- 赵翔;冯晔囡;陈志肖;梦遥;吴宇超;宋洋;王佶;聂凯;张勇;王衍海;周为民;谭文杰;韩俊;王世文;许文波;陈操;王大燕;
2020年4月中国阻断湖北省武汉市新冠肺炎疫情传播后,中国国内报道了多起由境外输入导致的本土聚集性新冠肺炎疫情。为分析引起聚集性疫情的输入性新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的基因组特征,本研究对2020年4-11月份十起输入相关本土疫情首例病例的SARS-CoV-2全基因组基因特征进行分析,系统阐述了相关SARS-CoV-2的全基因组和氨基酸变异特征。结果显示,与武汉参考株相比,十起本土聚集性疫情首例病例的SARS-CoV-2核苷酸突变中位数为10个(8个-26个),氨基酸突变的中位数为6个(4个-16个),且刺突(spike,S)蛋白只有D614G一个氨基酸发生突变。除分支位点外,10条SARS-CoV-2全基因组序列的65个核苷酸突变位点以及35个氨基酸突变仅出现1-2次,呈现随机性。全基因组分析表明,这十起本土疫情的首例病例基因组按照中国分型法可划分为4个型,按照Pangolin分型法可划分为7个型,与我国2020年1-3月份武汉流行的毒株属于不同基因型,不是本土SARS-CoV-2的持续传播。与2020年9-12月英国和南非变异株属于不同基因型,无相关性。本文系统分析了2020年由输入病毒导致的十起本土疫情首例病例的SARS-CoV-2核苷酸与氨基酸变异特征,为我国新冠防控策略的制定以及后续新冠疫情的溯源提供了参考依据。
2021年02期 v.37 259-266页 [查看摘要][在线阅读][下载 2128K] [下载次数：982 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：14 ] |[阅读次数：16 ] - 冯晔囡;陈志肖;梦遥;赵翔;宋洋;王佶;许文波;陈操;王世文;
新型冠状病毒(SARS-CoV-2)自2019年底流行至今,已进化出多个不同的亚型或分支并在全球共同传播。2020年12月14日,英国报道了一种新的SARS-CoV-2 variants of concern 202012/01(VOC 202012/01)变异株,其刺突(spike,S)蛋白累积了10个氨基酸突变,传播力增强。为分析SARS-CoV-2 VOC 202012/01变异株的全球传播与进化规律,本研究对截至到2020年12月31日的GISAID数据库中符合VOC 202012/01变异株特征的全基因组序列进行了时空分布及S蛋白进化特征分析。结果表明,VOC 202012/01变异株自2020年9月20日于英国首次出现后,在英国境内迅速蔓延,毒株数量逐月增多,并逐步扩散到全球4个大洲22个国家。在2020年9～12月传播期间,VOC 202012/01变异株的S蛋白除10个特征性位点稳定突变以外,均呈随机突变,仅有2个氨基酸突变位点存在于50条以上的序列中,行成小的分支。本文初步阐明了SARS-CoV-2 VOC 202012/01变异株的在全球早期流行中的传播与S蛋白的进化特征,为我国应对VOC 202012/01变异株的监测与防控提供科学依据。
2021年02期 v.37 267-273页 [查看摘要][在线阅读][下载 1406K] [下载次数：1047 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：13 ] |[阅读次数：24 ] - 段晓健;王媛;王英;
新型冠状病毒肺炎(Coronavirus disease 2019,COVID-19)已造成全球大流行,比较不同国家流行特征是了解该病流行规律的重要内容。为了推进我国提出的"一带一路"倡议,防止传染病跨境传播,并探讨COVID-19流行规律和不同国家传染病研究方法,本研究对中国和伊朗COVID-19流行特征和影响因素进行比较分析。根据世界卫生组织、国家卫生健康委员会及新闻媒体等提供的数据和信息,采用描述流行病学方法和Pearson相关进行分析,结果显示,截至2020年7月31日24时,中国累计报告确诊病例88 122例,占全球报告0.50%,位居28位;同期伊朗确诊304 204例,占全球1.73%,位居全球第9位。2020年4月22日伊朗报告累计确诊病例数首次超过中国,中国宁夏回族自治区、北京市、上海市、甘肃省、广东省分别报告有伊朗输入病例。COVID-19流行水平和严重程度伊朗高于中国:伊朗的发病率为371/10万、中国6.29/10万;伊朗的死亡率为20/10万、中国0.33/10万;伊朗的治愈率为86.63%、中国为92.18%;病死率两国水平接近;伊朗平均每日新增确诊病例数1 395例,中国404例。中国疫情出现拐点的时间较伊朗早,每日新增确诊病例首次出现下降用时25d(伊朗42d)、每日新增治愈超过新增确诊用时31d(伊朗49d)。伊朗疫情在5月后出现持续反弹,2020年6月4日确诊病例数达反弹峰值(3 574例),超过前期的3 186例,且在多数时间新增治愈人数低于新增确诊人数。中国和伊朗每日新增确诊、新增治愈病例数趋势形态不同,中国新增治愈病例数趋势图整体延后新增确诊病例,而伊朗新增治愈与新增确诊病例数几乎同步。相关分析显示武汉每日新增确诊病例数在划分的两个阶段与预防控制措施得分均呈正相关(相关系数分别为0.44、0.53),而与当时武汉的气象因素平均气压(百帕)、平均2min风速(米/秒)、平均气温(℃)、平均相对湿度(百分率)、日照时数(时)无相关性;伊朗在疫情的第一阶段呈正相关,第二阶段为负相关。COVID-19在中国和伊朗的流行存在差异,对不同国家流行情况进行比较研究,有助于加深对COVID-19全球大流行的认识。
