- 孙丽娜;刘洋;李川;李德新;梁米芳;
为获得针对狂犬病毒糖蛋白Ⅲ号表位的人源单抗,本研究采用噬菌体展示平台,对一株狂犬病毒糖蛋白Ⅲ号抗原表位的人源单抗CR4098采用链置换法进行改造。以CR4098单链抗体为骨架,从狂犬疫苗接种者外周血分离淋巴细胞,提核酸逆转录,PCR扩增抗体轻链可变区基因,替换CR4098的轻链基因,构建轻链置换文库。经纯化狂犬病毒aG株富集筛选,以上述筛选出的轻链阳性克隆为骨架,构建重链置换抗体库,富集筛选后通过ELISA和IFA鉴定阳性抗体克隆并进行序列测定。利用IgG表达载体VH/VK双质粒系统瞬时转染293T细胞实现IgG抗体的分泌型表达,通过亲和力测定和中和试验鉴定IgG抗体功能。结果显示,通过轻链置换,我们获得14株抗狂犬病毒scFv抗体,通过ELISA、IFA、亲和力测定及中和试验确定人源抗体RV3A5特异性结合狂犬病毒糖蛋白,对狂犬病毒CVS株和aG株均具有良好的中和活性,亲和力达到2.8×10-9 M。通过竞争ELISA对抗体结合表位进行鉴定,结果表明RV3A5特异性识别糖蛋白Ⅲ号抗原表位。通过链置换法成功获得1株全新的针对狂犬病毒糖蛋白Ⅲ号表位的高亲和力人源中和抗体,为狂犬病毒抗体制剂鸡尾酒治疗奠定了基础。
2016年04期 v.32 393-398页 [查看摘要][在线阅读][下载 218K] [下载次数：338 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：4 ] |[阅读次数：1 ] - 孙丽娜;刘洋;李川;李德新;梁米芳;
本研究对重组人源抗狂犬病毒单克隆抗体鸡尾酒暴露后预防效果进行评价,选用狂犬病毒国内代表性疫苗株、实验室固定毒株及街毒株共11株病毒,通过荧光抗体病毒中和试验(FAVN)分析针对狂犬病毒糖蛋白Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ号表位的三株单抗CR57(I)、RV08(II)和RV3A5(Ⅲ)及其鸡尾酒配伍的中和谱,在此基础上选用狂犬病病毒标准攻击毒株CVS-11感染仓鼠腓肠肌,进一步研究重组人源抗狂犬病毒单抗及其鸡尾酒制剂暴露后保护效果,结果显示CR57、RV08、RV3A5及其三联配伍制剂对11株狂犬病毒均具有明确的中和作用,按中和效价1∶1∶1配伍组成的鸡尾酒组合制剂对这些毒株的中和能力没有减弱,表明三株抗体间无相互干扰,对个别毒株(JX08-45、Flury、SRV9)的中和活性表现出协同作用;三株单抗CR57、RV08和RV3A5单独应用或是三联配伍应用的暴露后保护率达100%,与HRIG单独免疫相比较具有更优秀的动物保护活性;在与疫苗联合应用方面重组人源单抗与HRIG在暴露后预防的效果相仿,均可达到100%的保护率,所以重组人源单抗具有替代HRIG应用于狂犬病暴露后预防与保护的潜力,为我国具有自主知识产权的狂犬单抗鸡尾酒制剂的研发打下基础。
2016年04期 v.32 399-403页 [查看摘要][在线阅读][下载 152K] [下载次数：288 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：4 ] |[阅读次数：1 ] - 赵建岚;胡莎莎;罗洪;吴琦;姚慧鹏;
中东呼吸综合征冠状病毒是一类对人类危害极重的RNA病毒,为了解其密码子使用特点和主要影响因素,该文采用CHIPS、CUSP、CodonW和SPSS软件对MERS-CoV 9条基因序列进行了偏爱性分析和多元统计分析,获得了每个基因密码子3个位置的GC含量和ENC值以及所有基因序列的RSCU值,并与大肠杆菌、酵母、人的密码子使用频率进行了对比分析。结果显示GC3明显低于GC2、GC1且小于50%,ENC值为50.59,表明该病毒密码子偏爱性偏低且偏爱以A、T碱基结尾的密码子。中性绘图和ENC绘图分析表明密码子的偏爱性主要受到选择作用的影响。通过和其它三种生物密码子使用频率进行比较,发现其与酵母密码子使用频率相差最小。在此基础上确定了MERS-CoV的19个最优密码子。研究结果对MERS-CoV寻找最佳宿主进行体外表达,从而研发基因工程疫苗及治疗性抗体具有一定的意义。
