人类病毒研究论著

  • 2021年海南省2例轻型新冠肺炎病例相关新冠病毒德尔塔变异株的分子特征分析

    孙初阳;遇晓杰;蔡英桂;李丹丹;黄涵;曾祥洁;王如敏;陈海云;曾云婷;潘正帆;邝仕壮;甘晓婷;张亚淋;吴庆梓;陈言;

    本文对2021年海南省2例感染引起本土轻型新冠肺炎病例的新冠病毒进行全基因组测定和序列分析,研究该病毒的分子特征和分子进化规律。通过荧光定量RT-PCR法检测ORF1ab和N靶基因,应用Illumina公司的MiSeq深度测序平台进行全基因组序列测定,使用MEGA 10.1.8和DNASTAR 7.0.1生物信息学软件进行多序列比对和分析,并采用邻位归并法(Neighbour-joining)绘制系统进化树。2例新冠病毒(HN0801和HN0802)均属于德尔塔变异株,与武汉参考序列(NC_045512)基因序列相似性分别为99.7%和99.8%,系统进化树显示它们位于同一进化分支(B.1.617.2)的不同簇上,共有45个核苷酸突变位点,引起38个氨基酸位点改变,其中34个错义突变、6个同义突变、4个氨基酸位点缺失;刺突(S)糖蛋白发现B.1.617.2谱系共同突变特征L452R、T478K,以及T19R、G142D、D614G、P681R、D950N、R158G关键变异位点。HN0801同2021年7月江苏省南京市代表株基因序列100%相似,而HN0802与南京市疫情代表株基因组相似性较低。结合流行病学调查和基因组序列分析,这2例新冠病毒均属于新冠病毒德尔塔变异株,2例确诊病例之间没有明确的流行病学关联,为两条不同的传播链引起的相互独立的散发病例。本研究为海南省新冠病毒变异株的监测和新冠疫情防控提供了基础数据。

    2022年06期 v.38 1281-1288页 [查看摘要][在线阅读][下载 1299K]
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  • 2021年云南省环境污水中检出1株疫苗衍生脊髓灰质炎病毒

    汤晶晶;张杰;张筱碟;李江嵘;祝双利;李晓嫘;严冬梅;李凯;丁峥嵘;

    为了解云南省污水中脊髓灰质炎(脊灰)病毒(Poliovirus,PV)的变异特征,为维持无脊灰工作提供依据,本研究于2021年1-12月在昭通市开展了环境污水监测研究。每月采集某污水处理厂水样标本800mL,采用阴离子膜吸附洗脱法对样品进行浓缩处理,进行PV分离。PV分离物进行实时荧光定量RT-PCR型内鉴定和VP1区核苷酸序列分析,并对发现的一株Ⅲ型疫苗衍生脊髓灰质炎病毒(Vaccine derived poliovirus,VDPV)进行全基因组序列测定与生物学特征分析。昭通市2021年的12份水样中,3份(3/12,25%)分离到10株PV,其中1株为Ⅲ型VDPV,与Ⅲ型Sabin株相比,VP1编码区存在10个变异;另外9株为疫苗相关株。该VDPV基因组全长7 432 nt,编码2 207个氨基酸,与SabinⅢ疫苗株全基因组核苷酸和氨基酸序列的相似性分别为99.2%和99.5%。系统进化分析显示,昭通VDPV株在进化树中处独立分支,同其他国家及地区的Ⅲ型VDPV序列无明显相关性。关键位点分析显示该VDPV毒株有2个减毒位点(nt 472、nt 2 493)发生了回复突变。温度敏感性实验表明该Ⅲ型VDPV分离物的温度敏感性有所降低。本研究结果证明了PV的环境监测具有较高的敏感性,是急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)病例监测的有效补充。在我国边境省份开展环境监测对于防控VDPV的潜在传播甚至脊灰野病毒的输入及将防控关口前移具有重要的意义。

    2022年06期 v.38 1289-1296页 [查看摘要][在线阅读][下载 1169K]
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  • B3型柯萨奇病毒上调NF-κB引起胰岛β细胞凋亡的作用及机制研究

    罗滢;王苏华;林雪波;

    B3型柯萨奇病毒(Coxsackie virus B3,CVB3)与1型糖尿病发病、胰岛功能破坏有关,但CVB3对胰岛β细胞凋亡的影响及机制尚不清楚。本研究的目的是观察CVB3上调NF-κB p-p65引起胰岛β细胞凋亡的作用及机制,进而初步探究CVB3感染引起胰岛β细胞损伤的分子机制。本研究培养了人胰岛β细胞株,分为对照组、CVB3组、阴性对照(NC)质粒组、NF-κB p65质粒组、si-NC组、si-NC+CVB3组、si-NF-κB p65+CVB3组,检测细胞活力A490水平、细胞凋亡率及细胞中cleaved caspase-3、NF-κB p-p65、IκB α的表达水平。结果显示与对照组比较,CVB3组的A490水平及细胞中IκB α的表达水平降低,细胞凋亡率及细胞中cleaved caspase-3、NF-κB p-p65的表达水平增加(P<0.05);与NC质粒组比较,NF-κB p65质粒组的A490水平降低,细胞凋亡率及细胞中cleaved caspase-3、NF-κB p-p65的表达水平增加(P<0.05);与si-NC+CVB3组比较,si-NF-κB p65+CVB3组的A490水平增加,细胞凋亡率及细胞中cleaved caspase-3、NF-κB p-p65的表达水平降低(P<0.05)。以上结果表明CVB3感染能够促进胰岛β细胞凋亡,这一促凋亡作用与上调NF-κB有关。本文的创新在于探讨了NF-κB参与CVB3感染引起胰岛β细胞凋亡的过程,表明CVB3感染通过上调NF-κB引起胰岛β细胞凋亡,进而参与1型糖尿病的发病。

