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2023年宁夏地区HIV-1耐药与分子传播网络特征分析
刘义昌;裴建新;马小发;司冰倩;马春花;李钰峰;朱晓虹;杨东智;吴忠兰;分析2023年宁夏地区HIV/AIDS患者的基因型耐药情况、分子传播网络特征。选取2023年宁夏地区病毒载量>200copies/mL的HIV/AIDS患者的血浆样品进行扩增、测序和基因型耐药监测，判断基因亚型和耐药特征；使用MEGA11软件以TN93模型计算所有序列两两之间的基因距离，以0.013作为基因阈值在Cytoscape 3.9.1中构建分子传播网络。262例样本中亚型以CRF07＿BC和CRF01＿AE为主；88例发生耐药，总体耐药率为3.01%(88/2919)，以NRTIs-NNRTIs双重耐药（13.74%,36/262）和NNRTIs单纯耐药（13.36%,35/262）为主；107条序列（40.84%,107/262）进入分子传播网络形成18个传播簇，以男性（82.24%,88/107）、26-49岁（58.88%,63/107）、居住于银川市（55.14%,59/107）、异性传播（69.16%,74/107）为主，7种亚型进入网络，CRF01＿AE亚型数量最多（59.81%,64/107）。2023年宁夏地区HIV/AIDS患者基因亚型进一步多样化，耐药位点突变类型丰富，以NRTIs和NNRTIs耐药为主，可能已经发生跨地市耐药传播，HIV-1总体流行趋势具有一定聚集性，建议应加强地市间联合干预，结合流行病学资料与分子传播网络技术，识别快速扩张和耐药传播簇，减少HIV-1传播。
猴痘Ⅰ型毒株疫情流行新态势及其公共卫生风险应对策略与建议
景伟;何小兵;房永祥;陈国华;高真贞;张亚岭;苏洋;郭慧琛;景志忠;猴痘（Monkeypox,Mpox）是由猴痘病毒（Mpox virus,MPXV）感染引起的一种以发热、皮疹和淋巴结肿大为特征的病毒性人兽共患病，现被WHO第二次认定为构成“全球关注的突发公共卫生事件”。2022-Mpox疫情主要由MPXV进化支Ⅱ毒株B1谱系，通过男-男性行为接触方式主要在欧美等地区的人际间流行，但已于2023年5月解除了危机状态。然而，由MPXV进化支Ⅰb毒株谱系自2023年9月前后在刚果民主共和国等非洲地区多个国家大规模暴发流行，并在非洲地区之外的瑞典、泰国等国家首次发现相应的输入病例。由于MPXV进化支Ⅰ型毒株毒力比Ⅱ型更强，致死率更高，传播方式更多，人们担心该疫情可跨国、跨洲际传播，可对全球造成巨大危害和威胁。本文重点通过猴痘Ⅰ型毒株疫情在刚果民主共和国的暴发流行态势、临床特征以及流行毒株遗传演化适应人际间传播关键点的介绍，以期为我国新一波猴痘防控和公共卫生风险提出预警和应对依据。
马立克病病毒特超强变异株meq基因缺失株构建及作为疫苗候选株的鉴定
张卓;樊剑鸣;滕蔓;张多;刘金玲;郑鹿平;赵东;各思雨;韩放;罗琴;柴书军;罗俊;马立克病（Marek’s disease, MD）是一种严重危害家禽健康养殖的免疫抑制病与肿瘤病，由致病性的血清1型MDV(Marek’s disease virus serotype 1, MDV-1)毒株感染引起。近年来，即使在已接种疫苗的鸡群中，MD病例的发生及危害在全球范围内仍呈不断上升趋势。我们此前研究发现，经典的MD疫苗已不能很好保护当前流行的MDV特超强毒株、尤其是新出现的特超强MDV(Hypervirulent MDV, HV-MDV)变异株，这意味着新一代高效的MD疫苗亟待研发。本研究中，以近期最新分离鉴定的HV-MDV变异株SDCW01为亲本毒株，首先将其在鸡胚成纤维细胞（Chicken embryo fibroblast, CEF）上连续传代以降低对宿主潜在的免疫抑制性，然后利用基于CRISPR/Cas9系统的基因编辑技术敲除致瘤基因meq，构建meq基因编辑缺失的疫苗候选毒株。经过PCR扩增鉴定、病毒克隆纯化、DNA测序、间接免疫荧光试验（IFA）、实时荧光定量PCR(RT-qPCR)以及病毒体外增殖曲线测定等试验，证实获得一株meq基因完全缺失的MDV毒株，命名为SD01△meq。进一步传代培养及PCR鉴定结果显示，SD01△meq传代稳定性良好，meq基因的编辑缺失未发生回复突变，且不影响其它MDV基因的表达及体外复制能力。1日龄SPF鸡攻毒实验结果显示，与亲本毒株SDCW01相比，SD01△meq完全丧失了对宿主的免疫抑制和致病性，其诱导的MD发病率、致死率及肿瘤率均为0%。上述数据表明，本研究成功构建获得了一株meq基因编辑缺失疫苗候选毒株SD01△meq，为后续新型高效MD疫苗的研发奠定了重要基础。