2016年04期 v.32 404-410页 [查看摘要][在线阅读][下载 156K] [下载次数：339 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：6 ] |[阅读次数：1 ] - 詹炉停;赵敏;依含;张伟;曹健力;孙永鹏;张璐婧;司竣宇;夏宁邵;郑子峥;
呼吸道合胞病毒(Respiratory syncytial virus,RSV)是全世界范围内引起下呼吸道感染的主要病原体,主要高危人群为六个月以下新生儿及65岁以上人群。目前BALB/c小鼠是RSV感染的有效动物模型,但不同周龄BALB/c小鼠感染RSV后的差异性尚未有报道。本研究分别选择10、30、60周龄BALB/c小鼠,在鼻腔接种106及107PFU RSV后,对不同龄期小鼠临床一般症状、体重、鼻/肺部病毒滴度及肺组织炎症病理变化进行检测及比较。结果显示感染106PFU RSV后小鼠未出现明显的体重下降,而107PFU RSV感染后能有效引发小鼠在感染后6-11天出现明显的体重下降。检测结果显示,在107PFU感染的小鼠的鼻、肺组织能够检测到明显的病毒复制,肺部免疫组化显示病毒主要定位于肺泡周围,炎症观察结果显示出明显的肺部炎症细胞浸润及组织病理损伤。同时本研究还观察到随着小鼠周龄的增大,感染后体重下降越明显,并能检测到更为明显的肺部病毒及验证损伤。这些结果显示出本研究成功建立了不同周龄BALB/c小鼠RSV感染差异模型,为不同年龄人群RSV感染免疫机制的深入探讨及RSV相关抗体和疫苗药物的选择、评估提供依据。
2016年04期 v.32 411-416页 [查看摘要][在线阅读][下载 413K] [下载次数：413 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：6 ] |[阅读次数：1 ] - 朱莹;马莉;胡秦;李劲涛;陈玉龙;贾润清;沈思嗣;曾毅;
研究分析野生冬虫夏草的水溶浸提物抑制人免疫缺陷病毒Ⅰ型(human immunodeficiency virus-1,HIV-1)的效果及其抗病毒作用的靶点。研究分别选取新鲜虫体、子座、全草、干燥虫体和子座5种不同组分,获得水溶性提取物,采用CCK-8实验检测水提物的细胞毒性;假病毒单周期感染实验评价水提物的体外抗病毒活性;体外检测水提物对逆转录酶活性的影响,应用表面等离子共振(SPR)技术检测水提物与HIV-1Vif蛋白的相互作用。这5种虫草水提物均具有显著的体外抗HIV-1病毒活性,抑制HIV-1逆转录酶的活性,新鲜子座水提物与Vif蛋白有良好的体外结合力。本实验明确了野生冬虫夏草的体外抗病毒活性,其作用机制可能与抑制逆转录酶活性和体外Vif蛋白有关,研究将为抗HIV-1病毒药物的研发提供实验基础。
2016年04期 v.32 417-422页 [查看摘要][在线阅读][下载 225K] [下载次数：441 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：4 ] |[阅读次数：1 ] - 郭菁华;王衍海;
miRNA不仅广泛参与了蚊生长、发育的调控,还参与了媒介与病原体的相互作用,因此miRNAs可能作为蚊虫防制与蚊媒病原体控制的靶点,但目前尚无有效的转导系统。为研究白纹伊蚊浓核病毒-3(AalDV-3)是否可以作为有效的载体,我们利用内含子内表达miRNA海绵的策略,以埃及伊蚊内源性miR-210为靶基因,构建了重组病毒AalDV-anti-210。使用跨内含子引物通过RT-PCR验证了内含子可在蚊体内外的剪接效果,通过qPCR方法对埃及伊蚊Aag2细胞与埃及伊蚊幼虫的感染后的miR-210的表达水平进行检测。结果证实,含有miRNA海绵的内含子可以有效的蚊体内外剪接,重组病毒可以在蚊体内外高效的抑制靶miR-210的表达水平。该结果为探索AalDV-3在蚊虫基因功能研究及生物杀虫剂方面的潜在价值提供了理论依据。