2021年02期 v.37 274-287页 [查看摘要][在线阅读][下载 2004K] [下载次数：430 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：1 ] |[阅读次数：10 ] - 郭美月;胡媛;徐露;宋金玲;袁坤;吴贤兵;马穗;程相如;王迪;
自新冠疫情暴发以来,食品或其包装袋不断被检测出新型冠状病毒(SARS-CoV-2)核酸阳性,均与冷冻生鲜相关。为评估SARS-CoV-2污染冷冻食品的风险,本研究采集湖北省襄阳市各大商超、批发市场和餐饮企业的601批次冷冻食品进行新型冠状病毒核酸检测,分析国内外不同品种和不同经营场所的冷冻食品的新型冠状病毒核酸检测结果。结果显示,该601批次的冷冻食品的新型冠状病毒核酸检测结果全部为阴性。本研究提示,襄阳市的冷冻食品被SARS-CoV-2污染的风险较低,其作为SARS-CoV-2传染源的可能性较小。
2021年02期 v.37 288-291页 [查看摘要][在线阅读][下载 1166K] [下载次数：405 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：3 ] |[阅读次数：5 ] - 朱勇;刘代强;梅兰英;李玲;黄连卉;雷雨;孔云平;李雨蓓;邱建平;贺学俊;
探讨重庆地区COVID-19疫情时空分布特征及扩散模式,以期未来为本地应对公共卫生应急事件积累经验。本文收集重庆市卫生健康委员会公布的官方数据,采用ArcGIS 10.2软件进行空间计量分析,并实现区域分布可视化,描述性统计和社会因素相关分析采用SPSS 20.0和Graphpad Prism 7.0软件进行统计和作图。结果 5个时间节点,重庆地区COVID-19累计报告发病率的Moran's I值均为正值(均P<0.05);局部Getis-ord G_i~*指数分析探测到渝东北高渝东南低的态势越发明显;标准差椭圆展布呈现东北-西南的空间格局,随时间的变化经历了扩散-极化-扩散-稳定的过程;重心走势呈现向西南(渝西片区)移动距离逐渐减弱态势,市内出行(r=0.449,P=0.007)和交通网络(r_s=0.321,P=0.049)对COVID-19的流行具有正相关性。重庆地区COVID-19疫情存在空间聚集性,高发聚集区域集中在渝东北片区,GIS较好地揭示了疫情聚集性变化过程和传播的时空趋势,市内出行和交通网络2个社会因素对重庆地区疫情影响较大。
2021年02期 v.37 292-299页 [查看摘要][在线阅读][下载 3659K] [下载次数：920 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：2 ] |[阅读次数：8 ]
- 雷雨璇;邹瑶;孙颖;邱增钊;刘兆青;武伟华;刘慧;王昕;房师松;舒跃龙;
H7N9病毒感染除引起患者呼吸道症状外,还可能导致中枢神级系统病症。血小板活化因子(Platelet activating factor,PAF)是一种生物活性磷脂,参与神经系统的部分功能。但尚未有研究讨论PAF是否参与H7N9病毒中枢神经系统疾病致病机制。本研究通过H7N9病毒体外感染小鼠小胶质细胞(BV2)和神经母瘤细胞(N2a)发现,H7N9流感病毒可以感染BV2、N2a细胞,引起细胞明显病变并使细胞活性下降;此外H7N9病毒感染BV2细胞后,PAF浓度水平明显上升,PAF乙酰水解酶(Platelet activating factor acetylhydrolase,PAF-AH)基因pafah1b1和pafah2表达水平明显下降。而N2a细胞染毒后PAF-AH基因表达水平明显上升,染毒48h后胞内PAF浓度明显下降。本研究首次将PAF与流感病毒性脑病联系在一起,提示PAF可能参与流感病毒性脑病的致病过程,可作为治疗的药物靶点进行后续研究。
2021年02期 v.37 300-308页 [查看摘要][在线阅读][下载 2104K] [下载次数：158 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：1 ] |[阅读次数：6 ] - 陈翠霞;杨磊;蒋太交;王小龙;曹宗富;李天君;于磊;高华方;马旭;
随着流感病毒基因组测序数据的急剧增加,深入挖掘流感病毒基因组大数据蕴含的生物学信息成为研究热点。基于中国流感病毒流行特征数据,建设一个集自动化、一体化和信息化的序列库系统,对于实现流感病毒基因组批量快速翻译、注释、存储、查询、分析具有重要的应用价值。本课题组通过集成一系列软件和工具包,并结合自主研发的其他功能,在底层维护的2个关键的参考数据集基础上另外追加了翻译注释信息最佳匹配的精细化筛选规则,构建具有流感病毒基因组信息存储、自动化翻译、蛋白序列精准注释、同源序列比对和进化树分析等功能的自动化系统。结果显示,通过Web端输入fasta格式的流感病毒基因序列,本系统可针对参考序列片段数据集(blastdb.fasta)进行Blast同源性检索,可以鉴定流感病毒的型别(A、B或C)、亚型和基因片段(1～8片段);在此基础上,通过查询数据库底层用于翻译、注释的基因片段参考数据集,可以获得一组肽段数据集,然后通过循环调用ProSplign软件对其进行预测。结合精细化的筛选准入规则,选出与输入序列匹配最好的翻译后产物,作为该输入序列的预测蛋白,输出为gbk,asn和fasta等通用格式的文件,给出序列长度、是否全长、病毒型别、亚型、片段等信息。基于以上工作,另外自主研发了系统其他的附加功能如进化树分析展示、基因组数据存储等功能,构建成基于Web服务的流感病毒基因组自动化翻译注释系统。本研究提示,系统高度集成系列软件以及自有的注释翻译数据库文件,实现从序列存储、翻译、注释到序列分析和展示的功能,可全面满足我国高通量基因检测数据共享化、本土化、一体化、自动化的需求。
