2025年 04期
基于“六全一关联”框架的病毒变异全景图构建与应用
王佶;陈操;病毒变异不断改变病原体特性，对疫苗、抗病毒药物及防控策略构成严峻挑战。尽管高通量测序及GISAID、GenBank等国际数据库提供了丰富数据，但现有研究仍局限于局部或单一变异特征的分析，缺乏跨时空、多维度的系统解析。为此，本文基于“六全一关联”框架构建了病毒变异全景图，通过整合基因组、变异位点、时空分布、变化趋势、临床信息与数据来源，实现对新冠病毒、流感病毒、呼吸道合胞病毒等多种病毒变异全貌的精准刻画，为疫苗研发、流行趋势预测与精准防控提供科学依据。该平台利用机器学习和大数据分析技术，实现多维信息高效关联。展望未来，全景图将借助移动互联网及实时数据传输，实现数据即时更新、自动预警与动态策略调整，进一步推动全球公共卫生防控与健康安全事业的发展。
北京地区一株埃可病毒5型全基因组序列特征分析
韩振志;贾立平;朱汝南;蔺晨博;傅涵浩钰;张可祥;江明礼;徐炎鹏;黄辉;邓莉;赵林清;了解北京市分离的埃可病毒5型（Echovirus 5, E5）全长基因组和进化特征，为揭示其分子特征提供本底资料。收集2010年3月至2019年10月至首都儿科研究所附属儿童医院就诊临床诊断为手足口病的患儿咽拭子样本，通过荧光定量PCR方法进行肠道病毒通用（pan-EV）及肠道病毒A组71型（Enterovirus A71, EV-A71）、柯萨奇病毒A组16型（Coxsackievirus A16, CVA16）、CVA6和CVA10检测；对pan-EV核酸阳性但EV-A71、CVA16、CVA6和CVA10筛查均阴性的样本，扩增VP1编码区序列进行分型；对确定为E5阳性的样本接种人横纹肌肉瘤细胞（Rhabdomyosarcoma, RD）进行病毒分离并测序病毒全长基因组序列；应用生物信息学方法进行分子分型和进化分析。本研究共计筛查7652份咽拭子标本，EV-A71、CVA16、CVA6和CVA10阳性检出率分别为4.67%、6.73%、16.96%和2.04%，其他血清型和未定型的EV为7.48%，其中E5核酸阳性样本2份，成功分离1株（s7335株）。该株全基因组序列与E5原型株（Noyce株）相比核苷酸相似性为80.20%。VP1编码区系统进化分析提示世界范围内E5存在A-E 5个基因型，其相互间的遗传距离为17.80%～24.60%，其中C基因型划分为C1和C2两个基因亚型。s7335株属于基因型E，与中国流行的E5同属于一个独立的进化分支。CVA9(GenBank号：OL519579)是其P3编码区潜在的重组供体。本研究报道了来自于北京市的一株E5分离株，其全基因组序列与原型株比较有较大变异，有可能存在重组；VP1编码区核苷酸序列持续变异和进化，在中国存在独立的传播链。这提示加强少见EV血清型监测具有重要的前瞻性价值。
[下载次数： 73 ] [被引频次： 0 ] [阅读次数： 107 ] HTML PDF 引用本文
湖北省手足口病重症病例发生风险与年龄的定量分析
刘天;黄淑琼;阮德欣;向泉;秦周;谢聪;赵婧;年龄的连续性变化对手足口病重症病例发生风险尚不清楚。本研究选取2009-2018年湖北省10岁及以下共104 384例手足口病病例进行探讨。以是否为重症病例为因变量，控制性别、地区、病原学类型、发病至就诊时间、人群分类、发病年份及月份等协变量，将年龄作为主要自变量，采用限制性立方样条(restricted cubic spline,RCS)函数进行分析，并开展不同性别和病原学类型的亚组分析。结果显示，重症病例1 150例，重症率为1.10%。RCS模型提示年龄是重症发生的重要影响因素(χ2=1426.32,P<0.001)，且与重症发生风险之间存在非线性关系(χ2=3.43,P=0.064)。重症发生风险总体随年龄增长而下降(AAPC=-13.71%,95%CI：-13.79%～-13.64%)，分段对数线性回归拟合发现拐点年龄为2.66岁(95%CI:2.61～2.70岁)，其中2.66岁前后重症手足口病发生风险APC依次为-23.69%(95%CI：-24.02%～-23.35%)、-8.51%(95%CI：-8.59%～-8.42%)。亚组分析显示，男性(χ2=4.31,P=0.038)和EV-A71型(χ2=3.59,P=0.058)病例中，年龄对重症风险同样存在非线性效应，趋势与总体一致；而CVA16型(OR=0.93,95%CI:0.68～1.24)、其他肠道病毒(OR=0.95,95%CI:0.77～1.15)年龄对重症风险无显著影响。研究表明，年龄与手足口病重症风险之间存在总体下降的非线性剂量-反应关系，关键拐点为2.66岁，提示应重点关注低龄儿童，特别是2.66岁以下的EV-A71型感染患儿的病情进展。
