思路。

    2020年05期 v.36 787-794页 [查看摘要][在线阅读][下载 3082K]
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  • 2011~2018年埃可病毒25型山东分离株的分子流行病学特征

    赵晨旭;陶泽新;林小娟;王素婷;纪峰;徐爱强;

    埃可病毒25型(Echovirus 25,E-25)感染所导致的疾病谱广泛,其侵入中枢神经系统后可引起严重的儿童感染性疾病无菌性脑膜炎(Aseptic meningitis,AM)。为探索E-25山东分离株分子流行病学特征,本研究对2011~2018年山东省环境生活污水标本和AM患儿脑脊液标本开展病毒分离,并对分离物进行核酸提取、VP1区序列扩增和型别鉴定,通过同源性比较和系统发生学分析,研究山东省及全球不同来源E-25分离株的亲缘进化关系。结果显示,2011~2018年环境污水分离株之间核苷酸同源性为87.7%~100.0%,与原型株(JV-4)核苷酸同源性为78.2%~80.9%,与无菌性脑膜炎病例分离株之间高度同源(核苷酸同源性为90.6%~98.2%)。通过系统发生学分析将全球的E-25分离株分为6个基因群A~F,山东分离株位于基因群A的两个不同的分支。本研究结果证实了环境监测对探索肠道病毒本地流行的重要作用,为E-25在山东省内的流行趋势及对其感染所致相关疾病的一级预防提供分子流行病学依据。

    2020年05期 v.36 795-801页 [查看摘要][在线阅读][下载 1482K]
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人类病毒研究论著

  • 脊髓灰质炎病毒假病毒中和试验测定血清中和抗体滴度的研究

    吴雅楠;朱文勇;周健;刘泽;马磊;高菁霞;廖国阳;

    脊髓灰质炎病毒(poliovirus,PV)的持续监测在全球消灭脊髓灰质炎的最后阶段起着至关重要的作用,对易感人群的脊髓灰质炎中和抗体的监测,是疫苗强化免疫的重要数据支持。但是伴随着脊灰活病毒的大范围封存计划的实施,传统的病毒中和试验将难以开展,为此本研究成功构建了SabinⅡ型PV假病毒,并将其运用到人群血清样本的中和试验进行验证。研究发现,PV假病毒具有型特异性,具有与脊灰病毒相似的电镜形态。所以本研究制备的脊灰假病毒能够满足人群血清中和抗体水平的检测要求,值得推广运用。

    2020年05期 v.36 802-808页 [查看摘要][在线阅读][下载 1602K]
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  • ANGPTL4在乙型肝炎病毒X蛋白促进肝癌细胞生长中的作用

    李丽;盛朗晴;

    乙肝病毒X蛋白(Hepatitis X protein,HBx)是造成乙肝相关肝癌的重要促癌物质,但HBx促进肝癌细胞生长的分子机制尚不明确。人血管生成素样蛋白4(Human angiopoietin like protein 4,ANGPTL4)在乙肝相关肝癌中表达上调且与HBx呈正相关,提示HBx可能通过调控ANGPTL4的表达促进肝癌细胞的生长。为观察ANGPTL4在HBx蛋白促进肝癌细胞生长中的作用,本研究培养肝癌HepG2、Huh7、Bel7402细胞株及正常肝细胞株L-02,检测HBx、ANGPTL4的表达;将HepG2细胞分为转染阴性对照(Negative control,NC)siRNA的si-NC组、转染HBx siRNA的si-HBx、转染pcDNA3.1质粒及NC siRNA的pcDNA3.1+si-NC组、转染pcDNA3.1质粒及HBx siRNA的pcDNA3.1+si-HBx组、转染过表达ANGPLT4的pcDNA3.1质粒及HBx siRNA的pcDNA3.1-ANGPLT4+si-HBx组、转染ANGPLT4 siRNA的si-ANGPLT4组,检测细胞增殖活力A490、A430水平及ANGPLT4、Notch1、B淋巴细胞瘤-2基因(Bcl-2)的表达。结果显示,HepG2、Huh7、Bel7402细胞中HBx、ANGPTL4的表达水平明显高于L-02细胞,且HepG2中HBx、ANGPTL4的表达水平最高;si-HBx组A490、A430水平及ANGPLT4、Notch1、Bcl-2的表达水平均低于si-NC组;pcDNA3.1-ANGPLT4+si-HBx组HepG2细胞的A490、A430水平及ANGPLT4、Notch1、Bcl-2的表达水平均明显高于pcDNA3.1+si-HBx组;si-ANGPLT4组A490、A430水平及ANGPLT4、Notch1、Bcl-2的表达水平均低于si-NC组,HBx表达水平与si-NC组比较无差异。以上结果表明,敲低HBx通过下调ANGPTL4的表达抑制肝癌细胞增殖,ANGPTL4参与HBx促进肝癌细胞的生长。本研究首次阐明了HBx通过ANGPTL4调控肝癌细胞的增殖,敲低HBx能够下调ANGPTL4及下游Notch1、bcl-2的表达,并抑制肝癌细胞增殖。