2016年04期 v.32 423-428页 [查看摘要][在线阅读][下载 201K] [下载次数：197 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：0 ] |[阅读次数：1 ] - 孙文超;曹慧慧;郑敏;徐素萍;张红云;韦显凯;苏姣秀;何杰勇;
犬圆环病毒(Dog circovirus,DogCV)是近年来新发现的一种哺乳动物圆环病毒。为研究DogCV中国流行毒株基因组特性和遗传进化,以犬血清样品提取的DNA为模板,采用重叠PCR技术首次获得DogCV中国流行毒株的全基因组序列,命名为JZ98/2014。序列分析表明JZ98/2014全基因组长度为2063nt,编码3个主要开放阅读框:ORF V1(Rep蛋白,303个氨基酸)、ORF C1(Cap蛋白,270个氨基酸)和ORF C2(106个氨基酸)。同源性比较显示JZ98/2014与美国、欧洲流行毒株的全基因组序列同源性为82.1%-89.5%,而Rep和Cap基因同源性分别为82.1%-89.5%和84.6%-89.1%。遗传进化树分析显示,目前世界流行的DogCV存在多个分支,而JZ98/2014与美国、欧洲流行毒株处于不同分支。
2016年04期 v.32 429-435页 [查看摘要][在线阅读][下载 357K] [下载次数：314 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：20 ] |[阅读次数：1 ] - 董慧瑾;孙宇;赵林清;邓莉;朱汝南;陈冬梅;贾立平;刘立颖;张又;钱渊;
1994年从北京腹泻儿童中鉴定的国内首例G9型A组轮状病毒(Group A Rotavirus,RVA)株T203属于G9-Ⅵ(VP7基因进化树支Ⅵ),而之后国内流行的G9型RVAs主要属于全球广泛流行的G9-Ⅲ(VP7基因进化树支Ⅲ)。本研究于2010年通过基因测序从北京腹泻儿童中再次鉴定了一例RVA G9-Ⅵ。为了解北京儿童中G9-Ⅵ再次流行的情况,本研究对国内外人G9型RVAs的VP7基因进行多序列比对分析,在G9-Ⅲ和G9-Ⅵ病毒各自VP7基因序列比较保守、彼此间变异集中的区域设计杂交探针,经PCR合成地高辛标记的cDNA探针,建立区分G9-Ⅲ和G9-Ⅵ的斑点杂交方法;结合本实验室前期建立的RVA常见G和P基因型杂交鉴定方法,对2011-2012年门诊腹泻就诊患儿中RVAs的流行进行调查。结果显示G9型检出率最高(43.5%,57/131),其次是G3(30.5%)、G1(12.2%)和G2(11.5%),未发现G4型。P分型结果显示P[8]为主要基因型(85.2%),其次P[4]型(14.8%),未发现P[6]型。对57例G9型RVAs全部进行G9-Ⅲ和G9-Ⅵ杂交鉴定。结果显示:G9-Ⅵ占96.5%,取代G9-Ⅲ(3.5%)成为优势流行的G9型病毒。从VP7基因进化树图上看到,本研究鉴定的北京人RVA G9-Ⅵ同国内外近期多地出现的人RVA G9-Ⅵ进化关系密切,并且和加拿大的猪RVA株F7P4进化距离近。国内外新近重新出现的人G9-Ⅵ RVAs是否在进化过程中获得了比以往广泛流行的RVA G9-Ⅲ更强的传播能力或致病力,值得进一步研究。
2016年04期 v.32 436-444页 [查看摘要][在线阅读][下载 590K] [下载次数：140 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：5 ] |[阅读次数：1 ] - 王延群;赵彦杰;沈军;谢正德;李亚敏;刘高山;楼永良;陆柔剑;谭文杰;