    2022年06期 v.38 1297-1304页 [查看摘要][在线阅读][下载 1149K]
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  • 南京地区诺如病毒GII.4 Sydney2012[P16]分子生物学特征研究

    王璇;雍玮;刘品;斯佳丽;龚红瑾;丁洁;

    2016年1月-2021年12月,南京市急性胃肠炎暴发主要由GII.2[P16]引起,但2021年11月底,由GII.4Sydney2012[P16]引起的暴发显著上升。为了解GII.4 Sydney2012[P16]分子生物学特性,对监测期间204起急性胃肠炎暴发中收集到的3 129份样本进行荧光定量PCR检测,检出1 006份诺如病毒阳性样本,对部分阳性样进行一步法RT-PCR扩增、测序,共检出10种GII型诺如病毒,随机选取19株GII.4 Sydney2012[P16],结合7株GII.4Sydney2012[P31]、31株GII.2[P16]南京株及2015-2021年国内外参考株进行序列比对和进化分析。19株GII.4Sydney2012[P16]同源性达99.7%~100.0%,与参考株同源性达96.6%~99.3%。进化树分析显示,GII.P16虽与不同GII型诺如病毒组合,但进化距离上并未发生较大变化。与不同聚合酶区结合的GII.4 Sydney 2012在同一分支上,GII.4 Sydney 2012[P16]在进化距离上与GII.4 Sydney 2012[P4 NewOrleans2009]更为接近。P2区的A、B、D和NERK位点均发生改变,所有GII.4的373氨基酸残基处均检测到显著的阳性选择。GII.P16虽未发生较大改变,但通过与GII.4 Sydney2012重组,呈现加速在人群中流行的分子特征。而GII.4 Sydney2012通过改变抗原表位位点影响了抗原性和配体结合特性,显著促进了病毒的传播。因此GII.4 Sydney2012[P16]是否会取代GII.2[P16]成为南京地区流行株,抑或被其他GII.4所替代,今后需要对更为广泛的潜在感染人群进行监测,及早发现早期新型诺如病毒。

    2022年06期 v.38 1305-1314页 [查看摘要][在线阅读][下载 1143K]
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  • 一株MLB1型星状病毒全基因组序列分析

    王雅璐;秦萌;高升辉;李静欣;毛彤瑶;李丹地;李利利;赵璐;李金松;吴建军;段招军;

    了解我国MLB1型星状病毒基因组特征,为星状病毒腹泻的防控提供基础数据。使用星状病毒通用引物筛查北京市丰台区2017年72份儿童腹泻监测病例标本;扩增MLB星状病毒全基因组序列,采用在线比对、进化、重组等生物学信息学方法分析MLB1的全基因组序列。从72份标本中检出2份1型星状病毒(2.78%)和1份MLB1型星状病毒(MLB1-FT)(1.39%)。MLB1-FT与GenBank已报道的MLB1型星状病毒全基因组相似性为92.51%~98.28%;MLB1-FT的三个ORF区,仅5个位点氨基酸与其他株均不相同。依据其ORF2部分序列的进化分析,MLB1可分为A和B两个组,其中A组可分为a和b亚组,MLB1-FT为A组中的b亚组。未发现MLB1-FT具有重组现象。MLB1-FT具有星状病毒特征性的保守基序,部分保守基序与其他型别星状病毒不一样,为MLB1星状病毒特有。MLB1-FT具备新型星状病毒MLB的典型特征。我国新型星状病毒监测力度较弱,应加强监测。

    2022年06期 v.38 1315-1321页 [查看摘要][在线阅读][下载 1037K]
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  • 2018-2019年云南省15702例手足口病病原学监测结果分析

    寸建萍;周永明;姜黎黎;周晓芳;向以斌;田炳均;李楠;杨景晖;曹亿会;

    探讨2018-2019年云南省15 702例手足口病(Hand,foot and mouth disease,HFMD)病原学和流行病学分布特征,为手足口病防控工作提供依据。应用实时荧光定量PCR方法检测手足口病临床诊断病例标本中的EV-A71(Enterovirus 71,EV-A71)、CVA16(Coxsackievirus A16,CVA16)和其他肠道病毒。15 702份标本的病原检出率为75.78%(11 899/15 702),以其他肠道病毒为主,占阳性标本的48.85%(5 813/11 899);其次为CVA16,占阳性标本的40.98%(4 876/11 899);EV-A71感染较少。手足口病病例每月均有报告,高峰出现在4-7月。男性多于女性,性别比约为1.44:1。病例主要集中在1岁组和2岁组,分别占30.72%(4 824/15 702)和23.66%(3 715/15 702)。不同标本类型的阳性检出率存在统计学差异(χ2=128.857,P<0.001),粪便>咽拭子、肛拭子。不同病例类型的标本阳性检出率不同,重症病例明显高于轻症病例,有统计学意义。共分离毒株403株,其中CVA16 152株、EV-A71 58株、CVA6 112株、CVA10 53株,其他28株。CVA16毒株的VP1基因核苷酸与氨基酸序列同源性分别为85.8%~100%和98.6%~100%,EV-A71毒株的VP1基因核苷酸与氨基酸序列同源性分别为95.1%~100%和98.7%~100%。2018-2019年云南省15 702例手足口病病原主要由CVA16和其他肠道病毒感染引起,应加强手足口病病原体的监测和分型鉴定,为进一步制订手足口病防控措施提供依据。