    2020年05期 v.36 809-815页 [查看摘要][在线阅读][下载 1566K]
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  • 人巨细胞病毒感染通过JAK2/STAT3途径调控结肠癌细胞的增殖及侵袭

    白菊芳;杨玉霞;马颖才;刘芝兰;薛晓红;赵相;

    人巨细胞病毒(Human cytomegalovirus,HCMV)感染是近年来新发现的致癌因素,结肠癌病灶中HCMV DNA的检出率明显高于癌旁组织,但HCMV感染在结肠癌发生发展中的作用机制尚未明确。胶质瘤中的研究表明,HCMV感染能够激活JAK2/STAT3。为研究HCMV通过JAK2/STAT3途径调控结肠癌细胞增殖及侵袭的作用,本研究培养了结肠癌SW480细胞并分组,对照组用不含病毒及药物的DMEM处理,HCMV组用含有5感染复数(MOI)病毒液的DMEM处理,AG490组用含有50μmol/L AG490的DMEM处理,HCMV+AG490组用含有5 MOI病毒液及50μmol/L AG490的DMEM处理,48h后检测细胞增殖活力、侵袭活力、增殖基因[c-myc、bcl-2相关X蛋白(bcl-2 associated X protein,bax)]、侵袭基因[波形蛋白(Vimentin)、E-钙黏蛋白(E-cadherin)]的表达水平。结果显示,HCMV组细胞OD490nm水平、侵袭数目及p-JAK2、p-STAT3、c-myc、Vimentin表达水平均高于对照组(P<0.05),AG490组细胞OD490nm水平、侵袭数目及p-JAK2、p-STAT3、c-myc、Vimentin表达水平均低于对照组(P<0.05),HCMV+AG490组OD490nm水平、侵袭数目及p-JAK2、p-STAT3、c-myc、Vimentin表达水平均低于HCMV组(P<0.05)。以上结果表明,HCMV感染促进结肠癌SW480细胞的增殖及侵袭,这一促进作用与激活JAK2/STAT3途径有关。

    2020年05期 v.36 816-821页 [查看摘要][在线阅读][下载 2030K]
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  • 质粒转染比例对人乳头瘤病毒16/18型假病毒制备的影响

    陈洁;柳欣林;徐琴;王大宁;夏宁邵;李少伟;

    高危型人乳头瘤病毒(Human papillomavirus,HPV)的持续感染与宫颈癌、阴道癌、口腔癌等恶性疾病的发生相关,目前主要通过基于L1蛋白的HPV疫苗进行预防。而假病毒(Pseudovirus,PsV)的高效稳定生产是相关预防性疫苗免疫保护性评价的重要环节。为初步探究PsV生产过程中各质粒的配比关系对不同型别PsV制备的影响。本实验采用人乳头瘤病毒的16型(HPV16)和18型(HPV18)两种型别的相应质粒转染细胞,编码L1蛋白的质粒转染质量固定为10μg,分别改变编码L2蛋白质粒与EGFP报告质粒的转染比例,通过计算PsV的TCID_(50)值、测定L1蛋白含量以及PsV的感染率对不同质粒转染配比下的假病毒进行评估。结果显示在HPV16PsV模型中,L1与L2转染质量比为10μg∶2μg时,可以得到TCID_(50)较高的PsV,而当HPV18 PsV达到最大TCID_(50)时,L1与L2的配比为10μg∶1μg,其TCID_(50)略大于10μg∶2μg组;L1与L2比例为10μg∶2μg时两种PsV皆可达到最大感染率;PsV模型对EGFP配比变化并不如L2敏感,L1与EGFP质量比在0.5~1之间时两种PsV均可获得较高TCID_(50),然而EGFP配比改变造成的感染率差异并不具有统计学意义。本研究探究了HPV16、HPV18 PsV生产的一般规律,为其他型别PsV高效生产提供指导,继而为疫苗保护性评价及结构生物学样品制备奠定基础。

