病毒学报

基于“六全一关联”框架的病毒变异全景图构建与应用

北京地区一株埃可病毒5型全基因组序列特征分析

湖北省手足口病重症病例发生风险与年龄的定量分析

移动流行区间法在新疆手足口病流行强度阈值研究中的应用

牛结节性皮肤病病毒间接ELISA抗体检测方法的建立

2020-2024年贵州省J亚群禽白血病病毒分离鉴定和囊膜基因遗传进化分析

为全面了解贵州省J亚群禽白血病病毒（Subgroup J avian leukosis virus, ALV-J）囊膜（Envelope, env）基因的遗传进化特征和关键位点，本研究对该省2020-2024年收集的18份阳性血浆样本进行了病毒分离鉴定、env基因遗传进化分析、关键位点分析及AlphaFold2结构预测分析。结果显示，成功获得18株ALV-J，其中17株属于Clade1.3,1株属于Clade1.2；与原型株HPRS103的gp85相比，16株分离株的第61位氨基酸残基存在缺失，其中10株还存在第117位氨基酸残基缺失；5株分离株第123位氨基酸残基由N突变为I；结构预测发现第61、117位同时缺失导致aa38-131区域缺失一个β折叠和N123I突变导致aa38-131区域形成一个α螺旋。研究表明，Clade1.3分离株为贵州省优势型流行毒株，在各地区迅速传播和蔓延，其分离株在地方品种鸡适应后在更多的品种中流行；分离株在第61、117位点同时缺失以及第123位点突变的关键位点变异可能增强病毒复制能力。本研究从env基因层面首次系统揭示了贵州省ALV-J的遗传进化动态，为该地区家禽种业禽白血病的精准防控提供了科学依据。

呼吸道合胞病毒病毒样颗粒疫苗的研究进展

病毒样颗粒（Virus-like particles,VLP）是由一种或多种结构蛋白组成的与病毒结构相似的颗粒，具有良好的免疫原性，可以刺激机体产生高效的免疫应答。同时，由于VLP缺乏复制能力且安全性良好，其在疫苗研究中的发展广受关注。呼吸道合胞病毒（Respiratory syncytial virus,RSV）是一种引起婴幼儿、老年人和免疫缺陷人群急性呼吸道感染的主要病原体之一，在全世界范围内造成了巨大的疾病负担。疫苗是预防传染病最有效的手段之一。已上市的三款RSV疫苗在免疫保护效果与适用人群覆盖上仍有提升空间，亟需优化完善。本文对RSV已上市疫苗、单克隆抗体及RSV病毒样颗粒疫苗研究进展进行介绍和总结，为我国开发VLP形式的RSV疫苗研究提供参考和借鉴。

荆门蜱虫病毒S3片段非编码区对转录调控和蛋白翻译的影响

荆门蜱虫病毒（Jingmentickvirus,JMTV）作为一种新发现的分节段正链RNA病毒，其非编码区（Untranslated regions, UTR）在病毒复制周期中可能发挥关键调控作用。为阐明JMTV S3片段5'UTR和3'UTR的分子调控机制，本研究以JMTV-ZYJ4毒株为研究对象，通过构建含有S3片段5'UTR或3'UTR的绿色荧光蛋白（EGFP）及荧光素酶（Luc）报告基因重组表达质粒，系统分析了UTR元件对病毒基因转录和翻译的调控特性。结果表明，在转录调控方面：JMTV S3片段的3'UTR显著增强报告基因mRNA的转录水平（较对照组提高1.6倍），而5'UTR则表现出轻微抑制作用（降至对照的0.74倍）；在翻译调控方面：5'UTR显著促进蛋白翻译效率（荧光素酶活性提升至对照的2.3倍，EGFP表达增强），而3'UTR则呈现轻微抑制作用（荧光素酶活性降至0.54倍，EGFP表达减弱）。双荧光素酶报告系统定量分析结果表明，上述转录和翻译调控结果均具有统计学显著性差异（P<0.05）。本研究首次揭示JMTV S3片段UTR存在双向调控功能：3'UTR通过促进转录，可能影响病毒mRNA的时序性表达，进而参与潜伏感染建立或免疫逃逸等生物学过程；5'UTR通过高效招募翻译起始复合体，为病毒早期感染提供蛋白合成支持。这些发现不仅为解析JMTV的致病机制提供了新视角，也为开发靶向UTR的抗病毒干预策略奠定了理论基础。