    2022年06期 v.38 1322-1329页 [查看摘要][在线阅读][下载 1132K]
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  • 宁夏首次分离到库蚊黄病毒及其分子遗传进化

    应思超;付士红;徐学平;李彬;聂凯;李兴洲;王环宇;梁国栋;

    为了解宁夏回族自治区(宁夏)虫媒病毒分布及其病毒分子遗传进化分析,本研究对宁夏采集的蚊虫研磨上清进行组织培养细胞分离病毒,并对病毒分离物进行病毒基因的分子生物学和分子遗传学分析等。结果显示在宁夏2019年采集的蚊虫分离到19批病毒基因扩增阳性的病毒分离物,其中3批在C6/36细胞出现明显细胞病变。病毒基因组序列测定结果显示以上19批均为库蚊黄病毒。病毒E基因序列分子遗传进化分析表明,本次宁夏蚊虫分离的库蚊黄病毒与我国北方地区的陕西省(2010年),辽宁省(2010年和2011年)和内蒙古自治区自治区(2018年)分离的库蚊黄病毒同为库蚊黄病毒基因1型B亚型(G1B)。本研究首次在我国宁夏地区蚊虫中分离到库蚊黄病毒,而宁夏地区的病毒株与我国北方地区分离的病毒株同为库蚊黄病毒新的基因亚型(G1B)。

    2022年06期 v.38 1330-1338页 [查看摘要][在线阅读][下载 1353K]
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  • 福建省首株基孔肯雅病毒株的分离、鉴定及全基因特征分析

    俞婷婷;林琦;阚乃鹏;游丽斌;翁育伟;王金章;

    为获得基孔肯雅病毒(Chikungunya virus,CHIKV)毒株并了解其分子生物学特征,本研究通过将2018年6月从菲律宾输入的基孔肯雅热(Chikungunya fever,CHIKF)病例发病1d的血清标本接种C6/36细胞进行病毒分离,并成功分离到福建省首株CHIKV毒株FJCHIKV1801。利用高通量测序方法对该毒株进行测序,成功获得完整的基因序列,全长12 139 bp。通过E1、E2结构蛋白重要氨基酸位点分析发现所获毒株E1蛋白氨基酸出现了可能增强埃及伊蚊的适应性突变K211E。最大似然法系统进化树分析结果显示毒株FJCHIKV1801的基因型属于亚洲基因型;其进化关系与2014年菲律宾分离的毒株Philippines 2014(MF773563)最为接近,提示毒株可能来源于菲律宾,这与该毒株源病例来源于菲律宾的流行病学调查结果相一致。本研究所建立的CHIKV病毒分离、基因测序和分析的方法可用于追溯可能的传染来源及监测病毒氨基酸变异情况,为CHIKF突发疫情处置提供技术支持。

    2022年06期 v.38 1339-1345页 [查看摘要][在线阅读][下载 1324K]
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  • 2018-2020年广州急性呼吸道感染患儿中腺病毒分子流行病学特征研究

    周吉剑;李万维;于博;王烟岚;薛豹;李弘剑;

    为了解2018-2020年间广州地区急性呼吸道感染儿童中腺病毒的流行病学特征,收集广东省妇幼保健院番禺院区和暨南大学附属第一医院儿科住院部急性呼吸道感染患儿咽拭子标本,采用荧光定量PCR技术检测腺病毒核酸,分析腺病毒的流行病学特征。所有腺病毒阳性标本接种A549细胞进行病毒分离,获得临床分离株后,对不同型别分离株的生长特点进行研究,并比较了感染患儿的临床特征。结果显示,在收集的701份急性呼吸道感染患儿的咽拭子标本中,腺病毒阳性率为4.99%(35/701),易感人群为5岁以下儿童。系统发育分析显示主要型别为B种3型腺病毒(42.86%)与B种7型腺病毒(14.29%)。经细胞培养后获得腺病毒阳性毒株28株,分离率为80%。临床分离株感染特征分析结果显示,PCR检测B种7型腺病毒分离株病毒基因组拷贝数显著高于其他基因型。对感染患儿临床特征的分析显示,B种3型腺病毒感染患儿中性粒细胞增高伴淋巴细胞降低。上述结果表明,2018-2020年间急性呼吸道感染的住院儿童腺病毒阳性患儿中,B种3型与B种7型为优势流行基因型,病毒基因进化高度保守。临床分离株中,B种7型腺病毒生长速率较高。

    2022年06期 v.38 1346-1355页 [查看摘要][在线阅读][下载 1477K]
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  • 不同月龄BALB/c小鼠感染甲型H1N1型流感病毒的炎性调控差异研究

    孙竹筠;晋一帆;刘孝云;叶冬雪;赵涛;肖敏;容蓉;杨勇;