    2020年05期 v.36 822-828页 [查看摘要][在线阅读][下载 2054K]
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  • tk1基因敲除Vero细胞株的建立及其在单纯疱疹病毒tk基因修复中的应用

    卢锐涛;佘明敏;雷志翔;陈晓湘;

    利用单纯疱疹病毒I型(Herpes simplex virus type 1,HSV-1)标准株F细菌人工染色体(HSV-BAC)系统构建的HSV重组病毒由于存在tk基因缺陷,无法表达胸苷激酶,影响病毒潜伏/激活,故需对该基因进行修复。为此,本研究建立了tk1基因敲除的Vero细胞株(tk1-Vero),并利用该细胞株建立了次黄嘌呤-氨基蝶呤-胸腺嘧啶脱氧核苷(Hypoxanthine-aminopurine-thymidine,HAT)选择性培养液筛选方法,对经同源重组方式完成tk基因修复的病毒进行筛选。首先,利用CRISPR/Cas9基因编辑技术敲除Vero细胞tk1基因,通过有限稀释法建立tk1-Vero细胞株,采用DNA测序和Western Blot对tk1-Vero细胞株进行鉴定;比较HSV(F)和tk-HSV(F)在tk1-Vero细胞和tk基因缺陷的人骨肉瘤143细胞中的增殖情况;在tk1-Vero细胞中,采用HAT选择性培养液筛选方法,对tk基因修复病毒进行筛选。结果显示,本研究成功建立了稳定的tk1-Vero细胞株;与143细胞相比,tk1-Vero细胞更适于病毒增殖及tk基因修复病毒的筛选;最后在tk1-Vero细胞中,利用HAT选择性培养液成功筛选出tk基因修复病毒。本研究表明,采用tk1-Vero细胞株建立的HAT选择性培养液筛选方法可以对tk基因修复病毒进行高效快速筛选。

    2020年05期 v.36 829-833页 [查看摘要][在线阅读][下载 1282K]
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  • 2015~2017年上海市急性结膜炎患者中人腺病毒感染的型别分布及其流行病学特征

    崔晓青;林森林;张曦;袁政安;陆丽娜;滕峥;

    为了解上海市2015-2017年急性结膜炎患者中腺病毒感染的型别分布及流行病学特征,本研究收集上海市2015-2017年间各区监测点医院符合病例定义的患者眼结膜拭子所有的标本,使用荧光PCR方法筛查腺病毒核酸。所有腺病毒核酸阳性标本接种HEp-2细胞,获得毒株后使用测序引物扩增腺病毒hexon、fiber和penton base基因高变区片段,使用生物信息学软件对测序后序列信息进行腺病毒基因特征分析。结果显示,2015-2017年共收集急性结膜炎患者的眼结膜拭子标本2 594例,其中腺病毒核酸阳性652例(阳性检出率为25.13%),占急性结膜炎监测总阳性检出率的95.18%(652/685)。经细胞培养后获得腺病毒阳性毒株138株,分离率为79.90%,其基因型别主要为人腺病毒D37亚型、B3亚型,分别占52.17%、28.99%。本研究提示,人腺病毒是引起上海市2015-2017年急性结膜炎感染的主要病原体,其中D37亚型和B3亚型为优势基因型且进化高度保守,需要进一步加强监测。

    2020年05期 v.36 834-839页 [查看摘要][在线阅读][下载 1158K]
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  • 新一代全基因组测序揭示2014~2018年云南省临沧市H3N2亚型流感病毒的遗传突变机制

    张汉菊;仇娜;周晓荣;赵晓南;徐闻;伏晓庆;张美玲;