猫杯状病毒非结构蛋白NS2与宿主细胞互作蛋白的筛选与鉴定

本研究旨在筛选并鉴定猫杯状病毒（Feline calicivirus, FCV）NS2蛋白与宿主细胞蛋白的相互作用，探讨NS2在病毒复制和宿主免疫逃逸中的潜在功能。采用FCV的NS2真核表达质粒转染CRFK细胞，同时设立空载体对照组，每组各三个样本于转染后24h收样进行LC-MS/MS质谱分析，筛选与NS2相互作用的差异蛋白。通过生物信息学分析筛选出与NS2可能存在高度相互作用的宿主蛋白，采用免疫共沉淀（Co-IP）逐一验证宿主蛋白与NS2蛋白之间的相互作用。质谱分析筛选出617个可能与NS2存在特异互作的蛋白。通过GO和KEGG分析，发现差异蛋白主要参与细胞周期调控、DNA代谢、核糖体生物发生等生物学过程。结合FCV在胞内的生活史初步判定HEXIM1、SEC62、FKBP11、RPS15A和DDX20这五个蛋白与NS2蛋白最有可能发生相互作用。最后通过Co-IP实验确认HEXIM1、FKBP11均与NS2之间存在相互作用。本研究通过质谱和免疫共沉淀技术筛选并验证了与NS2发生互作的宿主蛋白，为深入解析其在FCV增殖中的作用提供了新研究方向。

熔解曲线技术在呼吸道病原体快速检测的研究进展

急性呼吸道感染是全球范围内传染性疾病发病和死亡的主要原因之一，其主要病原体包括病毒、细菌、真菌、衣原体和支原体等。由于不同病原体导致的呼吸道感染常呈现相似的临床症状，仅依靠临床表现难以实现准确鉴别诊断。因此，建立快速、准确的呼吸道病原体检测技术对于临床及时治疗、疫情防控及传播阻断至关重要。目前，实时荧光PCR因其具备快速、准确、单管封闭的优势成为应用较为广泛的检测方法。但是，该方法的单管检测通量受限于PCR仪荧光通道数目，一管通常只能同步检测4-6种病原体。随着多色探针熔解曲线分析技术的出现，这一技术克服了荧光通道的限制，在保留荧光PCR技术优势的同时，通过多荧光通道和熔解温度（Melting temperature,Tm）值的差异分析，即可实现单管检测覆盖整个症候群的病原谱。因此本文系统综述熔解曲线技术在呼吸道病原体检测中的研究进展。

含P_RP_L启动子的原核高效表达载体的组建及其应用

我们组建了一个含P_RP_L自动子的原核高效表达载体,它同时含有cI调控基因、多酶切点和两个强的转录终止序列。带起始密码子ATG的外源基因可以插入启动子下游的多酶切点,表达非融合蛋白,产品可供临床使用。我们实验室已用它成功地表达了人γ干扰素、人白细胞介素-2和人肿瘤坏死因子等,表达量均占菌体总蛋白的20％以上。

鸡的J亚群白血病病毒的分离及部分序列比较

通过接种鸡胚成纤维细胞、聚合酶链式反应 (PCR)技术及特异性单抗的间接荧光抗体反应 (IFA) ,从某大型肉用型种鸡场的疑似J亚群白血病的病鸡中 ,以及 2 5个临床健康的商品代肉鸡群的 2群中 ,分离鉴定出J亚群禽白血病病毒 (ALV J)。在用抗ALV Jgp85单克隆抗体JE9的IFA中 ,来自病鸡群的两株病毒SD990 1和SD990 2呈强阳性反应 ,来自临床健康肉鸡群的YZ990 1和YZ990 2株呈弱阳性反应。对YZ990 1株和SD990 2株的PCR产物直接测序结果表明 ,这二个中国株的囊膜蛋白 gp85的氨基酸组成与原型株HPRS 10 3及美国分离株ADOL Hcl有 89%～ 93%的同源性 ,它们相互间的同源性是 92 %。其 3′端LTR区与原型株HPRS 10 3则有 95 %～ 97%的同源性 ,但中国的两株病毒在紧靠 3′端LTR的“E”成分中 ,出现了一个 139个碱基的缺失性突变 ,而代之以一个 11个碱基的插入序列。