    为对比不同月龄BALB/c小鼠感染甲型H1N1型流感病毒后的淋巴细胞相对含量和炎症因子调控差异,提供流感类病毒性疾病防控的基础研究证据,本研究选用2月、8月龄雌性BALB/c小鼠,分别感染1×105TCID50/0.1mL的甲型H1N1型流感病毒PR8毒株,每天记录体重、肛温变化,于感染第7d处死解剖取材,计算脏器指数,qPCR技术检测肺组织流感病毒M基因拷贝数,流式细胞术检测全血CD3+、CD4+、CD8+淋巴细胞含量及肺组织中IL-6、IFN-γ、MCP-1等炎症因子的分泌水平。结果显示:(1)感染相同剂量病毒7d后,2月龄小鼠有1例样本死亡,生存质量下降较大,8月龄小鼠全部存活,体重较第0d相比仅下降12.35%,感染后2月龄组小鼠胸腺指数明显下降(P<0.01),8月龄组变化不明显。(2)2月龄组染毒小鼠肺组织M基因拷贝数显著低于8月龄染毒组(P<0.05)。(3)染毒后,2月龄组小鼠体内IFN-γ、IFN-β、IL-6等促炎性细胞因子含量增长显著(P<0.05),IL-6、MCP-1、IL-23含量显著高于8月龄组(P<0.05);2月龄染毒组小鼠杀伤性T淋巴细胞CD8+相对比例也明显高于8月龄染毒组(P<0.05)。可推测2月龄小鼠在感染病原体后产生了较强的免疫反应以清除病毒,但免疫系统的过度反应导致体内IL-6等炎症因子大量分泌,可能出现了细胞因子风暴现象致使机体损伤严重,使2月龄实验组小鼠较8月龄相比出现了更差的状态与较高的死亡率。本研究提示低年龄段人群感染相同剂量的流感病毒时较高年龄段人群可能会出现更严重的病理损伤。

    2022年06期 v.38 1356-1365页 [查看摘要][在线阅读][下载 1437K]
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  • 山东省蚊虫乙脑病毒携带状况及分子流行病学研究

    林小娟;王根延;刘桂芳;张晓;冯蕾;陶泽新;徐爱强;

    为探索中国山东省蚊虫中流行性乙型脑炎(简称乙脑)病毒的携带状况,研究其分子流行病学特征,本研究于2017年和2019年夏季,在济宁微山县、临沂莒南县、东营垦利区、淄博淄川区、烟台龙口市、济南历城区(2017年)和济阳县(2019年)等6个监测点采集蚊虫,分拣分装研磨后,提取上清RNA,使用荧光定量PCR实验检测乙脑病毒核酸,采用最大似然法估算蚊虫中乙脑病毒的携带率,并对阳性标本进行乙脑病毒PrM基因的扩增测序和系统发生学分析。共采集蚊虫标本36 015只,其中三带喙库蚊26 969只,为优势蚊种。所有蚊虫分为605份标本进行检测,共检出乙脑病毒核酸阳性标本100份,分别来自三带喙库蚊(95)、骚扰阿蚊(2)、中华按蚊(2)和淡色库蚊(1)。2017年和2019年山东省监测点蚊虫JEV总体感染率分别为4.03‰和1.98‰,不同年份不同监测点的蚊虫中乙脑病毒感染率有较大差异。基于PrM基因的系统发生学分析显示本研究的阳性标本均为基因1型乙脑病毒。本研究证明了山东省蚊虫中存在持续性的基因1型乙脑病毒循环,其感染率随时间和地区的不同而呈现动态变化,加强人群中乙脑疫苗的接种是保持全省乙脑发病处于较低状态的重要保证。

    2022年06期 v.38 1366-1371页 [查看摘要][在线阅读][下载 1151K]
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  • 含MPN结构域蛋白(MPND)通过上调乙型肝炎病毒X蛋白水平影响其功能

    张翼;吴琼;施佳健;张璐;林旭;陈婉南;

    乙型肝炎病毒X蛋白(Hepatitis B virus X protein,HBx)在生成后即被快速降解,但目前影响HBx稳定性的机制仍未完全阐明。课题组前期通过酵母双杂交筛选与HBx具有相互作用的去泛素化酶(Deubiqutinases,DUBs),含MPN结构域蛋白(MPN domain containing protein,MPND)为筛选获得的蛋白之一。本研究首先采用免疫共沉淀和激光共聚焦实验验证HBx与MPND的相互作用,并通过酵母双杂交实验进一步分析两者相互作用的区域。Western blot检测过表达MPND的肝癌细胞中HBx蛋白水平的变化。以蛋白合成抑制剂环己酮亚胺(Cycloheximide,CHX)或蛋白酶体抑制剂MG132处理细胞,检测MPND对HBx蛋白半衰期及降解途径的影响。通过泛素化实验分析MPND对HBx泛素化水平的影响。采用双荧光素酶报告基因检测实验和克隆形成实验检测MPND对HBx生物学功能的影响。结果显示,MPND与HBx在肝癌细胞内存在相互作用,且HBx的26~50和81~120位氨基酸与MPND的272~362位氨基酸介导HBx与MPND的结合;过表达MPND的肝癌细胞中,HBx蛋白水平显著增高,HBx的半衰期明显延长,且蛋白酶体抑制剂处理后,MPND对HBx蛋白降解的抑制效果更为显著,但HBx泛素化水平没有变化;共表达MPND与HBx的肝癌细胞中,MPND通过上调HBx蛋白水平,进而促进了HBx对NF-κB启动子的反式激活作用,且进一步抑制克隆形成。本研究表明,MPND通过泛素非依赖-蛋白酶体途径抑制HBx降解,从而增加HBx蛋白水平,调控HBx功能,可能参与HBV致病机制,以此蛋白相互作用为靶标,将为HBV感染相关肝脏疾病的治疗提供有益思路。

    2022年06期 v.38 1372-1381页 [查看摘要][在线阅读][下载 1296K]
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  • CXCR3通过调控Notch1信号影响乙肝病毒X蛋白对肝癌细胞周期和迁移的作用

    胡泉东;周斌;李猛;杨玉娟;傅月美;