    季节性H3N2亚型流感病毒进化速率快,极易发生抗原漂移,引起区域流行且致死率较高。为阐明云南省临沧市2014~2018年H3N2亚型流感病毒的遗传突变机制,选取临沧市2014~2018年H3N2亚型流感病毒29株,通过全基因组核酸提取、扩增、文库构建以及Illumina MiSeq测序获得基因组全序,并利用生物信息学软件比对基因组序列同源性、构建系统发育树以及解析氨基酸的变异规律。结果显示,29株H3N2亚型流感病毒的8个基因片段的基因进化树拓扑结构基本一致,17株毒株(2014年6株,2015年6株,2016年1株,2018年4株)隶属3C.3a进化支系,11株毒株(2015年1株,2016年1株,2017年7株,2018年2株)隶属3C.2a1进化分支,且这11株毒株出现3C.2a1进化支系特有的氨基酸突变(N121K、N171K、I406V和G484E),A/Yunnan-Linxiang/114/2018这一毒株在全基因组进化树上归属不同支系(例如:3C.3b、3C.2a、3C.2a1),提示临沧市2018年H3N2亚型流感病毒全基因组序列经历了快速进化。与相应年度疫苗株相比,所有毒株血凝素(Hemagglulinin,HA)蛋白重链HA1区抗原决定簇变异频率较高,T131K、T135K/N和A138S突变既位于抗原决定簇,又属HA蛋白受体结合位点(Receptor binding site,RBS),17株毒株HA1区潜在糖基化位点发生改变,且位于抗原决定簇上,15株毒株神经氨酸酶(Neuraminidase,NA)蛋白潜在糖基化位点发生突变,其中7株糖基化位点的突变发生在NA抗原决定簇上,这都会导致病毒抗原性发生改变,形成抗原漂移。本研究剖析了2014~2018年云南省临沧市H3N2亚型流感病毒起源和扩散的遗传突变机制,为云南省临沧市流感的科学防控提供了理论依据。

    2020年05期 v.36 840-854页 [查看摘要][在线阅读][下载 1687K]
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  • 人星状病毒、肠道腺病毒双重实时荧光RT-PCR方法的建立及应用

    毛彤瑶;刘诗琪;裴银辉;王萌璇;章青;王宏;孔翔羽;李慧莹;张佳艳;段招军;李丹地;

    人星状病毒(Human astrovirus,HAstV)、肠道腺病毒(Enteric adenovirus,EAdV)是引起急性胃肠炎的两种常见病原体,目前尚未实现这两种病原体荧光定量RT-PCR的单管双重检测。为建立一种灵敏特异的双重荧光定量RT-PCR检测方法并应用于实验室样本检测,本研究选择HAstV、EAdV特异性引物和探针,优化反应体系和反应条件,并对该方法的灵敏性、特异性和稳定性进行评价。结果显示,该方法针对HAstV和EAdV的检出限分别可以达到522拷贝/μL和53.5拷贝/μL;与多种常见和罕见的人腹泻病毒没有交叉反应;批内和批间等重复性实验变异系数均小于5%;灵敏度高于常规PCR。本研究提示,建立的HAstV、EAdV双重荧光定量RT-PCR检测方法具有较好的灵敏度、特异性和稳定性,可用于实验室HAstV和EAdV的快速筛查。

    2020年05期 v.36 855-864页 [查看摘要][在线阅读][下载 4840K]
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  • 采用风险矩阵评估俄罗斯、哈萨克斯坦两种蜱传病毒性传染病输入我国风险水平

    王媛;韩桃利;王英;

    我国提出的"一带一路"倡议得到越来越多国家的响应,为了防止传染病输入我国并造成本地传播,需要评估各种传染病跨境传播的可能。本文采用德尔菲法和风险矩阵相结合的分析方法,选择20名长期从事传染病防治的专家填写咨询问卷,评价俄罗斯、哈萨克斯坦两国克里米亚-刚果出血热(Crimean-Congo hemorrhagic fever,CCHF)、蜱传脑炎(Tick-borne encephalitis,TBE)输入我国的风险水平(Risk,R)。第二轮咨询结果显示,两个国家、两种疾病的输入风险可能性(Possibility,P)、后果严重性(Consequence severity,S)评分的标准差均较第一轮咨询小,提示专家意见分歧变小;第二轮专家咨询哈萨克斯坦CCHF输入风险可能性明显小于第一轮(P=0.017),其他各指标评分的均值均未高于第一轮,提示风险偏好并未随着咨询次数增加而增大;肯德尔和谐系数(Kendall’s W)为0.223,较第一轮小幅上升(0.199);两种蜱传疾病在第二轮风险矩阵中的风险水平处于低~中等范围,较第一轮(低~极高)趋于集中,第二轮咨询哈萨克斯坦CCHF输入我国风险水平平均秩次低于第一轮(P=0.027),其他无统计学差异;两轮咨询俄罗斯TBE输入我国风险可能性均高于哈萨克斯坦(P第一轮=0.008、P第二轮<0.001),第二轮风险水平平均秩次高于哈萨克斯坦(P=0.014)。以上结果已对实际工作和研究方法具有借鉴作用,终止咨询。本研究提示,我国面临TBE、CCHF输入风险虽未达高等级水平,但仍需保持适度的警惕性。