2021年02期 v.37 309-317页 [查看摘要][在线阅读][下载 3541K] [下载次数：68 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：0 ] |[阅读次数：5 ]
- 陈耿仟;吴国平;饶平;林先萍;陈才利;
小檗碱是具有细胞保护作用的生物碱,能够在柯萨奇病毒B3(CVB3)感染引起的病毒性心肌炎小鼠中发挥心肌保护作用,但具体的机制未阐明。在内皮细胞中,小檗碱通过c-Jun氨基末端激酶(JNK)通路抑制细胞凋亡,因此本研究将分析小檗碱通过JNK通路调控CVB3感染心肌细胞凋亡的作用。H9c2心肌细胞分为对照组(不含药物的DMEM处理)、模型组(含CVB3的DMEM处理)、小檗碱组(含CVB3及小檗碱的DMEM处理)、小檗碱+JNK质粒组(含CVB3、小檗碱、JNK质粒的DMEM处理),检测细胞凋亡率、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)、白介素-6(IL-6)、活性氧(ROS)、丙二醛(MDA)的含量、p-JNK、cleaved caspase-3、bax、bcl-2的表达量。结果显示,模型组的细胞凋亡率、TNF-α、IL-6、ROS、MDA的含量、p-JNK、cleaved caspase-3、bax的表达量高于对照组,bcl-2的表达量低于对照组(P<0.05);小檗碱组的细胞凋亡率、TNF-α、IL-6、ROS、MDA的含量、p-JNK、cleaved caspase-3、bax的表达量低于模型组,bcl-2的表达量高于模型组(P<0.05);小檗碱+JNK质粒组的细胞凋亡率、TNF-α、IL-6、ROS、MDA的含量、p-JNK、cleaved caspase-3、bax的表达量高于小檗碱组,bcl-2的表达量低于小檗碱组(P<0.05)。以上结果表明小檗碱对CVB3感染心肌细胞的凋亡具有抑制作用,抑制JNK通路是介导这一作用可能的分子机制。
2021年02期 v.37 318-324页 [查看摘要][在线阅读][下载 1577K] [下载次数：195 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：3 ] |[阅读次数：10 ] - 黄顺;于洋;吴娴婕;林强;
重症手足口病患儿中心肌损害常见,肠道病毒71型(Enterovirus 71,EV71)是引起手足口病的主要病原体之一,EV71感染小鼠可以出现心肌炎的病理改变,但EV71引起心肌损害的机制尚不明确。为了阐明EV71引起心肌损害的机制,本实验观察了EV71感染小鼠心肌损害与CXC趋化因子配体12(CXC chemokine ligand 12,CXCL12)/CXC趋化因子受体4(CXC chemokine receptor 4,CXCR4)通路激活的关系。BALB/c乳鼠随机分为对照组、EV71组、EV71+AMD3100组、AMD3100组,对照组、AMD3100组给予生理盐水腹腔注射,EV71组、EV71+AMD3100组给予EV71病毒液腹腔注射;而后EV71+AMD3100组、AMD3100组给予CXCR4抑制剂AMD3100腹腔注射、连续7d。比较四组间血清中CXCL12、磷酸肌酸激酶同工酶(CreatineKinase-MB,CK-MB)、乳酸脱氢酶(Lactate dehydrogenase,LDH)含量、心肌病理改变及细胞凋亡率、心肌中CXCR4、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶-3(caspase-3)表达及肿瘤坏死因子-α(Tumor necrosis factor,TNF-α)、白介素-6(Interleukin-6,IL-6)含量的差异。与对照组比较,EV71组血清中CXCL12、CK-MB、LDH的含量明显增加,心肌出现了典型的心肌炎病理改变且细胞凋亡率、CXCR4及caspase-3表达水平、TNF-α及IL-6含量明显增加;与EV71组比较,EV71+AMD3100组血清中CXCL12、CK-MB、LDH的含量明显降低,心肌的病理改变改善且细胞凋亡率、CXCR4及caspase-3表达水平、TNF-α及IL-6含量明显降低。以上结果表明EV71感染小鼠心肌中CXCL12/CXCR4通路过度激活,该通路的激活介导了心肌细胞凋亡及炎症反应。本研究创新点为阐明了CXCL12/CXCR4通路在EV71病毒感染引起心肌损害中的作用,CXCL12/CXCR4通路激活能够激活EV71感染小鼠心肌的炎症反应及细胞凋亡,这为今后研究手足口病发病过程中心肌损害的机制提供了依据。
2021年02期 v.37 325-331页 [查看摘要][在线阅读][下载 1746K] [下载次数：116 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：2 ] |[阅读次数：7 ] - 李利利;刘蒙蒙;王志强;林琳;徐亚陇;段招军;