    乙肝病毒X蛋白(Hepatitis B virus X protein,HBx)是乙肝病毒诱导肝癌进展的关键因子,其能够影响肝癌细胞周期和促进其迁移。已知趋化因子受体3(chemokine CXC motif receptor 3,CXCR3)在乙型肝炎病毒肝癌中发挥促进作用,目前尚不清楚CXCR3在HBx诱导的肝癌细胞中的作用。因此,本研究探讨下调CXCR3对HBx诱导的肝癌细胞周期进展和迁移作用及机制。肝癌细胞Huh7分成对照组,pcDNA组(转染阴性对照载体),pcDNAHBx组(转染HBx过表达载体),pcDNA-HBx+si-NC组(共转染HBx过表达载体、siRNA对照的),pcDNA-HBx+si-CXCR3组(共转染HBx过表达载体、CXCR3 siRNA的),pcDNA-HBx+si-CXCR3+Jagged1组(共转染HBx过表达载体、CXCR3 siRNA,Notch1信号激活剂Jagged1处理),测定细胞中HBx、CXCR3、神经性钙黏附素(Neural cadherin,N-cadherin)、基质金属蛋白酶-9(Matrix metalloprotease 9,MMP-9)、细胞周期蛋白D1(cyclin D1)、增殖细胞核抗原(PCNA)、基质金属蛋白酶-2(Matrix metalloprotease 2,MMP-2)、上皮性钙黏附素(Epithelical cadherin,Ecadherin)、波形蛋白(Vimentin)、Notch神经同源蛋白1前体(Neurogenic locus notch homolog protein 1 precusor,Notch1)、Hes1蛋白表达,检测细胞增殖、周期和迁移、侵袭情况。结果表明,与Control、pcDNA组比较,pcDNAHBx组肝癌细胞中HBx、CXCR3、Notch1、Hes1、Cyclin D1、PCNA、MMP-9、MMP-2、vimentin、N-cadherin蛋白表达量升高,细胞增殖活性、迁移数目、侵袭数目升高,细胞G0/G1期比例、E-cadherin蛋白表达量降低(P<0.05);与pcDNA-HBx+si-NC组比较,pcDNA-HBx+si-CXCR3组肝癌细胞中CXCR3、Notch1、Hes1、Cyclin D1、PCNA、MMP-9、MMP-2、vimentin、N-cadherin蛋白表达量降低,细胞增殖活性、迁移数目、侵袭数目降低,细胞G0/G1期比例、E-cadherin蛋白表达量升高(P<0.05);与pcDNA-HBx+si-CXCR3组比较,pcDNA-HBx+si-CXCR3+Jagged1组肝癌细胞Notch1、Hes1、Cyclin D1、PCNA、MMP-9、MMP-2、vimentin、N-cadherin蛋白表达量升高,细胞增殖活性、迁移数目、侵袭数目升高,细胞G0/G1期比例、E-cadherin蛋白表达量降低(P<0.05)。结果表明,下调CXCR3通过抑制Notch1信号减弱HBx促进肝癌细胞周期进展和迁移作用。本研究证明了下调CXCR3对HBx促进肝癌细胞周期进展、迁移、侵袭和EMT的作用,并首次发现了其作用机制与Notch1信号有关。

    2022年06期 v.38 1382-1390页 [查看摘要][在线阅读][下载 1119K]
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  • 烟台沿海地区贝类海产品戊型肝炎病毒检测分析

    崔伟红;刘娟;孙振璐;高巧;董兆静;宫连凤;马莉;

    了解烟台地区贝类海产品中戊型肝炎病毒污染状况,为戊型肝炎防控提供科学依据。采集了烟台近海区域贝类海产品11种,用PEG 8000对戊肝病毒进行优化富集,应用实时荧光定量RT-PCR方法进行检测,用已知戊肝阳性病人粪便标本做系列梯度稀释作为荧光信号强度参照。11种共151份贝类海产品中,在海虹(贻贝)中检出戊肝病毒阳性3份,可疑阳性2份,其它10种贝类中未检出。烟台近海区域贝类海产品(贻贝)中存在戊型肝炎病毒污染。

    2022年06期 v.38 1391-1396页 [查看摘要][在线阅读][下载 1191K]
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短篇论著

  • 16条甲型肝炎病毒流行株基因型及全基因组特征分析

    杜凤雪;周文亭;邱丰;尹文娇;曹经瑗;毕胜利;

    为分析具有相同VP1-2A区基因序列的甲型肝炎病毒(Hepatitis A virus,HAV)流行株全基因组序列特征,收集我国6个省市不同年份同一起或不同起甲型肝炎(甲肝)暴发中,部分甲肝病例急性期血清标本,提取HAV RNA,进行VP1-2A区基因分型,RT-PCR分段扩增HAV近全基因组序列,构建系统进化树,分析基因组特征。本研究获得16条HAV近全基因组序列,均属于基因IA亚型,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为95.81%~100%和99.23%~100%。与GenBank中HAV序列比较,15条序列与Man12-001(蒙古国株)最接近,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为97.87%~99.81%和99.55%~99.95%;1条序列与HAJEF-K12(日本株)最接近,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为99.37%和99.91%。本文中VP1-2A区序列完全相同的HAV流行株,来源于同一起甲肝暴发时,HAV近全基因组核苷酸序列差异为0%~0.03%;来源于不同起暴发时,核苷酸序列差异为0.18%~0.99%。16条HAV序列在已发表的中和抗原表位未发现变异,编码区氨基酸序列处于负向选择压力,16条序列间及与参考序列间未发现基因重组。本研究表明我国存在多株HAV流行株,主要为基因IA亚型;VP1-2A区序列完全相同的HAV流行株,来源于同一起甲肝暴发的HAV全基因组核苷酸序列同源性高于不同起暴发的HAV序列同源性。HAV基因分型及全基因序列分析与现场流行病学调查结果相结合,更有利于HAV溯源分析。

    2022年06期 v.38 1397-1404页 [查看摘要][在线阅读][下载 1070K]
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  • 一株猪源盖塔病毒的分离鉴定及遗传演化分析