    2020年05期 v.36 865-870页 [查看摘要][在线阅读][下载 940K]
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  • 2019年广州地区肾移植受者中BK病毒的基因型分布特征

    李磊;邓家成;范雪娇;何文茵;梁君瑜;蔡瑞明;

    BK病毒(BK virus,BKV)在人群中普遍易感,其感染是造成肾移植受者移植器官丧失功能的重要因素。为了深入了解BK病毒在2019年广州地区的流行情况,本研究对广州地区的164例肾移植受者的血液和尿液样本的感染情况进行了监测,检测结果表明尿液检出率为32.5%(66/203),血液样本检出率为4.3%(8/185)。对其中20株BK病毒VP1区系统进化分析的结果表明,其中10株属于I型,10株属于IV型,并初步分析了不同临床类型病例的基因型分布的特点。本研究提示至少有I、IV两个基因型的BK病毒在全国范围共流行,其中广州地区两个基因型的流行情况相当,以上数据有助于深入了解我国BK病毒分子流行病学研究,为分子检测试剂以及本土疫苗的研发提供基础依据。

    2020年05期 v.36 871-878页 [查看摘要][在线阅读][下载 1950K]
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非洲猪瘟病毒研究论著

  • 非洲猪瘟病毒pS273R蛋白酶的可溶性表达与胞外活性鉴定

    王彦伟;王孟月;张素玲;吴芃;白露露;王同燕;李向东;逄文强;田克恭;

    pS273R是ASFV编码的涉及多聚蛋白切割的蛋白酶,也是ASFV核心壳层的组成成分。利用分子伴侣在大肠杆菌表达非洲猪瘟pS273R蛋白酶,IPTG诱导可表达可溶性pS273R重组蛋白,分子量约31 kD。经Western Blot鉴定,表达的蛋白可与ASF阳性血清发生特异性反应,能够酶切杆状病毒表达的pp62,具有胞外活性。这些结果为研究ASFV组装机制和病毒复制抑制药物的开发提供了重要的生物材料。

    2020年05期 v.36 879-884页 [查看摘要][在线阅读][下载 7255K]
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  • 非洲猪瘟研究领域专利布局和竞争态势分析

    马丽丽;吴跃伟;陈晓晖;陈逗逗;宁峻涛;王淇;焦洪涛;雷瑞鹏;刘欢;

    2018年8月3日,我国首次发生非洲猪瘟疫情并在国内各地快速传播蔓延,给国民生活和社会治安带来严重影响。面对我国面临的非洲猪瘟防控严峻形势,本文以反映科技应用的专利数据为研究对象,利用科学计量方法对非洲猪瘟领域国际专利的申请时间、申请国家、专利权人、技术布局、保护强度等进行多角度分析。研究结果表明虽然1921年非洲猪瘟首次被报道,但直至本世纪初相关专利申请量才有所增加;我国、美国、加拿大等是非洲猪瘟专利的主要申请国家,病毒快速检测技术和抗病毒制剂是主要研发技术领域。虽然我国非洲猪瘟专利申请量较大,但今后需加强非洲猪瘟疫苗和抗病毒药技术领域的研发,同时需重视相关专利的知识产权保护。本文研究以期为我国非洲猪瘟疫情防治提供情报参考和建议。

    2020年05期 v.36 885-896页 [查看摘要][在线阅读][下载 1548K]
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动物病毒研究论著

  • 流行性出血病病毒(EHDV)血清型特异性荧光定量RT-PCR方法的建立及初步应用

    杨振兴;李占鸿;宋子昂;朱建波;李卓然;李华春;谢佳芮;廖德芳;杨恒;