鼠类是重要的病毒储存库和多种病毒的自然宿主,是对人类病毒传播极具威胁的野生动物之一,因此对鼠类携带病毒进行研究并挖掘其携带新病毒对于病毒病的防治具有重要意义。本研究于2016年在山东省嘉祥县采集99只褐家鼠、仓鼠和黑线姬鼠肠道内容物,通过高通量测序对其病毒组成进行研究。分析结果显示,采集的鼠类样本携带病毒主要包括冠状病毒科、呼肠孤病毒科、星状病毒科、小RNA病毒科、小双节病毒科、圆环病毒科、细小病毒科等。挑选可能与疾病相关的病毒进行进一步的序列分析和进化分析。分析结果显示,本研究中发现的冠状病毒为甲型冠状病毒属,与中国浙江发现的Lucheng-19病毒株和英国UKRn3病毒株具有共同祖先;本研究还发现包括Rosavirus、Rabovirus和Kobuvirus三个种在内的6株小RNA病毒科病毒,其中Rabovirus包含4株序列差异较大的病毒株,表明小RNA病毒在鼠类中具有丰富的基因多样性。研究发现该地区鼠类中同时流行多株星状病毒,表明极其丰富的基因多样性,系统发育分析显示,其中1株与猪的星状病毒4型聚在一起,提示可能的跨种传播。此外,样本中发现一株G3P[3]型A组轮状病毒,其VP4和VP7基因与猴的病毒株具有90%左右核苷酸同源性,而其余片段与鼠类的片段同源性最高,说明该病毒株可能是一株猴-鼠重配病毒株。本研究的鼠类病毒组数据为我国提供更丰富的本底资料,为我国应对相关的新发传染病提供了基础数据支持。
2021年02期 v.37 332-340页 [查看摘要][在线阅读][下载 1950K] [下载次数：155 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：0 ] |[阅读次数：2 ] - 施晶晶;张强;束国防;高茂馗;
人类免疫缺陷病毒-1(Human immunodeficiency virus-1,HIV-1)包膜糖蛋白gp120能够引起大鼠出现学习记忆障碍的行为学改变并增加海马中P2X7受体的表达;柚皮苷对gp120引起的行为学改变及P2X7表达增多具有改善作用。为了研究柚皮苷通过减少P2X7受体表达减轻gp120导致大鼠神经功能损害的作用及机制,本实验选择SD大鼠并分为假手术操作的对照组、脑室注射gp120的gp120组、脑室注射gp120及不同剂量柚皮苷灌胃的柚皮苷组、脑室注射BzATP的BzATP组、脑室注射gp120、BzATP及90mg/kg柚皮苷灌胃的90mg/kg/d柚皮苷+BzATP组。Morris水迷宫检测逃避潜伏期及错误次数,TUNEL法检测海马中细胞凋亡率,Elisa法检测海马中肿瘤坏死因子-α(Tumor necrosis factor-α,TNF-α)、白介素-1β(Interleukin-1β,IL-1β)、白介素-6(Interleukin-6,IL-6)的含量,Western blot检测海马中P2X7受体的表达。结果显示:与对照组比较,gp120组大鼠的逃避潜伏期延长,错误次数及海马中细胞凋亡率、TNF-α、IL-1β、IL-6的含量、P2X7受体的表达水平增加(P<0.05);与gp120组比较,不同剂量柚皮苷组大鼠的逃避潜伏期缩短,错误次数及海马中细胞凋亡率、TNF-α、IL-1β、IL-6的含量、P2X7受体的表达水平减少(P<0.05);与90mg/kg/d柚皮苷组比较,90mg/kg/d柚皮苷+BzATP组大鼠的逃避潜伏期延长,错误次数及海马中细胞凋亡率、TNF-α、IL-1β、IL-6的含量、P2X7受体的表达水平增加(P<0.05)。本研究的结果表明柚皮苷减轻HIV-1包膜糖蛋白gp120诱导的神经功能损害,这一作用与抑制海马组织中P2X7受体表达并减轻炎症反应及细胞凋亡有关。创新在于首次阐明了柚皮苷减轻HIV-1包膜糖蛋白gp120诱导神经功能损害的分子机制。在gp120引起大鼠行为学改变及海马组织中细胞凋亡、炎症反应激活的过程中,柚皮苷通过抑制P2X7受体的表达来改善行为学改变、抑制细胞凋亡及炎症反应的激活。
2021年02期 v.37 341-348页 [查看摘要][在线阅读][下载 1893K] [下载次数：120 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：1 ] |[阅读次数：8 ] - 何小周;董茂星;殷启凯;胡玉坤;付士红;张益;李樊;李洋;何英;王佶;聂凯;申辛欣;许松涛;梁国栋;张晓曙;王环宇;马学军;
为研究甘肃省2018年蚊虫携带流行性乙型脑炎病毒(简称乙脑病毒)的分子特征,2018年7月上旬在甘肃省平凉市4个县采集蚊虫标本,采用实时荧光定量RT-PCR方法开展乙脑病毒筛查;通过高通量测序方法对乙脑病毒基因扩增阳性蚊虫标本进行深度测序研究。结果显示,本次调查在4个县共采集蚊虫1 800只,均为三带喙库蚊,分36批研磨和检测。定量RT-PCR结果显示10批(27.8%)蚊虫样本呈乙脑病毒基因扩增阳性。对10批样本进行高通量测序共获得59.7 M读序,其中5.3 M(8.9%)条读序能够比对到病毒基因组数据库上,经注释属于14科15属28种病毒。在其中7批样本中检出乙脑序列共1 357条,基因组覆盖度为9.5%-83.1%。系统进化分析显示甘肃省2018年采集的三带喙库蚊中乙脑病毒为基因I型。
2021年02期 v.37 349-355页 [查看摘要][在线阅读][下载 2004K] [下载次数：141 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：2 ] |[阅读次数：9 ] - 王媛;朱贞;邓丽丽;秦月;黄芳;陈萌;王常银;彭晓放;陈海云;马钰;张婷;范丽霞;李立群;刘李;玛合木提江·库尔班;徐昌平;张燕;毛乃颖;许文波;崔爱利;王英;