新型冠状病毒主蛋白酶M49L及T93I突变体多维生化性质表征
杨润泽;王莉;陈聪聪;潘朋朋;孙佳聪;陈成;2019年出现的新型冠状病毒（SARS-CoV-2）对人类的健康造成了持续性的威胁。在新冠病毒编码的众多蛋白中，主蛋白酶（Main protease,M~(pro)）由于其酶切功能的重要性、高度的保守性以及在人体内无同源蛋白的优势，成为了当前抗新冠药物开发的核心靶点之一。然而，随着病毒持续进化，Mpro出现了众多突变，这些突变在各结构域上分布广泛，影响Mpro各种性质，从而促进了SARS-CoV-2的持续进化。本研究选取了活性中心的M49L以及远离活性中心的T93I两个天然高频突变进行包括蛋白聚集状态、酶动力学以及热稳定性等生化性质的表征，发现M49L和T93I突变对聚集状态和热稳定性无明显影响，对Mpro催化效率分别提高了99%以及12%。本研究成功揭示两个突变对Mpro生化性质的影响，为后续抗新冠药物开发提供了指导。
中华蜜蜂幼虫响应中蜂囊状幼虫病毒感染的MicroRNAs分析
李一;肖宇婷;马跃宇;李明;费东亮;马鸣潇;为了研究中蜂囊状幼虫病毒（Chinese sacbrood virus,CSBV）感染中华蜜蜂幼虫后体内MicroRNAs(miRNA)表达谱变化，探讨差异miRNAs(DEmiRNAs)在中蜂幼虫响应CSBV应答中的功能。本研究分别对感染CSBV24h和48h中蜂幼虫进行Illumina高通量测序，通过生物信息学软件分析DEmiRNAs及其靶基因，并进行GO功能注释和KEGG通路富集分析。通过RT-qPCR对测序结果进行验证。结果显示：对CSBV感染前后中蜂幼虫测序共筛选出140个已知miRNAs和预测到5个新miRNAs。其中，L24I组（CSBV感染24h幼虫）和L24H组（健康幼虫）对比发现18个DEmiRNAs，其中有12个表达上调，有6个表达下调；L48I组（CSBV感染48h幼虫）和L48H组（健康幼虫）筛选到47个DEmiRNAs，其中有30个表达上调，有17个表达下调。GO分析表明，部分DEmiRNAs及相关靶基因参与免疫系统过程和刺激反应等功能；KEGG通路分析显示，除涉及物质和能量代谢通路外，主要的免疫通路包括MAPK、溶酶体、Hippo、凋亡信号通路等。选取对蜜蜂调控具有重要作用和将要研究的8个miRNAs进行RT-qPCR验证结果表明，结果表明其表达水平与测序结果高度一致，表明测序准确可靠。通过本研究，不仅有助于我们深入认识CSBV感染中蜂幼虫过程中宿主miRNA变化情况，也为探究中华蜜蜂和CSBV相互作用时miRNA发挥的功能提供帮助。
学校流感暴发疫情环境病毒感染特征分析
王传宝;季圣翔;李成伟;刘祥亮;蒋春云;刘秀芳;刘建成;段倩倩;李正杰;宋昊泽;徐启睿;吴芳芳;孙桂玲;尹德清;本研究对发生在学校内暴发疫情的教室环境物品表面和感染病例的流感病毒（Influenza virus,IV）进行核酸检测，探究可能造成教室环境污染的影响因素，评估学生常规活动接触物品的传播风险，并提供间接感染流感的病毒分离证据，为学校流感暴发疫情处置提供策略依据。本研究将60起中小学流感暴发疫情纳入实验，结果显示每起疫情IV阳性检出百分数（OR=0.697,95%CI:0.529～0.198）和每起疫情IV阳性检出病例Ct值均值（OR=1.082,95%CI:1.014～1.154）在α=0.05的水平上，是暴发疫情环境中IV检出的独立影响因素。共采集暴发疫情的场所环境16种物表拭子样本470份，共检出IV阳性76份，检出率为16.17%；检出率最高的物表为门把手表面（26.67%）；检出率最低的物表为墙壁、黑板和空调表面（0.00%）。