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2021-2022中国12省5岁以下人星状病毒分子流行病学特征研究
董梦洁;熊光萍;范佳欣;车如意;唐晓苹;张无敌;庞立丽;章青;孔翔羽;李希希;王宏;李丹地;为了解2021-2022年我国5岁以下儿童中病毒性急性胃肠炎患者HAstV的分子特征及遗传进化规律。对1236份5岁以下急性胃肠炎住院或门诊患儿粪便样本采用实时荧光法筛查HAstV，在HAstV阳性样本中随机选择30例用RT-PCR法扩增并送公司测序，测序成功的HAstV序列利用生物信息学分析软件GenBank、BioAider、MEGA11.0、DNASTAR和BEAST软件对其进行基因分型、遗传进化及贝叶斯分析。2021-2022年我国HAstV阳性率为4.05%(50/1 236)，测序获得24条基因序列，鉴定结果显示，HAstV-1为主要基因型（66.67%），其次为HAstV-4(20.83%),HAstV-5(8.33%)和HAstV-2(4.16%)。HAstV-1平均进化率约为6.3×10-4(HPD95%2.2×10-4～1.1×10-3)替换/位点/年；HAstV-4平均进化率约为7.5×10-4(HPD95%4.9×10-4～1.0×10-3)替换/位点/年。本研究显示，2021-2022年我国HAstV基因型别多样，HAstV-1和HAstV-4占比较高且进化速率低。本研究了解我国HAstV的遗传变异情况，为今后病毒防控和疫苗的研发提供一定的基础数据。
2022年山东省济南市某医院DBV的全基因组测序和遗传进化研究
申园园;韦雪敏;张宇涵;张新宇;李超;宋丽;赛林涛;许一菲;本研究旨在探究2022年山东省济南市某医院大别班达病毒（Dabie bandavirus,DBV）的基因组特征和遗传变异规律。在山东省某医院采集6例疑似发热伴血小板减少综合征（Severe fever with thrombocytopenia syndrome,SFTS）患者的血样，提取DBV RNA并进行全基因组测序，将新获得的DBV序列与GenBank中山东省的DBV序列组成数据集；使用BioEdit进行同源性分析，识别氨基酸变异；IQ-TREE构建系统发育树，发掘潜在的重配毒株；RDP4和SimPlot筛选可能的重组事件；Datamonkey在线服务器分析选择压力。结果表明，新获得的6条DBV全基因组序列包含96个氨基酸突变，与GenBank中山东省DBV全基因组序列相比，其中15个是新发现的突变；四种DBV基因型（C1-C4）在山东省流行；本研究共鉴定出3种DBV重配类型和7个DBV重组事件；山东省DBV的四个基因在进化过程中均受到阴性选择压力影响。山东省DBV遗传多样性不断提高且进化机制复杂，需持续监测。
2018-2024年上海市人腺病毒B亚属全基因组序列特征分析
刘嘉婧;张万菊;崔晓青;张靖翊;房方皓;陈敏;滕峥;为了解上海市人腺病毒B亚属（Human adenovirus species B,HAdV-B）基因序列及遗传进化特征，为人腺病毒（Human adenovirus,HAdV）相关疾病防控及疫苗研发提供科学依据，本研究选取了13例2018-2024年上海市HAdV-B感染病例样本进行全基因组序列测定并获得全基因组序列，利用生物信息学软件分析基因序列特征，解析HAdV-B基因突变情况及进化规律。基于主要抗原蛋白六邻体（Hexon）、五邻体（Penton）、纤维突蛋白（Fiber）基因及全基因组的进化关系树显示，13株HAdV-B中9株为HAdV-3型，4株为HAdV-7型，HAdV-3型与HAdV-7型型别内核苷酸相似度均高达99.9%。系统发育进化树显示本研究中9株HAdV-3型上海株与国内的参考毒株聚集于同一分支；4株HAdV-7型上海株与国内流行的HAdV-7d属于同一亚分支。选取代表株进行核苷酸相似度及重组分析，其中HAdV-3型与2018年北京株（MW748657）相似度最高为99.97%,HAdV-7型与2019年广州株（MT350344）相似度最高为99.95%，代表株中均未发现有明显重组现象。应对HAdV-B的进化和变异进行持续性监测研究。
2017-2022年慈溪市腹泻患者中诺如病毒流行病学特征分析