阐明中国(未包括香港、澳门特别行政区和台湾地区,下同)2018-2019年流行性腮腺炎(流腮)流行特征和病毒基因特征。对2018-2019年中国流腮流行病学和病毒学监测数据进行描述流行病学和分子流行病学分析。2018-2019年中国流腮年报告发病率分别为18.65/10万和21.48/10万,15岁以下儿童和青少年是我国流腮的高发人群,分别占总病例数的85.30%和82.56%。流腮的流行具有明显的季节性特征。全国各省、自治区、直辖市份均有流腮病例报告,西部和中部地区发病率高于东部地区。2018-2019年共获得160条腮腺炎病毒(Mumps virus,MuV)SH基因序列,其中150条(93.75%)序列鉴定为F基因型MuV,在我国11个省份检测到;10条(6.25%)序列为G基因型MuV,2019年在广东、湖北和新疆3个省份检测到。和我国既往流行MuV代表株相比,2018-2019年流行的F基因型MuV代表株序列在基因亲缘性关系树上相对集中。现阶段我国流腮的流行病学特征未发生明显改变,仍呈现病毒自然流行模式;F基因型作为优势流行基因型,在我国大部分地区持续流行,但毒株的遗传多态性有所降低,这可能和我国实施1剂次腮腺炎疫苗常规免疫策略有关。G基因型MuV主要在我国局部地区流行,但流行范围在逐渐扩大。建议进一步加强两剂次腮腺炎疫苗接种工作,降低我国腮腺炎易感人群。同时持续性开展MuV流行学和病毒学监测工作,为鉴别病毒的来源,确定病毒传播途径和评估腮腺炎疫苗免疫策略奠定重要的基础。
2021年02期 v.37 356-362页 [查看摘要][在线阅读][下载 1870K] [下载次数：484 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：17 ] |[阅读次数：12 ] - 伍晶星;高利萍;陈冬冬;肖康;武月章;董小平;石琦;
羊瘙痒病是一种自然发生的传染性海绵状脑病,它可以在绵羊和山羊羊群之中传播,其疾病的易感性、潜伏期和跨物种传播的能力主要受宿主朊蛋白基因(prion protein gene,PRNP)的影响。研究藏羚羊PRNP有助于明确藏羚羊和羊瘙痒病之间的关系,从而更好地保护藏羚羊。参照GenBank上已经发表的绵羊PRNP序列设计引物,然后对藏羚羊的PRNP序列进行扩增、测序和分析。测序结果显示藏羚羊PRNP序列由771个核苷酸构成,编码256个氨基酸。序列分析结果显示21只藏羚羊PrP(prion protein,PrP)氨基酸序列完全同源,并且与野生型绵羊PrP氨基酸序列完全一致。此外,藏羚羊PrP氨基酸序列与山羊(99.2%)、汤氏瞪羚(99.2%)、印度羚(99.2%)、驯鹿(98%)、马鹿(98%)、家牛(97.7%)和水牛(96.1%)也具有较高的同源性。在对PrP氨基酸序列136、154、171位多态性分析后发现本次收集的21只藏羚羊样本可能和野生型绵羊一样对羊瘙痒病易感。本研究为羊瘙痒病在藏羚羊羊群中可能出现的风险提供了理论依据,提示要加强藏羚羊羊群中羊瘙痒病的监测。
2021年02期 v.37 363-369页 [查看摘要][在线阅读][下载 2241K] [下载次数：166 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：0 ] |[阅读次数：4 ]
- 张赫;杭天宇;刘春羽;尹坤;温永俊;王凤雪;
由非洲猪瘟病毒(ASFV)引起的非洲猪瘟(ASF)给我国养猪业带来了不可估量的经济损失,严重阻碍了我国养猪业的发展,研发ASFV快速诊断试剂是目前最重要的内容之一。CP204L基因编码ASFV结构蛋白p30。本研究以克隆ASFV的CP204L基因为基础,通过基因重组技术,加入His标签,将构建的重组质粒命名为pET-28a-CP204L。将重组质粒转化至大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞,37℃经1mmol/L异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)诱导表达6h,表达蛋白进行SDS-PAGE鉴定和Western Blot检测。重组蛋白纯化后免疫小鼠制备筛选单克隆抗体,Western Blot和IFA验证单抗的结合特异性。结果表明,重组的pET-28a-CP204L诱导后表达蛋白为30kD,以不可溶性包涵体形式存在;表达蛋白利用His标签进行纯化,获得纯化蛋白2mg,单克隆抗体筛选获得5株IgG亚型的ASFV p30蛋白的单抗,且均具有良好的结合活性。本研究为发展ASFV检测方法提供了基础。
2021年02期 v.37 370-375页 [查看摘要][在线阅读][下载 2195K] [下载次数：646 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：8 ] |[阅读次数：7 ] - 林立山;冯笑笑;孙茂平;柳磊;杨其清;赵艳兵;邓益锋;周振雷;姚大伟;
本研究旨在调查新冠疫情期间我国部分地区犬新型冠状病毒(SARS-CoV-2)以及犬冠状病毒(CCoV)感染状况。从14个城市的动物医院收集表现为呼吸道症状和或腹泻症状的犬的鼻拭子和直肠拭子样品,RTPCR检测样品是否存在SARS-CoV-2和CCoV核酸。结果显示,206只犬鼻拭子和直肠拭子样品均未检出SARS-CoV-2,24只犬检出CCoV,阳性率为11.65%,以犬肠道冠状病毒(CECoV)感染为主(19/24),CECoVⅠ和Ⅱ型均在我国流行。CECoV的M基因序列与人α冠状病毒属病毒相似性为47.3-61.3%,犬呼吸道冠状病毒(CRCoV)的M和N基因的部分基因序列与人β冠状病毒属病毒相似性为9.2%-46.2%。结果说明,新冠疫情期间,我国14个城市动物医院就诊犬未感染SARS-CoV-2,CCoV与SARS-CoV-2亲缘关系较远,表现呼吸道和消化道症状的犬应高度关注CCoV感染。
2021年02期 v.37 376-381页 [查看摘要][在线阅读][下载 1395K] [下载次数：356 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：3 ] |[阅读次数：1 ] - 朱沛;肖雷;朱建波;解明富;高林;李华春;