在我国腹泻患儿中发现诺瓦克样病霉感染

诺瓦克病毒是引起无菌性急性胃肠炎爆发的重要病原。１９９０年１０月至１９９１年１月从河南省急性腹泻门诊患儿便样中发现了诺瓦克样病毒。经电镜观察，病毒直径约为２８ｎｍ，病毒壳似由有结构的亚单位组成，进一步用诺瓦克病毒特异的寡核苷酸引物做逆转录一聚合酶链式反应（ＲＴ－ＰＣＲ），检定为阳性。由ＰＣＲ产物测得的核苷酸序列与诺瓦克病毒原型株相应序列比较，同源性为７２％。以上结果证实，在我国腹泻病人中有诺瓦克样病毒感染。这对我国病毒性胃肠炎流行的防治研究具有重要意义。

肠道病毒71型的RT-PCR诊断及基因特征

2002～2003年从上海市和重庆市手足口病患儿的疱液标本中分离到10株病毒,其中上海9株,重庆1株。利用两对分别针对EV71和Cox.A16病毒VP1区的特异性引物,用RT PCR方法对病毒进行初步鉴别。根据PCR所用引物及PCR扩增出的产物片段大小不同,可初步判定出EV71和Cox.A16病毒的血清型别。RT PCR结果提示,上海分离到的9株病毒中,有2株为EV71,其余7株病毒为Cox.A16;重庆分离到的1株病毒为EV71。10株病毒的RT PCR产物经序列测定和分析证实,PCR定型结果正确,说明PCR法具有很高的特异性,可作为EV71初步鉴定的首选方法。对所分离的3株EV71病毒进行VP1区编码基因全序列的测定和遗传学分析,通过同源性比较和构建系统发生树发现,此3株EV71病毒和中国大陆已发表的7株EV71病毒(SHZH03、SHZH98、SH F1、SH F2、SH H25、SH H26和CHN 87)全部属于C基因型,与该型代表株比较,同源性为89 3%～94 6%;与A、B基因型代表株比较,同源性为81 3%～84 0%,差异较大。在C基因型中,此3株EV71病毒和中国大陆先前分离的6株病毒(SHZH03、SHZH98、SH F1、SH F2、SH H25、SH H26)的同源性较高,在94 5%～100%范围内。在系统发生树上,这9株病毒形成一个较独立的分支。与CHN 87株的同源性在92 1%～93 6%之间。与已知的C1、C2、C3亚型代表株比较,同源

我国地方品种鸡分离到的一个禽白血病病毒新亚群的鉴定

为探明我国地方品种鸡群禽白血病病毒(Avian leukosis virus,ALV)的特点,通过接种DF-1细胞及细胞培养上清液p27抗原的检测,从芦花鸡中分离得到三株外源性ALV禽白血病病毒,分别是JS11C1、JS11C2和JS11C3,并对其进行亚群鉴定分析。用PCR方法扩增env基因测序,并与已知鸡源各亚群ALV的囊膜蛋白(gp85)作氨基酸同源性比较。这三株ALV的env基因的gp85大小为1 005bp,编码335个氨基酸;env基因的gp37大小为609bp,编码203个氨基酸。三个毒株之间gp85的同源性为91.9%～97.0%。与A、B、C、D和E五个经典亚群在GenBank中已发表的18个毒株的gp85的同源性仅在77.7%～84.6%间,显著低于鸡群中常见的A、B、E各亚群内的同源性范围(分别为88.2%～98.5%,91.6%～98.8%和97.9%～99.4%),而与J亚群参考株的同源性更是只有34.2%～36.5%。上述结果表明,芦花鸡分离到的三株病毒可能是不同于鸡源ALV已知6个亚群的一个新亚群,按国际上对ALV亚群分类的习惯,初步将其定名为K亚群。

新冠病毒SARS-CoV-2的感染机制研究进展

由新型冠状病毒(SARS-CoV-2)引起的冠状病毒病2019(COVID-19)作为一种新发传染病,已经蔓延到全世界的多个国家和地区,被WHO判定为全球大流行病(Pandemic disease),引发了严重的公共卫生安全问题。自SARS-CoV-2出现以来,病毒溯源和中间宿主等问题得到了民众的广泛关注,虽然只有约2%的感染者有野生动物接触史,但科学家普遍认为SARS-CoV-2是一种来自野生动物的病毒。病毒的跨种属传播十分困难,而且往往会引起新宿主的高病死率,但SARS-CoV-2被发现以来,表现出对人类机体已经有了很好的适应性,具有传播能力强和病死率较低的特性,这与之前发现的引起新发、突发传染病的大多数病毒有所不同。因此,本文对SARS-CoV-2的病原学,功能受体和基因组进化等方面的研究进展进行综述,以期为SARS-CoV-2的溯源提供新的视角。