杨铭锋;岑迪;楼宏立;为了解慈溪市腹泻患者中诺如病毒的流行病学特征及相关食品暴露风险，为预防诺如病毒的感染提供科学依据。本文采集2017-2022年慈溪市食源性疾病监测哨点医院腹泻病人相关信息，描述性统计分析诺如病毒的流行病学特征、临床症状及食品暴露风险，利用χ~2检验或Fisher精确检验分析组间差异，在2017-2022年慈溪市食源性疾病监测哨点医院共收治的2322例腹泻患者中，检出诺如病毒283例，综合检出率为12.19%。各年检出率依次为7.94%、9.55%、23.29%、13.77%、11.72%、6.72%。基因型以GⅡ型为主，占比95.41%。1～4月和10～12月检出率高于其余月份，为13.61%～36.23%。性别（χ~2=2.81,P=0.094）、年龄（χ~2=4.71,P=0.194）、地区（χ~2=1.10,P=0.294）、职业（χ~2=11.59,P=0.094）间差异无统计学意义。临床症状主要以水样便、粘液便、呕吐为主；偶见血样便、稀状便、腹痛、恶心、发热等，多见于0～6岁儿童。检出率较高的前三位暴露食品种类为多种食品、混合食品和饮料与冷冻饮品类，分别为33.33%(2/6）、19.61%(10/51）和18.42%(7/38）。可疑暴露食品的加工及包装方式包括预包装、餐饮服务业、家庭自制、散装和其他（指母乳喂养）5种，检出率分别为14.37%(118/821）、15.15%(15/99）、12.66%(79/624）、7.63%(9/118）和9.39%(62/660），差异有统计学意义（χ~2=11.71,P=0.020）。2017-2022年慈溪市诺如病毒感染以GⅡ型为主。检出率各年份存在差异，其中2019年最高。一年中呈现1～4月和10～12月两个流行高峰。人群普遍易感，需加强饮食健康宣传教育。
大别班达病毒的传播途径研究进展
牛文静;吴泓晓;陈志海;大别班达病毒（Bandavirus dabieense,DBV）是一种人畜共感染的蜱媒病毒，可引起以发热、血小板减少和多器官功能障碍为主要临床表现的发热伴血小板减少综合征（Severe fever with thrombocytopenia syndrome, SFTS）。近十余年来，我国累计报告SFTS病例的省市自治区从5个增加到25个，病死率在5.2%～30%。此外，其他国家如泰国、日本、韩国、越南等也陆续报道了DBV感染。由于DBV的高病死率和传播途径多样性，SFTS对人类和动物的健康构成了严重威胁，增加了防控的复杂性。本文对DBV传播途径进行总结，以期为DBV的预防和控制提供新的方法和思路。
SARS-CoV-2的免疫逃逸机制研究进展
曹玉蝶;刘佳;高永宇;李海洋;杨思宇;桑辰君;唐越;崔咏馨;李子彬;高凤山;本文综述了严重急性呼吸系统综合症冠状病毒2型（Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARSCoV-2）的免疫逃逸机制，这是其在全球范围内成功传播并引发COVID-19大流行的关键因素。SARS-CoV-2通过多种策略干扰宿主免疫应答，包括模拟宿主分子逃避先天免疫识别、干扰核运输与翻译机制、阻断干扰素信号通路，以及通过变异实现抗原逃逸。特别是Omicron等变异株的出现，其在刺突蛋白上的突变显著降低了现有疫苗和既往感染产生的抗体的中和能力，显示了病毒适应性进化的复杂性。研究还发现，病毒的非结构蛋白和结构蛋白上的突变可能影响T细胞的识别和反应，导致T细胞逃逸。这些发现不仅有助于我们对SARS-CoV-2免疫逃逸机制的理解，也为疫苗和治疗策略的优化提供了科学依据，并强调了对病毒变异持续监测的重要性。
SARS-CoV-2刺突蛋白在急性感染期人体标本心外膜及血管外膜组织中的分布
赵建平;李甜甜;孙健茹;陈震;王乃利;李文卿;曹萌萌;马超;李宏义;新型冠状病毒肺炎（Coronavirus disease 2019, COVID-19）急性感染导致心血管系统损伤的病理生理学机制尚不明确，揭示严重急性呼吸综合征冠状病毒2(Severe acute respiratory syndrome coronary virus 2, SARS-CoV-2)病毒蛋白在人体心血管组织中的分布特征将有助于认识和理解心脏损伤的病理机制。本研究纳入COVID-19急性感染期死亡患者8例，其中6例男性，2例女性，平均年龄81.4岁（66～98）。通过病理尸检获取心脏组织，分别采用HE染色观察心血管组织病理变化，免疫组织化学染色观察SARS-CoV-2刺突蛋白（Spike S1、S2亚基）和核衣蛋白（Nucleocapsid,N蛋白）在心脏组织中的分布。在所有8例标本的心脏组织中发现，在心外膜脂肪细胞、心外膜浸润细胞、心血管内皮细胞以及心肌细胞中可见S1、S2和N蛋白的表达，在血管周围脂肪细胞中可见S2亚基和N蛋白的表达。但是，在心外膜、血管外膜等组织中广泛分布着S1亚基。本研究发现COVID-19急性感染期心血管组织细胞中存在S1、S2、N等蛋白的表达，在心外膜和血管外膜中存在S1蛋白的表达，这种外膜中广泛分布的S1导致心血管系统损伤的致病机制尚不清楚，值得进一步研究。
干扰素调控COVID-19发生及发展的研究进展