阿卡斑病毒(Akabane virus,AKV)是能引起牛、绵羊、山羊流产、早产、新生胎儿畸形的虫媒性RNA病毒。为了解家畜虫媒病毒在我国西南边境地区的分布和流行情况,本研究对中缅边境西盟县的52份牛抗凝血和140份血清(牛70份、羊70份)中的蓝舌病病毒(Bluetongue virus,BTV)、鹿流行性出血热病毒(Epizootic hemorrhagic disease virus,EHDV)、AKV等虫媒病毒进行检测与分离,通过ELISA及qRT-PCR方法检测病毒,通过核酸阳性抗凝血接种BHK细胞传代以分离病毒,通过设计特异性引物,扩增分离毒株S基因721bp片段及M基因816bp片段,通过克隆测序及中和试验以鉴定病毒,最终从38号牛的抗凝血中分离到一株AKV,TCID_(50)为10~(-3.5)/0.1mL,经比对,分离株S片段与日本KS-2/Mo/06毒株亲缘关系最近,核苷酸同源性为97.66%,M片段与中国DHL10M110毒株亲缘关系最近,核苷酸同源性为96.56%。本研究首次报告了从云南边境地区牛群中分离到AKV,证实了西南边境存在AKV的流行,为AKV在我国的流行病学和边境地区疫病风险防控提供了重要参考及有力依据。
2021年02期 v.37 382-388页 [查看摘要][在线阅读][下载 1360K] [下载次数：215 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：1 ] |[阅读次数：9 ] - 赵永强;吴艳虹;章秀婷;韦韬;丛丽;邵西群;
貉源阿留申病毒(Raccoon dog and arctic fox amdoparvovirus,RFAV)是自然感染貉和蓝狐的新种阿留申病毒(Amdoparvovirus),为测序RFAV全基因组序列,预测分析RFAV末端发夹结构序列分子特征。本研究采用分段克隆成功获得3株长4 832nt、4 827nt、4 830nt的RFAV全基因组序列,分别命名为RFAV-Y9J、RFAV-RD15、RFAV-HS-R,利用在线软件预测RFAV末端序列二级结构,并与水貂阿留申病毒(AMDV)末端序列进行同源性比对。结果显示阿留申病毒种间、种内3’末端基因组序列保守性强,均存在116nt的Y型发夹结构;RFAV-Y9J与RFAV-RD15毒株5′末端分别存在310nt、305nt的U型发夹结构,RFAV和AMDV种内5′末端基因组序列保守性强,而种间5′末端基因组序列有较大变异。本研究首次完整测序了RFAV的3′和5′末端序列,为其他种阿留申病毒的末端序列扩增提供一种有效方法,为构建RFAV的全基因组序列感染性克隆奠定了基础。
2021年02期 v.37 389-397页 [查看摘要][在线阅读][下载 2136K] [下载次数：116 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：0 ] |[阅读次数：7 ] - 王慧煜;江丽;艾军;孔玉方;梅琳;吕继洲;周晓黎;韩雪清;
为监测云南边境地区虫媒库蠓蓝舌病病毒携带情况,本研究对2013年-2017年从云南6个口岸及周边地区采集到的约5 400只库蠓样本,分180组。采用荧光定量RT-PCR检测、鸡胚和细胞分离、目的基因克隆测序分析和间接免疫荧光试验等进行病毒分离与鉴定。结果显示:采集库蠓样本中有20组检出蓝舌病病毒核酸,检出率为11.11%(20/180);接种后有1份样本能导致鸡胚胚体充血出血和死亡以及BHK-21细胞呈现明显的细胞病变;RT-PCR能从感染细胞样本中扩增出蓝舌病病毒VP7基因特异性片段,且该片段序列与国外BTV-1毒株相应序列的相似性达95%～99%;间接免疫荧光试验显示分离病毒能与BTV-1抗体发生特异性结合。结果表明,云南边境地区库蠓携带有蓝舌病病毒,且为BTV-1,因此应加强对云南边境地区蓝舌病的预防与控制。
2021年02期 v.37 398-403页 [查看摘要][在线阅读][下载 1609K] [下载次数：165 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：1 ] |[阅读次数：2 ] - 孙悦;屈勇刚;涂长春;朱国强;何彪;
新疆地处我国西北边境,与多国相邻,同时生活着种类繁多和数量庞大的啮齿动物。新疆也是多种人兽共患病的自然疫源地,然而该地区啮齿动物携带病毒的本底数据还十分欠缺。本研究对新疆喀什地区喜马拉雅旱獭肠道样品,通过宏转录组法(Meta-transcriptomics,MTT)、序列不依赖扩增法(Sequence-independent amplification,SIA)、宏基因组法(Metagenomics,MTG)和多重替代扩增法(Multiple displacement amplification,MDA)进行病毒组学分析,结果发现30个科的病毒;进一步比较发现,四种方法具有不同的病毒捕获效果,其中MDA适合DNA病毒组,MTT适合RNA病毒组,而SIA则非常适合全病毒组。本研究重点对星状病毒、甲型肝炎病毒、腺病毒、博卡细小病毒进行遗传进化分析,其中星状病毒、腺病毒都与已知病毒具有明显的遗传差异性,为病毒新种;而甲型肝炎病毒、博卡细小病毒与参考毒株差异较小;对7种病毒进行检测,揭示了该地区旱獭携带病毒的多样性和流行情况。本研究获得了新疆喀什地区旱獭肠道样品的病毒组信息,增强了对该动物携带病毒多样性的认识。
2021年02期 v.37 404-414页 [查看摘要][在线阅读][下载 1878K] [下载次数：255 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：4 ] |[阅读次数：2 ]
- 乔嘉璐;彭倩;翟莹;李卫玲;孙宾莲;