    严伟东;杨郑欣;马宁宁;张梦佳;邵伟;何启盖;李文涛;

    盖塔病毒(Getah virus,GETV)是一种人畜共患病毒,近年来在动物中的感染时有发生,监测其流行情况以及控制其传播对公共卫生方面至关重要。本研究对一猪场流产胎儿脾脏样品进行二代测序,与NCBI数据库比对后,发现该序列与GETV HNJZ-S2毒株的基因组高度相似。对组织样品进行无菌处理,接种至PK-15细胞,经连续传代培养和空斑纯化,获得一株能在PK-15细胞上稳定生长的分离物,命名为GETV-YL株,并对其进行电镜观察与遗传演化分析。电镜结果显示,病毒颗粒呈球状,直径约为70 nm,有囊膜,表面有甲病毒典型的纤突结构。遗传演化分析结果显示,GETV-YL基因组全长11 689bp,与GenBank中现有的30株GETV全基因组序列相似性为94.4%~99.8%,与中国猪源毒株HNJZ-S2序列相似性最高(99.8%)并处于同一分支。在本研究中,从感染的猪中检测并分离到了GETV,表明该地区应加强对该病毒在猪群中流行情况的监测,并对该地区的蚊子进行病原检测。

    2022年06期 v.38 1405-1410页 [查看摘要][在线阅读][下载 989K]
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动物病毒研究论著

  • 血清10型禽腺病毒AHFY19株全基因组序列测定与分析

    赵磊;张留君;刘欣超;刘畅;张训海;

    禽腺病毒(Fowl Adenovirus,FAdV)是一组血清型众多及致病性多样的病原体,多数呈亚临诊性长期潜伏带毒,部分毒株可造成禽群包涵体肝炎、心包积液、肌胃糜烂症、产蛋下降、生长迟缓等病症,严重威胁养禽业健康发展。为分析血清10型禽腺病毒(FAdV-10)全基因组序列特征,本研究将分离自外表健康鸡泄殖腔拭子的FAdV-10 AHFY19株经卵黄囊途径接种8日龄SPF鸡胚扩繁,从死亡鸡胚肝组织中提取病毒基因组,采用illumina二代基因测序技术和特殊结构区二温式PCR扩增测定病毒全基因组并分析其遗传特征。结果显示,AHFY19株(103.1EID50/0.1 mL/枚)接种的鸡胚于18~21日龄全部死亡。全基因组测序显示,AHFY19株病毒基因组全长为45 757 bp(GenBank登录号:MN542422),其G+C含量为54.63%,末端重复序列(ITR)长为56 bp,共有52个开放阅读框(ORF)。基因组比对分析显示,AHFY19株属I群FAdV C种FAdV-10型,与C2-B-FAdV-10株(MK572851)全基因组同源性最高(99.91%),但AHFY19株基因组多203 bp,差异位于fiber-1、fiber-2和ORF19A基因,然而这些差异并不存在于FAdV-10型C-2B株。AHFY19株与FAdV-4毒株全基因组核苷酸序列同源性在98.35%~98.58%之间。主要结构蛋白基因遗传进化分析显示,仅hexon基因发育进化树可区分C种FAdV-10型与FAdV-4型毒株。氨基酸分析显示,AHFY19株Hexon蛋白V188、Fiber-2蛋白G219和A380与FAdV-4型弱毒株一致。本研究为国内首次测定公布FAdV-10型病毒全基因组序列,其基因组分子特征为深入分析FAdV遗传演化提供了研究资料。

    2022年06期 v.38 1411-1418页 [查看摘要][在线阅读][下载 1139K]
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  • 云南省墨江县库蠓中一株西藏环状病毒的分离及全基因组序列分析

    杨振兴;孟锦昕;何于雯;李楠;王静林;

    西藏环状病毒(Tibet orbivirus,TIBOV)于2009年首次从中国西藏自治区采集的圆斑按蚊中分离出,目前在中国的云南省、广东省、湖南省和临国日本均有分离报道。2017年我们从云南省墨江县采集的库蠓样品中分离到一株病毒(MJC1-7),接种BHK-21和C6/36细胞后均可产生聚集、皱缩和脱落等明显细胞病变。1%的琼脂糖凝胶电泳显示,病毒基因组为十节段的双链RNA,呈现“3-3-3-1”的带型。通过病毒全长cDNA扩增和测序获取MJC1-7毒株的全基因组核苷酸序列,病毒基因组全长为19 260 bp(包括编码区18 495 bp和非编码区735 bp),由Seg-1(3 950 bp)至Seg-10(832 bp)的10个基因节段构成,可编码6 165个氨基酸残基。对环状病毒保守的VP1(Pol)、VP3(T2)和VP7(T13)蛋白氨基酸序列及系统发育分析显示,MJC1-7毒株与TIBOV亲缘关系最近,氨基酸序列相似度为95.4%~99.7%。对决定环状病毒血清型VP2(OC1)蛋白氨基酸序列与系统发育分析显示,MJC1-7与云南(SX-2017a、DH13C120和YN15-283-01)和广东(D181/2008)分离的TIBOV毒株聚为一簇,氨基酸序列相似度为97.3%~98.6%,而中国西藏毒株(XZ0906)和日本毒株(KSB-8/C/09和KSB-3/C/10)形成了另外3个独立的进化分支,MJC1-7与其相似度仅为27.8%~41.8%,以上结果表明MJC1-7毒株与云南和广东毒株有更近的亲缘关系,而中国西藏和日本毒株可能为Seg-2(OC1)基因变异较大毒株。本研究报道了一株TIBOV在我国云南省墨江县库蠓上的分离以及全基因组序列分析,研究结果进一步丰富了我们对TIBOV的认知,为深入研究我国TIBOV的分布、致病性与病原学检测技术提供了基础数据。