为了解肠病毒D68(EV-D68)在北京、上海地区严重急性呼吸道感染(SARI)儿童中的流行情况和分子特征。本研究采集2008~2010年北京儿童医院SARI儿童呼吸道样品259份,2013~2014年上海复旦大学附属儿科医院SARI儿童呼吸道样品441份,采用套式RT-PCR结合测序方法检测筛选EV-D68阳性样品,设计EV-D68全基因组通用引物,对EV-D68阳性样品进行全基因组扩增,收集NCBI核酸数据库中目前所有的EV-D68全基因组序列进行序列分析,比较EV-D68中国和美国流行株的差异。结果发现:北京地区检测EV-D68阳性样品1例,阳性率为0.4%,上海地区检测EV-D68阳性样品4例,阳性率为0.9%。结合目前中国已上传的所有EV-D68相关序列,分析表明:目前中国地区流行的EV-D68主要属于Clade A2或Clade B2亚型,不同于美国的Clade A1、Clade B1、Clade B4和Clade B5亚型,另外EV-D68部分基因进化分析时出现树形结构冲突现象;上述结果表明目前EVD68在北京、上海地区的SARI儿童群体中的感染率较低(5/700;<1%);中国与美国流行的EV-D68毒株属于不同的分支,差异较大,部分序列分析表明EV-D68病毒可能存在组内重组现象。
2016年04期 v.32 445-452页 [查看摘要][在线阅读][下载 312K] [下载次数：367 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：18 ] |[阅读次数：1 ] - 任丽;王慧玲;王常银;房学强;许文波;王英;张燕;
研究2013~2014年中国大陆分离到4株不同基因型麻疹野毒株血凝素蛋白(HA)编码基因的基因和氨基酸特征及变异程度。选取2013~2014年我国优势基因型H1a1株,输入基因型B3、D8和D9各1株作为代表株,核酸提取,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增H基因编码区全序列(1 854bp)并测序,使用sequencher5.0进行序列拼接,并与GenBank下载的H1基因型4株、B3基因型和D8基因型各8株、D9基因型2株及中国A基因型麻疹疫苗株沪191(S191)和长47(C47)H基因全序列进行比较分析,使用MEGA5.0比对并构建亲缘性关系树及分析其核苷酸和氨基酸差异。4株不同基因型野毒株与A基因型疫苗株H基因核苷酸和氨基酸同源性为94.2%~96.7%,95.4%~96.7%,氨基酸差异数为20~28,其中Beijing14-1(H1a)与A基因型疫苗株H基因同源性最低。H1a毒株与1993~1994年分离的毒株核苷酸同源性较高为97.7%~98.2%。Beijing14-1(H1a)和Shanghai14-1(B3)第240位点氨基酸位点由S→N,导致HA蛋白的1个N-糖基化位点丢失。4株野毒株与中国A基因型疫苗株H基因核苷酸和氨基酸同源性较高,且重要中和抗原位点未出现明显突变。从基因层面上分析A基因型疫苗株对我国流行的H1a亚型及B3、D8和D9输入性基因型野毒株感染仍具有较好的保护效果。
2016年04期 v.32 453-458页 [查看摘要][在线阅读][下载 499K] [下载次数：184 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：4 ] |[阅读次数：1 ] - 汤晶晶;张杰;李凯;田炳均;赵智娴;丁峥嵘;
为了解云南省疫苗衍生脊髓灰质炎病毒(Vaccine-derived Poliovirus,VDPV)的基因组特征,对2010年及2012年监测到的4株VDPV进行全基因组序列测定。结果显示,2株Ⅱ型VDPV的基因组全长均为7439nt,与Sabin Ⅱ疫苗株全基因组核苷酸和氨基酸的序列同源性分别为95.4%和97.7%;2株I型VDPV基因组全长均为7441nt,与Sabin I疫苗株全基因组核苷酸和氨基酸序列的同源性分别为93.9%和97.9%。减毒位点分析发现II型和I型VDPV毒株分别有两个(nt 481和nt 2909)和三个减毒位点(nt 480、nt 2795和nt 6203)发生了回复突变。VP1序列分析显示II型和I型VDPV毒株与相应Sabin株的变异分别为1%和2.3%,重组分析显示II型和I型VDPV的基因组结构分别为S2/S3和S1/S2/S1/S3,后者的重组次数高达3次,显示了重组的普遍性和复杂性,也表明了病毒在人体内复制和传播的持久性与重组的多样性成正相关。因此,从分子水平分析VDPV的特性,可掌握病毒的变异动态,为制定科学可行的VDPV控制策略提供理论依据。