新型冠状病毒(SARS-CoV-2)感染引发的肺炎疫情已蔓延全球,尽快认清病毒感染规律和致病机制是做好疫情防控的基础。SARS-CoV-2表面的刺突蛋白(Spike,S)识别靶细胞受体并与之结合,诱导病毒与细胞的膜融合,是病毒侵入宿主细胞的第一步,也是预防和治疗病毒感染的关键靶点。大量研究揭示了病毒进入细胞的分子机制,本文将主要对SARS-CoV-2入侵细胞的研究成果进行总结,并简要叙述以该环节为靶点的药物和疫苗研发现状。
2021年02期 v.37 415-421页 [查看摘要][在线阅读][下载 1348K] [下载次数：2312 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：6 ] |[阅读次数：60 ] - 章菲;王义兵;吴利东;
2019年12月出现于湖北武汉的一种新型冠状病毒(SARS-CoV-2)感染所致肺炎疫情,给人类生命安全造成威胁。迄今为止,对2019年出现的SARS-CoV-2的研究仍处于起步阶段,本文就其相关研究进展进行综述,重点阐述了目前关于SARS-CoV-2的病原学与致病机制方面的研究成果,同时对其流行病学以及该病毒引发的肺炎临床特点加以总结,有助于读者及时了解SARS-CoV-2最新的研究动态,并为今后开展治疗药物及疫苗研发提供方向。
2021年02期 v.37 422-427页 [查看摘要][在线阅读][下载 1224K] [下载次数：2149 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：7 ] |[阅读次数：16 ] - 张雪冰;潘纹玉;陈丽丽;
世界范围内流行的SARS-CoV-2已造成大批新型冠状病毒肺炎(COVID-19)患者,严重威胁着全人类生命健康。新型冠状病毒肺炎尚没有特效药,也没有疫苗,实验室确诊新型冠状病毒肺炎,隔离传染源,尽早治愈患者对整个疫情防控起着非常重要的作用。目前实验室检测方法有病毒分离培养、实时荧光定量PCR、环介导等温扩增技术、CRISPR/Cas技术、测序技术、基因芯片和抗原抗体检测。本文就上述几种方法做一综述,为确诊COVID-19提供参考。
2021年02期 v.37 428-434页 [查看摘要][在线阅读][下载 1347K] [下载次数：2034 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：6 ] |[阅读次数：12 ]
- 杨玉姣;熊柯尧;陶家成;冯林;
黄病毒科黄病毒属是由一组含单股正链RNA基因组的囊膜病毒组成,包括登革病毒、流行性乙型脑炎病毒、寨卡病毒、西尼罗病毒、黄热病病毒等,经由虫媒传播,可引起人类和动物的严重虫媒病毒病。黄病毒基因组由1个开放阅读框、5′非编码区和3′非编码区三部分组成。5′和3′非编码区含有病毒基因组复制所必需的启动元件;高度结构化的3′非编码区负责黄病毒亚基因组RNA的产生,从而有助于病毒逃避宿主免疫反应;此外3′非编码区还可作为疫苗研究的靶标。鉴于非编码区在黄病毒的蛋白翻译、基因组复制和免疫调节中发挥的重要作用,本文就黄病毒基因组非编码区的结构与功能最新研究进展作一简要综述。
2021年02期 v.37 435-444页 [查看摘要][在线阅读][下载 1562K] [下载次数：481 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：1 ] |[阅读次数：7 ] - 高源;申辛欣;冯志山;马学军;
简化核酸提取过程相较于经典的试剂盒法和全自动核酸提取技术,凭借其简便的操作步骤、便携易用的仪器设备和简单的人员培训等优势在病原体核酸检测中得到广泛应用,为实现病原体核酸的快速检测和现场检测(Point-of-care testing,POCT)奠定了良好的基础。本文比较了不同的核酸提取方法,对简化核酸提取过程的方法学进行综述,讨论其在病原体核酸检测领域中的应用现状,并展望其发展趋势。
2021年02期 v.37 445-450页 [查看摘要][在线阅读][下载 1251K] [下载次数：709 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：2 ] |[阅读次数：7 ] - 段倩旎;黄聪;刘桐;邵青青;王文佳;刘甜丽;陈琢;
2型单纯疱疹病毒(Herpes simplex virus type 2,HSV-2)是引起生殖器疱疹的主要病原体。生殖器疱疹主要表现为生殖器和肛周皮肤黏膜疱疹或溃疡,是一种慢性、复发性、难以治愈的性传播疾病,临床治疗多以抑制病毒复制的核苷类药物阿昔洛韦及其衍生物更昔洛韦、喷昔洛韦等为主。这些药物对缓解症状、缩短病程有一定作用,但难以达到根治的目的,长期应用易产生耐药,且对其合并症基本无效。作用于HSV-2其他感染周期的药物成为人类探索的新领域。HSV-2感染宿主细胞是一个复杂的多阶段过程,包括黏附、穿入、核转运、基因组复制、衣壳组装、子代病毒释放等多个步骤,涉及多种细胞和病毒蛋白的活性。本文对HSV-2体外感染周期详细步骤及其分子机制作一综述,以期深入了解其感染机制,并为研制作用于不同感染阶段的抗HSV-2药物提供参考。
2021年02期 v.37 451-458页 [查看摘要][在线阅读][下载 1572K] [下载次数：344 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：3 ] |[阅读次数：2 ] - 廖颖茵;薛亮;高珺珊;吴爱武;寇晓霞;
诺如病毒(Norovirus,NoV)目前是流行病毒性胃肠炎最常见病原之一。该病原体流行株多变、致病剂量低、极易传播且缺乏理想的疫苗,致使全球范围内因NoV引起的胃肠炎频繁暴发,近年来其感染发病率呈明显增加的趋势。掌握NoV的结构特征及蛋白功能对预防NoV引起的流行性胃肠炎具有重要意义。本文对NoV的衣壳蛋白的功能及其基因组特征的研究现状做一综述。