16种物表核酸检测检出阳性13种，Ct值均值最低的物表为饮水机表面（30.06）;Ct值均值最高的物表为窗台表面（39.55）；墙壁、黑板和空调表面均未检出（Ct值均值>45）。对76份核酸阳性样本进行病毒分离，分离毒株2株，分离率2.63%。一株从拖把表面样本中分离；另一株为扫帚表面样中本分离。本研究结果显示，学校流感暴发疫情环境中的病毒检出与流感样病例（Influenza-like illness,ILI）的IV阳性检出率正相关，与阳性病例样本的Ct值大小负相关，两者是影响学校暴发疫情环境中病毒检出情况的独立因素；流感暴发教室环境内的物品按照接触频率的大小存在者病毒污染情况的差异；环境来源样本病毒分离率低，在做好环境消毒的基础上，通过物表的间接接触造成感染的可能性较小，常规消毒可对校内流感暴发疫情的传播起到减缓作用。
绵羊肺腺瘤病毒致病机制研究进展
段续接;张培;刘淑英;绵羊肺腺瘤病毒（Jaagsiekte sheep retrovirus,JSRV）是绵羊肺腺瘤（ovine pulmonary adenomatosis,OPA）的病原，属于反转录病毒科，正反转录病毒亚科，β反转录病毒属，作为致癌性反转录病毒可引起绵羊发生不可逆的慢性传染性肺肿瘤疾病。JSRV的癌基因env所编码的囊膜蛋白（envelope,Env）诱导多种类型的细胞发生恶性转化及体内肿瘤生成。OPA常被视为人鳞屑样生长型肺腺癌（lepidic predominant adenocarcinoma,LPA）研究的理想模型。本文针对JSRV相关致病机制的最新热点研究展开综述。
北京市通州区一起聚集性发热疫情的病原学鉴定及柯萨奇病毒A4型基因特征分析
邹林;甄博珺;张萍;张冲;佟玲;张建明;郗璐;王建国;王芳;高翔;李仁清;本研究旨在对2023年7月北京市通州区发生的一起聚集性发热疫情进行病原学和基因特征研究，为相关疫情防控提供参考。本研究采用实时荧光RT-PCR对患者咽拭子标本进行肠道病毒核酸检测，并对7例肠道病毒核酸阳性分离株VP1基因进行测序和Blast型别鉴定，随后与筛选自不同国家和地区的CVA4的VP1序列的代表株进行系统发育树构建、核苷酸序列相似性及氨基酸变异位点等分析。结果显示通州区7例肠道病毒核酸阳性标本均为柯萨奇病毒A组4型（Coxsackievirus A4,CVA4）。通过对从NCBI公共数据库筛选的来自全球的324条CVA4的全长VP1序列构建系统发育树，发现CVA4可分为A～F 6个基因型，F基因型分为F1和F2亚型。相似性分析表明，7株分离株与CVA4 F2亚型核苷酸相似性最高，中位数为0.936(0.927～0.945)，与F2亚型氨基酸相似性中位数为0.993(0.990～0.996)。因此北京市通州区此次聚集性发热疫情是由CVA4引起，属于F基因型F2亚型，提示未来工作应加强对CVA4的监测。
细胞来源培养的流感疫苗研究进展
李双丽;吴雅楠;吴雯西;赵宸;李卫东;廖国阳;流感是由流感病毒引起的急性呼吸道传染病，接种相应的流感疫苗是预防和控制流感传播及流感导致的严重并发症的最经济有效的手段，由于基于鸡胚培养的流感疫苗在面临大流行威胁时可能存在鸡胚无法及时供应、难以快速大规模的生产疫苗等不足，细胞来源培养的流感疫苗的开发与生产越来越受到重视。本文主要从目前开发的用于生产流感疫苗的几种生产细胞（MDCK、Vero、PER.C6和昆虫细胞）的临床前和临床研究进展、优缺点以及不同细胞培养的流感病毒的工艺及细胞基质流感疫苗的质量控制等方面进行综述。
呼吸道合胞病毒感染的免疫致病机制研究进展
张心悦;吴芳;聂晶;张瑶;虞念成;唐兰芳;呼吸道合胞病毒（Respiratory syncytial virus, RSV）感染被认为是支气管哮喘（又称哮喘）（Bronchial asthma,BA）的一个重要病因。当RSV感染机体后，固有免疫、适应性免疫、肺气道上皮活化释放炎症介质、神经通路功能障碍等都可能发展为慢性病，影响气道发育，导致气管高反应性，诱发BA。本文简要介绍RSV的结构、RSV对固有免疫、适应性免疫、免疫系统、肺气道上皮活化及神经元等途径诱发BA的免疫致病机制，为防治RSV感染诱发BA提供参考。