2016年04期 v.32 459-464页 [查看摘要][在线阅读][下载 232K] [下载次数：171 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：5 ] |[阅读次数：2 ] - 黄剑波;郎巧利;李新琼;徐志文;朱玲;周远成;
为研究猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diahorrea virus,PEDV)对猪肾传代细胞PK-15miRNA表达谱的影响,将PEDV感染PK-15细胞后,提取总RNA,进行高通量测序,构建感染与未感染PEDV的PK-15细胞的miRNA表达谱,并进行差异性分析,对表达差异显著的miRNA进行heatmap聚类分析及GO(Gene ontology,GO)分子功能(Molecular function,MF)分析,选取10个显著性差异表达的miRNA通过RT-qPCR进行了验证。结果发现,显著性差异表达的miRNA有214个,其中175个miRNA表达上调,39个miRNA表达下调。Heatmap聚类分析表明,病毒组绝大部分差异表达的miRNA较对照组表达量上调,少部分下调。GO分析表明,miRNA广泛参与结合、蛋白结合、蛋白激酶活性、转移酶活性、含磷基团转移、磷酸转移酶活性等生物作用。RT-qPCR验证的各miRNA的表达趋势与高通量测序结果一致。结果表明,猪流行性腹泻病毒感染对PK-15细胞编码的miRNA表达水平有显著影响,从而对进一步研究治疗PEDV的miRNA制剂提供新思路。
2016年04期 v.32 465-471页 [查看摘要][在线阅读][下载 264K] [下载次数：497 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：4 ] |[阅读次数：1 ] - 郑光来;卢晓冉;张静远;陈腾;王东方;严妍;张守峰;扈荣良;
为表达狂犬病病毒(Rabies Virus,RV)基质蛋白(M)蛋白,进而制备多克隆抗体。本研究以狂犬病病毒BD06株RNA为模版,通过RT-PCR扩增M蛋白基因全序列,将其插入质粒pFastbac I中,获取的重组质粒pFastbac I-M,经酶切鉴定后,转化到DH10Bac E.coli感受态中,以获取重组穿梭质粒Bacmid-M。用lipofectamine2000介导Bacmid-M转染Sf9细胞获取重组杆状病毒AcMNPV-M。用抗His标签的单体、犬抗RV阳性血清及兔抗RV阳性血清通过Western-Blot鉴定重组蛋白的表达及其反应原性。用镍离子亲和层析柱纯化重组蛋白,并免疫新西兰大耳白兔制备多克隆抗体,用Western-Blot和FAVN试验鉴定多克隆抗体的反应原性及其病毒中和效价。结果表明:(1)利用杆状病毒表达系统成功的表达了大小约为25kD的重组M蛋白;(2)重组M蛋白具有良好的免疫原性和反应原性;(3)制备的多克隆抗体与狂犬病病毒BD06、SRV 9、CVS-24、ERA、PV 2061及aG株的M蛋白均能发生特异性反应,但其无病毒中和能力。本研究完成了重组M蛋白的表达、纯化并制备了其多克隆抗体,为进一步研究M蛋白的生物学功能奠定了物质基础。
2016年04期 v.32 472-477页 [查看摘要][在线阅读][下载 221K] [下载次数：472 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：7 ] |[阅读次数：1 ] - 王培;陶泽新;王素婷;周楠;林小娟;王海岩;宋立志;徐爱强;