    流行性出血病病毒(EHDV)是一种严重危害反刍动物的虫媒病毒,目前世界范围已发现9种血清型的EHDV,本研究旨在建立EHDV的血清型特异性实时荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)诊断技术。以决定EHDV血清型的基因节段2(Seg-2)作为靶基因,设计8对特异性扩增引物和TaqMan探针,以不同血清型EHDV代表毒株的cDNA为模板,分析检测方法特异性、敏感性;以不同血清型的EHDV分离毒株及临床血液样本为检测对象,分析该方法的实际检测效果。实验结果显示:建立的EHDV血清型特异性qRT-PCR检测方法具有高度的特异性和灵敏性,可准确鉴定不同血清型EHDV,与蓝舌病病毒、中山病病毒和阿卡斑病毒之间均无交叉反应;qRT-PCR反应的扩增效率均达到90%以上,对不同血清型EHDV核酸检测灵敏度在24拷贝/μL~44拷贝/μL之间。对我国分离的31株EHDV进行血清型qRT-PCR鉴定,结果显示分离的EHDV分别为EHDV-1(6株)、EHDV-5(9株)、EHDV-6(11株)、EHDV-7(2株)与EHDV-10(3株)。对不同血清型EHDV感染动物的血液样本检测结果显示,本方法能在动物感染EHDV早期鉴定出病毒的血清型,与血液样本中分离EHDV毒株的血清型鉴定结果一致。本研究建立的EHDV血清型荧光定量RT-PCR定型方法具特异性强、灵敏度高和耗时少等优点,可用于动物感染EHDV血清型的快速与准确诊断,具有良好的应用与推广价值。

    2020年05期 v.36 897-906页 [查看摘要][在线阅读][下载 982K]
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  • 黄腐酚对猪流行性腹泻病毒的体外抑制作用

    赵诗莹;陈新;陈欢;钱莺娟;郑龙三;戴建君;

    猪流行性腹泻(Porcine epidemic diarrhea,PED)是由猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)引起的一种以仔猪水样腹泻、呕吐、脱水和高死亡率为主要特征的高度接触性传染病。该病首先在欧洲出现地区性暴发,2000年后在亚洲流行严重,给全球养猪业造成了巨大的损失。由于PEDV毒株变异迅速,研究对PEDV具有抑制作用的天然活性化合物对于了解病毒感染致病机制以及防控PED具有重要意义。本研究通过RT-PCR、空斑形成试验、Western Blot和MTT试验等方法探究黄腐酚是否对PEDV感染具有抑制作用,并验证其作用效果。结果显示,黄腐酚能够明显抑制PEDV感染Vero-E6细胞中病毒M基因mRNA水平,显著降低细胞内和上清中病毒粒子的产生;黄腐酚对Vero-E6细胞几乎无毒性,抑制PEDV呈剂量依赖性且半数有效浓度为3.865μM;黄腐酚处理能明显降低PEDV不同毒株(如CV777和SQ2014毒株)感染细胞中N蛋白表达水平。本研究为进一步探究黄腐酚抗PEDV感染机制,研制抗PEDV或广谱抗冠状病毒药物奠定了基础。

    2020年05期 v.36 907-912页 [查看摘要][在线阅读][下载 1113K]
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植物病毒研究论著

  • 黄瓜花叶病毒RNA3基因间隔区的功能研究

    杨磊;张建平;孙鑫;卢全有;

    黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)是RNA病毒基因组功能研究的重要模式种,其各个开放阅读框及顺式作用元件的功能已较为清楚,但还缺乏RNA3基因间隔区的功能在植物体水平上的相关研究。本研究采用基因合成和双酶切的方法构建了基因间隔区(Intergenic region,IGR)3'UTR、5'UTR和全序列的缺失突变体侵染性克隆(简称pΔ3'UTR,pΔ5'UTR和pΔAll),并结合农杆菌介导的瞬时表达分析了IGR的功能。接种结果显示,注射pΔ3'UTR侵染性克隆的本氏烟表现出与注射野生型(Wild type,Wt)的本氏烟相似的症状,但要比Wt晚3.5d,而注射pΔ5'UTR、pΔAll的本氏烟没有表现任何症状,直至枯萎。Western Blot结果显示,注射突变体的本氏烟中,只有注射pΔ3'UTR的本氏烟在出现症状后可被检测到外壳蛋白(Coat protein,CP),但远低于Wt中的CP表达量,说明IGR 3'UTR缺失使最终翻译出来的外壳蛋白水平明显降低;Northern Blot结果显示,也只有注射pΔ3'UTR的本氏烟在出现症状后表达了RNA3和RNA4,但表达量始终低于野生型。针对接种叶内RNA3的半定量RT-PCR结果显示,注射Wt、pΔ3'UTR的本氏烟的预期条带亮度都很高,说明RNA3在缺失IGR 3'端序列时仍能正常转录且能正常复制;而注射pΔ5'UTR、pΔAll的本氏烟的预期条带亮度都很低,说明RNA3在缺失IGR 5'端序列或缺失IGR全部序列时,cDNA仍能转录出少量的RNA3,但这些RNA3完全丧失了复制能力。本研究揭示IGR5'UTR含有RNA3复制的必要元件,其缺失将使病毒完全失去复制能力;IGR 3'UTR控制着RNA3复制的效率,其缺失导致RNA3的积累量显著降低;IGR 3'UTR缺失时病毒只翻译出少量的CP,但也使寄主产生严重的症状。