    2022年06期 v.38 1419-1428页 [查看摘要][在线阅读][下载 1644K]
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昆虫病毒研究论著

  • 中蜂囊状幼虫病毒非编码区对蛋白翻译的影响

    王莹莹;马跃宇;费东亮;李明;孙莉;马鸣潇;

    RNA病毒非编码区对病毒RNA的转译起始、稳定及病毒蛋白表达等方面均起着重要作用,为研究中蜂囊状幼虫病毒(Chinese sacbrood virus,CSBV)非编码区(Untranslated region,UTR)是否对蛋白翻译存在作用,将CSBV 5'UTR和3'UTR分别插入报告基因绿色荧光蛋白(Enhanced green fluorescent protein,EGFP)5'端,通过观察绿色荧光强度研究CSBV非编码区对蛋白翻译的影响。此外,利用双荧光素酶检测试剂盒检测5'UTR和3'UTR对荧光素酶活性的影响。结果表明:CSBV 5'UTR和3'UTR能够有效抑制绿色荧光蛋白EGFP表达,其中3'UTR抑制绿色荧光蛋白表达作用更强;经双荧光素酶报告系统检测,质粒pGLl-3'UTR和pGL3-5'UTR中报告基因相对活性分别为对照质粒pGL3-control的0.39和0.69,差异极其显著(P<0.001)。由此可见,CSBV 5'UTR和3'UTR对其蛋白翻译存在抑制作用,且3'UTR作用更加明显。通过本研究,为深入认识CSBV 5'UTR和3'UTR在病毒复制和病毒蛋白翻译中的功能提供了帮助,也有助于对CSBV分子致病机制的研究。

    2022年06期 v.38 1429-1437页 [查看摘要][在线阅读][下载 1075K]
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综述

  • 新冠病毒变异株的流行现状及其生物学特征

    陈晓菁;杨佳璎;廖关诚;文思敏;舒跃龙;

    新型冠状病毒(SARS-CoV-2)疫情在全球持续传播,至今已经演化出多种新冠病毒变异株。关切变异株(Variants of Concern,VOCs)和关注变异株(Variants of Interest,VOIs)具有不同的生物学特性、传播力和致病力,现有疫苗对不同变异株的保护作用以及检测试剂的效能成为公共卫生的关注点。应该建立全球的监测体系,不断跟进变异株对检测效力、疫苗效能及药物作用的影响,及时对防控策略进行调整。

    2022年06期 v.38 1438-1452页 [查看摘要][在线阅读][下载 1561K]
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  • SARS-CoV-2(新冠病毒)变异流行株命名系统

    郑焕琴;张帅;王莹;朱洪伟;张兴晓;

    SARS-CoV-2(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2),又称“新型冠状病毒”或“新冠病毒”,正不断进化和变异,产生了大量的病毒变异株(Variant),其致病性、宿主适应性和传播性变化显著,给COVID-19(Coronavirus disease-19),又称“新型冠状病毒肺炎”或“新冠肺炎”的防治带来巨大挑战。变异株的命名对COVID-19的分子流行病学调查和防控技术研究起到关键性的辨识作用。本文综述了GISAID、Nextstrain、Pango、TILE和希腊字母5种SARS-CoV-2变异株的命名原则、适用范围和重要的流行变异株,为SARS-CoV-2变异株的监测、研究SARS-CoV-2变异株的进化机制、传播特性及抗原位点设计提供一定的参考。

    2022年06期 v.38 1453-1458页 [查看摘要][在线阅读][下载 909K]
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  • CRISPR/Cas系统在病毒感染性疾病治疗中的应用进展

    邢冠群;曹其航;亓伟毅;宋蕊淇;李菲;张振杰;刘绍琼;

    CRISPR/Cas(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats/CRISPR-associate)系统作为当下炙手可热的基因编辑技术,近几年在各方面取得了诸多进展,本文就CRISPR主要类型Cas蛋白的作用方式,CRISPR/Cas技术在病毒感染性疾病中的应用,作用机制,当下治疗方法进行讨论,着重对人类免疫缺陷病毒(Human immunodeficiency virus,HIV)、单纯疱疹病毒I型(Herpes simplex virus-1,HSV-1)、EB病毒(Epstein-barr virus,EBV)、乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus,HBV)、人乳头瘤病毒(Human papillomavirus,HPV)、人类嗜神经多瘤病毒JC(Polyoma JC virus,JCV)、非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)进行综述。

    2022年06期 v.38 1459-1469页 [查看摘要][在线阅读][下载 1093K]
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  • 环状RNA在抗病毒固有免疫和甲型流感病毒感染中的作用

    王业;魏凡华;

    环状RNA(circular RNA,circRNA)是一种新型的非编码RNA,具有特殊的环状结构,由mRNA前体通过反向剪接产生。随着高通量测序技术的发展,人们发现环状RNA几乎存在于所有的生物体内,目前的研究表明,环状RNA具有多种生物学功能,在癌症、心脑血管等多种疾病中都发挥着重要作用。更重要的是,环状RNA也被证实参与病毒感染,并在抗病毒固有免疫中具有重要作用。本文对环状RNA的生物合成、分类和生物学功能以及其在抗病毒免疫和甲型流感病毒感染中的研究进展进行综述,旨在提供基于环状RNA的抗病毒新策略。

    2022年06期 v.38 1470-1477页 [查看摘要][在线阅读][下载 1108K]
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  • 流感病毒载体疫苗的构建策略