新型冠状病毒肺炎的疫情趋势预测

2019年12月以来,湖北省武汉市部分医院陆续发现了多例不明原因肺炎病例,现已证实为新型冠状病毒肺炎(Coronavirus disease 2019,COVID-19)。全国各地采取了前所未有的措施,大力开展疾病救治和防疫工作。本文收集中国国家卫生健康委员会公布的官方统计数据预测疫情走向。传统SEIR模型中仅考虑病例和处于潜伏期的感染者,病例具有传染性而潜伏者无传染性;事实上,新冠肺炎确诊患者在医院中隔离无法对外界易感人群造成感染,有研究表明处于潜伏期的感染者可能具有传染性。因此,本研究提出了改进的传染病传播模型—ISEIR,将患者分为未收治的发病患者(具有传染性)和已收治的确诊患者(不考虑传染性),并考虑处于潜伏期的感染者具有传染性;以历史数据动态拟合模型参数,来摆脱固定参数的局限性。在数据预处理中根据每日有效再生数的概率分布将2020年2月12至14日这三天的临床诊断数据进行预处理,摊入到前期数据中。疫情分成全国(湖北省外)和湖北省两大区域分别进行探讨,通过新模型ISEIR预测今后疫情的进一步发展,并计算每日的有效再生数变化。结果显示,湖北省的有效再生数从3.108逐渐降低,2020年4月19日所有患者将全部治愈出院,累计确诊患者为66 487人;全国(湖北省外)的初始有效再生数为1.929,小于湖北省,2020年3月26日所有患者全部治愈,累计确诊患者13 270人。从结果中可以发现,在严格的防控措施下疫情得到了有效抑制,验证了目前防控措施的有效性,但仍需要防止复工潮引起的疫情反弹。

新型冠状病毒（2019-nCoV）治疗药物体内外研究及药物研发进展

2019年12月以来,中国湖北省武汉市陆续发现了多例新型冠状病毒感染的肺炎患者,随着疫情的蔓延,中国其他地区及境外也相继发现了此类病例。2020年1月12日,世界卫生组织(WHO)将该新病毒暂定命名为2019新型冠状病毒(2019-nCoV)。2019-nCoV是继SARS冠状病毒(SARS-CoV)、MERS冠状病毒(MERS-CoV)之后发现的一种具有高传染性且可以引起重症呼吸道疾病的新型病毒,临床尚无特效治疗药物。本文结合临床治疗、体内外的研究对相关指南推荐的治疗药物及药物研发进展进行综述,旨在为2019-nCoV病毒感染的肺炎患者的临床治疗提供借鉴。

2019新型冠状病毒的研究进展

自2019年12月以来,新型冠状病毒SARS-CoV-2引发的肺炎疫情在中国武汉暴发,随后疫情迅速蔓延,扩散至中国其它各省市。新型冠状病毒属于β冠状病毒属,与SARS-CoV和MERS-CoV近缘但有较大区别,尤其是刺突蛋白(Spike,S),根据序列相似性推断可能来源于蝙蝠,使用与SARS-CoV相同的血管紧张素转化酶Ⅱ(Angiotensin-converting enzyme Ⅱ,ACE2)受体进入细胞,以飞沫和接触传播为主要传播途径,缺乏有效药物治疗和疫苗是疫情防控的挑战。

埃博拉病毒侵染细胞机制的研究进展

埃博拉病毒能在人类和非人灵长类中引起严重的埃博拉出血热,病死率可高达90%,并且目前还没有针对埃博拉病毒有效的疫苗或者是治疗手段。面对埃博拉病毒带来的挑战,针对埃博拉病毒的相关研究已经成为病毒学的热点问题。其中,关于埃博拉病毒侵染细胞机制的科学研究对于开发病毒疫苗以及新型治疗药物有非常关键的作用。因此,本综述拟就埃博拉病毒侵染细胞机制方面的研究进展进行总结。