    2020年05期 v.36 913-922页 [查看摘要][在线阅读][下载 3588K]
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新型冠状病毒研究专题综述

  • ACE2类似酶B38-CAP调节新型冠状病毒肺炎患者RAS系统平衡的作用分析

    周元琳;范慧海;

    截止2020年4月7日,全球累计报告感染新型冠状病毒肺炎患者1 259 440例,累计死亡71 108例,涉及123个国家,其中美国累计确诊337 971例,死亡9 654例,西班牙累计确诊135 032例,死亡12 055例。全球死亡比例高达5.65%。新型冠状病毒传染性强,目前尚无特效药。缓解患者临床症状、降低患者死亡率是重要的临床问题。西湖大学周强教授团队研究发现了新型冠状病毒S蛋白和ACE2受体的复合结构,发现新型冠状病毒通过S蛋白与人细胞受体ACE2结合。冠状病毒与ACE2受体结合后致ACE2减少、RAS系统激活进而致病。提高ACE2表达可能对缓解新型冠状病毒肺炎患者临床症状有一定疗效,但这是否会增加新型冠状病毒感染风险目前争议颇大。B38-CAP是一种ACE2类似酶,与ACE2作用类似,可水解Ang II,抑制RAS系统,保护肺和心血管系统。同时B38-CAP不与新型冠状病毒结合,不会增加新型冠状病毒感染风险。这可能为药物治疗新型冠状病毒肺炎提供新的思路。

    2020年05期 v.36 923-926页 [查看摘要][在线阅读][下载 1607K]
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  • 新冠病毒SARS-CoV-2的感染机制研究进展

    鲁荣光;武婧;白雪;刘维全;

    由新型冠状病毒(SARS-CoV-2)引起的冠状病毒病2019(COVID-19)作为一种新发传染病,已经蔓延到全世界的多个国家和地区,被WHO判定为全球大流行病(Pandemic disease),引发了严重的公共卫生安全问题。自SARS-CoV-2出现以来,病毒溯源和中间宿主等问题得到了民众的广泛关注,虽然只有约2%的感染者有野生动物接触史,但科学家普遍认为SARS-CoV-2是一种来自野生动物的病毒。病毒的跨种属传播十分困难,而且往往会引起新宿主的高病死率,但SARS-CoV-2被发现以来,表现出对人类机体已经有了很好的适应性,具有传播能力强和病死率较低的特性,这与之前发现的引起新发、突发传染病的大多数病毒有所不同。因此,本文对SARS-CoV-2的病原学,功能受体和基因组进化等方面的研究进展进行综述,以期为SARS-CoV-2的溯源提供新的视角。

    2020年05期 v.36 927-935页 [查看摘要][在线阅读][下载 1379K]
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综述

  • 手足口病主要病原变迁及分子进化研究

    韦欢欢;朱俊萍;何秋水;

    手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)是一种由多种肠道病毒引起的,以儿童急性感染为主的全球性传染病。引起该病的病原谱及优势流行毒株在世界范围内随时间推移而不断变化,情况日趋复杂。病原的不断进化在病原谱的变迁以及相关疾病的暴发流行中发挥重要作用。本文结合历年来欧美、东南亚及中国大陆HFMD重大疫情中的病原谱变化以及各主要病原的分子进化研究进行综述,为HFMD的持续有效防控及相关策略制定提供依据。

    2020年05期 v.36 936-945页 [查看摘要][在线阅读][下载 1186K]
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  • CRISPR/Cas9基因编辑技术在病毒学研究中的应用及进展

    滕蔓;刘金玲;郑鹿平;罗俊;