    王东红;谭文杰;

    流感病毒载体疫苗即将外源基因插入流感病毒的基因组中,通过流感病毒反向遗传学方法拯救重组病毒,表达相应蛋白并诱导特异性免疫应答。目前在研的以流感病毒为载体疫苗包括新型冠状病毒(SARS-CoV-2),西尼罗病毒,艾滋病毒,呼吸道合胞病毒等。外源基因主要插入到流感病毒的血凝素和神经氨酸酶,及非结构蛋白中,通过反向遗传学拯救重组病毒表达外源蛋白并在免疫动物体内产生针对流感病毒和外源蛋白的体液免疫,细胞免疫及粘膜免疫。本文详细总结了在流感病毒不同基因节段中插入外源基因的构建策略及在动物体内引起的免疫应答特点及保护效果,为流感病毒载体重组疫苗的研发和应用提供参考。

    2022年06期 v.38 1478-1487页 [查看摘要][在线阅读][下载 978K]
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  • 人体肠道病毒群的宏基因组学研究进展

    屈爱娜;吴德;

    随着高通量测序技术的发展,与人体共生的微生物群成为当今研究的热点。肠道微生物群是人体最庞杂且重要的微生态系统,与人体健康密切相关。其中,肠道菌群与疾病的研究是热点,但是人们对肠道病毒群的关注较少。该文对人体肠道病毒宏基因组学的研究进行综述,介绍病毒宏基因组学的基本研究内容,以及研究面临的瓶颈问题,阐述利用宏病毒组学探索健康人体肠道病毒群组成的特征、肠道病毒群与某些人类疾病相关性的研究进展。

    2022年06期 v.38 1488-1494页 [查看摘要][在线阅读][下载 963K]
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  • 病毒样颗粒嵌合载体的研究进展

    吕甜甜;韩石誉;曹海旭;郭晓芹;朱言柱;张蕾;

    病毒样颗粒(Virus-like particles,VLPs)是由病毒的一种或几种结构蛋白自行装配而成的类似天然病毒形态的空心蛋白颗粒。VLPs直径约20~200nm,具有规整的空间结构和良好的生物相容性,其表面有带有活性基团的氨基酸,可以作为嵌合载体递呈和展示同源或外源的表位抗原、肽和药物等各种材料。VLPs作为嵌合载体在新型疫苗、基因治疗、药物的靶向运输、造影等方面具有重要作用。本文对病毒样颗粒作为嵌合载体的国内外研究进展进行概述,为其进一步研究和利用提供参考。

    2022年06期 v.38 1495-1502页 [查看摘要][在线阅读][下载 973K]
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  • CDK蛋白在HIV-1复制中的作用研究进展

    王淑杰;陈淑敏;丁寄葳;岑山;李晓宇;

    人类免疫缺陷综合征(Acquired immunodeficiency syndrome,AIDS)是由人免疫缺陷病毒(Human immunodeficiency virus,HIV)感染引起的慢性传染性疾病。HIV根据病毒基因组结构的差异分为HIV-1和HIV-2,而HIV-1是主要的病原体。细胞周期蛋白依赖性激酶(Cyclin dependent kinases,CDKs)在HIV-1复制过程中不可或缺,尤其是在逆转录、转录及病毒RNA加工过程中起到至关重要的作用。本文对CDKs结构、分类及其在HIV-1复制中发挥的作用展开综述,以期为开发针对CDKs靶点的抗HIV-1药物和艾滋病治疗提供线索与思路。

    2022年06期 v.38 1503-1511页 [查看摘要][在线阅读][下载 971K]
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  • EB病毒检测技术研究进展

    李婧怡;马学军;申辛欣;冯志山;

    EB病毒属于人类疱疹病毒Ⅳ型,是一种普遍存在的病原体,可以导致多种疾病。有效的EBV诊断对治疗选择和治疗监测有指导意义。目前实验室用于检测EB病毒的方法主要是血清学方法和核酸检测方法,血清学方法对于EB病毒感染相关疾病的诊断有着重要意义,但是不能监测疾病的发展与转归。核酸检测方法可以直观地反映病毒的存在,灵敏度高。不同的检测方法和标本类型都有着不同的临床意义和适用范围,因此对这些方法进行正确的选择非常重要。这篇综述介绍了目前常见的EB病毒检测方法的进展,详述了各种技术的优缺点,为临床选择适合的检测方法提供参考。

    2022年06期 v.38 1512-1518页 [查看摘要][在线阅读][下载 932K]
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  • RNA修饰在病毒复制中的功能

    郝好杰;余宝成;胡章立;袁建辉;关武祥;

    早在60多年前科学家已经发现RNA化学修饰的存在,但直到近年来关于RNA修饰功能的研究才得到广泛关注及蓬勃发展,其中病毒RNA修饰的功能成为了病毒学研究领域新的热点。目前已有150多种RNA修饰被发现,这些修饰在调控RNA结构、剪接、核运输、翻译、稳定性等多种生物过程中发挥重要作用。目前病毒RNA修饰中最受关注的7种化学修饰包括N6-甲基腺苷(m6A)、5-甲基胞苷(m5C)、N1-甲基腺苷(m1A)、N7-甲基鸟苷(m7G)、N4-乙酰胞苷(ac4C)、假尿苷(Ψ)和核糖甲基化(Nm)。本文介绍了细胞中的修饰系统,讨论了当前各种修饰的检测方法并对这些修饰在病毒复制中的功能进行了归纳总结。此外,我们提出了病毒RNA修饰未来可能的一些研究方向。

    2022年06期 v.38 1519-1536页 [查看摘要][在线阅读][下载 1243K]
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