2021年02期 v.37 459-464页 [查看摘要][在线阅读][下载 1174K] [下载次数：648 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：4 ] |[阅读次数：7 ] - 李鹏尉;沈宇清;
阻断免疫检查点分子的信号通路可以增强免疫系统功能,这在肿瘤治疗中获得了显著效果。乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus,HBV)慢性感染的原因之一为HBV在体内通过一系列方式来减弱、抑制免疫系统的功能,从而逃避免疫识别和杀伤。HBV可以通过上调病毒特异性T细胞表面的抑制性受体来抑制T细胞活化、增殖和效应。本文总结了HBV导致的人体内T细胞上免疫检查点程序性死亡受体1(Programmed cell death protein 1,PD-1)、细胞毒T淋巴细胞相关抗原4(Cytotoxic T-lymphocyte-associated protein 4,CTLA-4)、T细胞免疫球蛋白黏蛋白3(T-cell immunoglobulin domain and mucin domain-containing molecule-3,Tim-3)、淋巴细胞活化基因3(Lymphocyte-activation gene 3,LAG-3)、T细胞免疫球蛋白和免疫受体酪氨酸抑制基序(T cell immunoglobulin and immunoreceptor tyrosine-based inhibitory motif domain,TIGIT)的异常表达以及它们影响T细胞功能的机制,揭示了免疫检查点在治疗慢性乙肝中的良好应用前景。
2021年02期 v.37 465-470页 [查看摘要][在线阅读][下载 1228K] [下载次数：394 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：2 ] |[阅读次数：7 ] - 刘雪洁;赵天旖;袁丽芳;舒跃龙;
接种流感疫苗是预防和控制流感最为有效的措施。流感病毒由于其宿主多样、亚型众多,流感疫苗的有效性十分受限,同时由于其具有高度的变异性,一旦有较大的变异或新亚型的流感病毒出现,现有疫苗就会失效,因此研制能够通过免疫交叉反应对变异较大或多种亚型的流感病毒提供广泛保护的通用型流感疫苗迫在眉睫。
2021年02期 v.37 471-482页 [查看摘要][在线阅读][下载 1611K] [下载次数：894 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：7 ] |[阅读次数：4 ] - 刘开拓;高如一;王晓泉;刘秀梵;
禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)不仅严重危害禽类,而且对人类生命健康造成严重威胁。鸽作为留鸟,具有作为AIV从野生鸟类传播至人类中间宿主的潜能。鸽对AIV的易感性以及在病毒传播中的作用却存在争议。通过分析AIV自然感染、人工感染鸽的流行病学以及实验研究数据,同时回顾了禽流感病毒感染鸽的机制,发现随着病毒的进化和时间的推移,鸽群AIV的感染率也在递增;尤其随着近年具有双受体结合特性的高致病性禽流感病毒(highly pathogenic avian influenza virus,HPAIV)clade2.3.4.4分支H5Nx毒株的出现,其感染鸽后排毒量上升以及鸽体间直接接触传播能力增强。为了有效防控AIV的跨种间传播,有必要加强对鸽感染AIV的流行病学监测和传播特性的研究,特别需要密切关注具双受体结合特性的H5Nx和H7N9 HPAIV对鸽易感性的发展趋势。
2021年02期 v.37 483-493页 [查看摘要][在线阅读][下载 1470K] [下载次数：463 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：2 ] |[阅读次数：19 ] - 王安如;尚勇;王建军;郭海娥;武宝龙;王根云;
冠状病毒可引起哺乳动物和鸟类的多种疾病,从牛和猪的肠炎、鸡的上呼吸道疾病到可能致命的人类呼吸道感染。本文就冠状病毒的分类、结构、致病性、冠状病毒纤突蛋白、致病机理和跨物种传播等问题作一简要介绍。此外,还讨论了冠状病毒引起各种动物疾病的临床症状。
2021年02期 v.37 494-503页 [查看摘要][在线阅读][下载 1720K] [下载次数：739 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：8 ] |[阅读次数：1 ] - 曾思莹;徐志超;薛春宜;曹永长;
细胞自噬是一种保守的广泛存在于真核细胞内的溶酶体依赖性分解代谢途径,其通过形成双层膜结构的自噬体降解蛋白质和细胞器,参与物质循环和稳态维持。同时,自噬也能作为机体免疫防御的一部分发挥抗病毒的作用,或是被病毒利用以促进其自身增殖。冠状病毒是一种有囊膜的单股正链RNA病毒,能够诱导双层膜囊泡形成转录复合物,进一步指导病毒基因组的合成。研究表明多个冠状病毒成员能够诱导自噬发生,自噬参与了病毒增殖的多个环节。本文拟对细胞自噬的概况及作用、自噬在病毒感染特别是冠状病毒感染中的作用进行综述,以期为揭示冠状病毒的致病机理提供参考,并为开发冠状病毒的治疗方案提供新思路。
2021年02期 v.37 504-514页 [查看摘要][在线阅读][下载 1498K] [下载次数：609 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：2 ] |[阅读次数：8 ] 下载本期数据