张遥;马宏炜;何进伟;张芳琳;自2019年12月至今，严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)感染所致的新型冠状病毒肺炎（Coronavirus disease 2019, COVID-19）疫情蔓延全球，对人类健康和社会经济产生了严重影响。病毒感染后机体可启动以干扰素（Interferon,IFN）为核心的固有免疫应答，而IFN作为一种重要的固有免疫分子，具有抗病毒和调节免疫反应的双重作用。近期研究表明，SARS-CoV-2可通过多种机制逃逸IFN反应，且在IFN应答缺陷或机体产生IFN自身抗体的条件下，COVID-19患者重症率增加、预后差，提示IFN对COVID-19病情转归具有重要调控作用。本综述将重点讨论IFN在SARS-CoV-2感染中的作用及其对疾病预后的影响，为COVID-19的防控和治疗提供理论支持。
靶向SARS-CoV-2核衣壳蛋白抗病毒药物的研究进展
韩谢瑜;倪诗晨;蒋凯怡;邬春秀;金志刚;新型冠状病毒（Severe acute respiratory syndromes coronavirus 2, SARS-CoV-2）引发的新型冠状病毒肺炎（Coronavirus disease 19, COVID-19）疫情对全球公众健康造成了巨大危害，能有效防治COVID-19的抗病毒药物仍在探索中。核衣壳（Nucleocapsid, N）蛋白是SARS-CoV-2的关键结构蛋白，通过与病毒基因组RNA和其他结构蛋白结合后组装成病毒颗粒，保护病毒基因组进而促进病毒复制和传播。此外，N蛋白还作为调节蛋白在维持病毒生命周期以及干扰宿主天然免疫反应和应激颗粒组装等方面发挥重要作用。因此，靶向N蛋白的抗病毒策略近年来受到了SARS-CoV-2抗病毒药物研究的广泛关注，如靶向N蛋白的RNA结合域、翻译后修饰以及液相分离等。此外，N蛋白在不同SARS-CoV-2变异株中突变率低，其结构和功能在多种感染人的冠状病毒中也相对保守。因此，靶向SARS-CoV-2 N蛋白的抗病毒药物可能对多种人冠状病毒及其变异株均能发挥作用。本文主要就近年来靶向SARS-CoV-2 N蛋白抗病毒药物的研究进展作一概述与探讨。
2019-2023年青海省手足口病病原谱及CVA16和EV-A71基因特征分析
李倩兰;赵生仓;韩志萍;李崇亥;王晓彤;周蕾;于力;恒;张华一;严冬梅;范丽霞;为了解2019-2023年青海省手足口病（Hand,foot and mouth disease,HFMD）的病原构成以及柯萨奇病毒A组16型（Coxsackievirus A16,CVA16）和肠道病毒A组71型（Enterovirus A71,EV-A71）的基因特征，本研究对青海省2019-2023年实验室确诊的2028名HFMD病例的核酸检测结果进行统计分析，利用RT-PCR方法对CVA16和EVA71病毒毒株扩增VP1编码区并进行基因序列测定，使用MEGA、BioEdit等软件对CVA16和EV-A71进行分型与进化关系分析。结果发现，2021年开始，青海省HFMD病原构成的优势血清型别由CVA16和EV-A71转变成其他肠道病毒，在每年检出的病原体中占比均超过50.0%。对2019-2023年全省上送的CVA16及EV-A71阳性标本进行病毒分离，共收获122株CVA16毒株和36株EV-A71毒株。122株CVA16毒株均属于B1基因亚型，其中B1b亚型100株，B1a亚型22株。B1b亚型毒株VP1区的核苷酸同源性为92.8%～100%，氨基酸同源性为97.9%～100%,B1a亚型毒株VP1区的核苷酸同源性为95.9%～100%，氨基酸同源性为97.9%～100%。36株EV-A71分离株均属于C4基因亚型的C4a进化分支，VP1区核苷酸序列同源性为95.8%～100%，氨基酸序列同源性为97.6%～100%。氨基酸置换熵值分析发现，2019-2023年青海省CVA16分离株的VP1编码区无易突变氨基酸位点；EV-A71分离株的VP1编码区存在3个高度可变的氨基酸位点为VP1-164、VP1-241和VP1-262。VP1-164位点在2021年出现N突变，并在2023年取代D成为此位点优势氨基酸；VP1-241位点上，2020年开始出现T突变，并在2021年取代S成为优势突变（94.12%）,2023年此位点又完全替换为S;VP1-262位点上，2020年开始I取代V成为此位点优势氨基酸（94.12%）,2023年此位点又完全替换为V。本研究揭示了2019-2023年青海省HFMD病原谱的变化情况，探究了CVA16和EV-A71的分子遗传进化特征，为青海地区制定HFMD的预防控制策略提供了理论依据。