为分析城市污水中诺如病毒(Norovirus,NoV)、轮状病毒(Rotavirus,RV)、人类星状病毒(Human Astrovirus,HAstV)的分子流行病学特征,探索环境监测技术在病毒性胃肠炎疾病防控中的作用,本研究在山东省3个城市建立环境污水监测点,从7份分别采自2009~2015年的污水标本中提取RNA,通过逆转录-聚合酶链反应扩增其中的NoV、RV、HAstV的核酸片段,扩增产物通过TA克隆后转化大肠杆菌JM109并进行序列测定,根据获得的序列分析其型别构成和系统发生特征。共检测出特异性序列210条,分属于6个NoV I基因型、4个NoV II、3个RV G基因型、3个RV P基因型和4个HAstV血清型。GI.2、GII.4、G9、P[8]和HAstV-1是各病毒检测中最常见的基因型。系统发生分析显示GI.3、GI.6、GII.4、G9、P[8]、HAstV-1和HAstV-4基因型内又分为多个传播链。研究结果表明生活污水中含有多种多样的胃肠炎病毒信息,环境监测是监测病毒区域性流行的重要途径之一。
2016年04期 v.32 478-483页 [查看摘要][在线阅读][下载 341K] [下载次数：804 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：17 ] |[阅读次数：1 ] - 房保海;岳志芹;孙涛;梁成珠;赵玉然;林超;郑小龙;王群;孙明君;
本研究探讨了果蔬产品中甲肝病毒风险评估和基因分型;采用实时荧光RT-PCR对216个果蔬样品进行了检测,检测出6个阳性样品,分别为冷冻草莓、冷冻蓝莓、冷冻土豆丁、冷冻苹果丁和冷冻树莓样品,占总样品数的2.8%;采用巢式RT-PCR对6个阳性样品进行基因扩增,样品冷冻苹果丁(210-1999)和冷冻蓝莓(210-2002)获得单一条带,经系统进化和同源性分析,二者皆属于甲肝病毒ⅠB亚型;本研究为果蔬产品企业和食品安全管理部门提供了此类产品甲肝病毒污染的风险信息,奠定病毒基因溯源基础,为企业从种植、收获、加工、包装等各关键控制点保证产品安全提供技术支撑,为流行病学诊断提供可靠数据。
2016年04期 v.32 484-489页 [查看摘要][在线阅读][下载 293K] [下载次数：195 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：5 ] |[阅读次数：1 ] - 钟义;邵海英;傅丽君;费东亮;马鸣潇;
参考NCBI(National Center of Biotechnology Information)已发表的慢性蜜蜂麻痹病毒(Chronic bee paralysis virus,CBPV)的全基因序列,设计3条检测CBPV的特异性引物,建立CBPV半套式PCR(Polymerase Chain Reaction)检测方法,对其外引物退火温度(52、54、56和58℃)、内引物退火温度(48、50、52和54℃)、引物浓度(0.1、0.2和0.4mmol/L)和ExTaq酶体积(0.25、0.5和1μL)进行优化,并对优化后的方法进行了特异性、敏感性验证,同时,利用该方法对20份临床样品进行检测。结果表明,该半套式PCR最佳外引物退火温度、内引物退火温度、引物浓度和ExTaq酶体积分别为56℃、50℃、0.2mmol/L和0.25μL;感染CBPV与健康蜜蜂、急性蜜蜂麻痹病毒(Acute paralysis virus,ABPV)、中蜂囊状幼虫病病毒(Chinese sacbrood bee virus,CSBV)、黑蜂王台病毒(Black queen cell virus,BQCV)、蜜蜂残翼病毒(Deformed wing virus,DWV)的cDNA均无交叉反应,检出最低下限为10-3pg;从20份临床样品中检出4份阳性。说明建立的CBPV半套式PCR检测方法具有快捷、敏感、特异等优点,可用于CBPV感染的临床诊断和流行病学调查。
2016年04期 v.32 490-494页 [查看摘要][在线阅读][下载 205K] [下载次数：171 ] |[网刊下载次数：0 ] |[引用频次：5 ] |[阅读次数：1 ]