    近年来,以CRISPR/Cas9为代表的基因编辑技术发展迅速,与这一技术相关的基础和应用研究已成为全球生命科学各个领域的研究热点。在病毒学研究中,病毒基因组改造技术一直以来都是研究病毒基因功能、致病机制以及疫苗研发的重要技术手段。本文主要从传统的病毒基因组改造技术,CRISPR/Cas9基因编辑系统的起源、原理、发展以及在病毒基因编辑方面的应用和进展等方面进行阐述,重点介绍该系统在病毒学研究中已取得的最新进展和成果,并就CRISPR/Cas9基因编辑技术现存的问题及应用前景进行简要论述。

    2020年05期 v.36 946-954页 [查看摘要][在线阅读][下载 980K]
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  • APOBEC3家族减少乙型肝炎病毒cccDNA库的作用机制进展

    张泽凤;李晖;邓秀秀;辜群利;曾子键;

    乙型肝炎病毒共价闭合环状DNA(Hepatitis B virus covalently closed circular DNA,HBV cccDNA)是乙肝病毒基因组存在于受感染肝细胞中高度稳定和持久的形式,是病毒清除失败和目前抗病毒治疗停止后病毒学复发的原因之一。作为天然宿主病毒限制因子,载脂蛋白B mRNA编辑酶催化多肽样蛋白3(Apolipoprotein B mRNAediting catalytic polypeptide-like protein 3,APOBEC3)家族,具有使病毒基因组或cccDNA G-to-A超突变功能,可减少或消除HBV cccDNA库,成为有潜力抗病毒方法之一。故本文结合目前国内外实验研究对APOBEC3家族介导的致突变机制在减少HBV cccDNA库中的作用机制作一综述。

    2020年05期 v.36 955-961页 [查看摘要][在线阅读][下载 944K]
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  • 甲壳动物虹彩病毒的研究进展

    郑秦;姚光山;吴小锋;陈建明;

    虹彩病毒是一类以无脊椎动物和变温脊椎动物为主要宿主的二十面体、线性双链DNA病毒。部分虹彩病毒可以感染包括虾在内的甲壳动物,且致死率极高,本文将这类病毒统称为甲壳动物虹彩病毒。本文分别从发现历程、系统发育关系、病毒基因组、病毒检测和宿主症状等方面阐述甲壳动物虹彩病毒的研究现状。对甲壳动物虹彩病毒的深入研究将促进对其感染详细分子机制的认识,并为甲壳动物病害防治提供参考。

    2020年05期 v.36 962-968页 [查看摘要][在线阅读][下载 1143K]
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  • 甲病毒受体研究进展

    曾喻兵;殷鑫欢;徐雷;朱玲;徐志文;

    甲病毒(Alphavirus)是家畜和人类的重要病原体,感染后虽未危及生命,但可引发慢性疾病,如关节炎、关节痛和斑丘疹等。尽管已开展多年的研究,但甲病毒的侵染机理和宿主抗病毒机制尚未清楚,亦未研制出有效的疫苗和抗病毒药物。目前研究发现,甲病毒受体有Mxra8分子、抗性相关巨噬细胞蛋白、抑制素、α1β1整合素、层粘连蛋白受体、TIM家族等。本文就已知甲病毒受体及其与病毒相互作用进行总结概述,以期为甲病毒致病机理的深入研究及其所致疾病的预防控制提供新的思路。

    2020年05期 v.36 969-974页 [查看摘要][在线阅读][下载 961K]
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  • 猪流行性腹泻病毒感染调控干扰素反应的研究进展

    丁珍;吴琼;丘建龙;黄冬艳;宋德平;叶昱;唐玉新;

    猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)是一种烈性传染的肠道冠状病毒,主要导致仔猪腹泻、脱水、高发病率和高死亡率。全球范围暴发的高致病性PEDV变异毒株给养猪业带来巨大经济损失。PEDV调控宿主天然免疫,对其成功感染宿主和复制增殖具有重要影响。本文主要阐述PEDV感染时,干扰素(Interferon,IFN)在猪肠道细胞发挥的功能,并简单介绍PEDV病毒及其编码的蛋白调控IFN-α/β和IFN-λ的分子机制,从而阐明PEDV是如何逃逸宿主天然免疫反应。

    2020年05期 v.36 975-982页 [查看摘要][在线阅读][下载 1469K]
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