移动流行区间法在新疆手足口病流行强度阈值研究中的应用
邱瑞莹;郜振国;董言;夏皮卡提江·艾海提;陈子涵;夏衣旦木·阿布都赛买提;尹哲;马媛媛;王琪;甫尔哈提·吾守尔;利用移动流行区间法（Moving epidemic method, MEM）构建新疆手足口病流行分级预警阈值，为手足口病防控政策的制定与实施提供科学依据。收集2014-2023年新疆手足口病的周发病率，通过绘制周发病率流行曲线确定新疆手足口病的流行高峰；剔除不稳定数据和年份后，选择2014-2019年及2022年6～36周的数据，运用MEM建立流行分级预警模型；选取最优模型评价2023年手足口病的流行情况。新疆手足口病呈现双峰分布特征，流行高峰为6～36周，流行小高峰为37～次年5周；小高峰的模型稳定性较差，因此不做进一步的建模；流行高峰建模过程中2020-2021年的拟合效果较差，予以剔除；最终确定模型的最优参数δ为2.3，合计灵敏度、特异度和约登指数分别为0.78、0.97和0.76，拟合效果较好；2023年新疆手足口病流行高峰的开始阈值为0.51/10万，流行结束阈值为0.76/10万，中、高和极高流行阈值分别为1.87/10万、3.99/10万和5.58/10万。MEM可以用于手足口病监测预警工作的分级预警响应，在应用过程中可以根据实际情况对预警时间进行适当调整。
牛结节性皮肤病病毒间接ELISA抗体检测方法的建立
李静;张蕾;董春娜;肖进;本研究基于实验室前期筛选鉴定出的牛结节性皮肤病毒L1R、A27L、A33R和P32上的4个优势抗原肽等量混合作为包被抗原建立了牛结节性皮肤病病毒间接ELISA抗体检测方法，并对其敏感性、特异性、重复性进行验证。结果显示，该方法灵敏度可检测到1∶640稀释的阳性血清；对健康牛血清和其他病毒阳性血清的检测结果为阴性，特异性100%；批内变异系数在2.3%～11.9%，批间变异系数在3.4%～12.6%。和进口试剂盒对免疫不同时间点的牛血清进行对比检测，结果显示本研究的ELISA方法灵敏度高于进口试剂盒。综上结果表明该检测方法具有敏感性高、特异性好、重复性好等优势，可用于牛结节性皮肤病抗体检测。
山羊痘病毒锚蛋白ORF141.2对NF-κB信号通路的调控作用研究
杨云凤;常慧慧;冯秋媛;田峥;邵晓龙;罗逸青;郭小腊;陈国华;景志忠;陈轶霞;痘病毒编码多种能够操控宿主先天免疫反应的蛋白。研究表明，鼠痘病毒编码的锚蛋白通过与Skp1互作抑制NF-κB通路。山羊痘病毒编码的锚蛋白ORF141.2与鼠痘病毒编码的锚蛋白存在类似的结构，其对NF-κB信号通路的调控作用还未见报道。为了明确ORF141.2对NF-κB信号通路的调控作用，本研究采用双荧光素酶报告系统检测了ORF141.2对NF-κB转录活性的影响；通过Western bloting技术和间接免疫荧光试验检测了ORF141.2对NF-κB通路关键因子的影响及ORF141.2与Skp1的共定位情况；最后采用Co-IP技术验证了ORF141.2与Skp1是否互作。结果表明，锚蛋白ORF141.2可以抑制NF-κB的转录活性；锚蛋白ORF141.2不影响IKKα和IκBα的磷酸化，但阻止p-IκBα的降解和p65的入核；锚蛋白ORF141.2与Skp1共定位于细胞质中，存在互作关系。锚蛋白ORF141.2通过与Skp1互作调控p-IκBα的降解和p65的入核，从而调控NF-κB信号通路。
LSDV-ORF143基因缺失重组病毒毒株的构建及其生物学特性分析
李家琪;柯群华;黄伟涛;任善会;姚凯慎;李苗苗;马小琴;孙跃峰;殷相平;牛结节性皮肤病病毒（Lumpy skin disease virus, LSDV）引起的牛结节性皮肤病（Lumpy skin disease, LSD）是一种牛全身性感染疫病，对养牛产业的健康发展造成了严重威胁。本研究旨在通过构建缺失ORF143基因重组LSDV毒株，并进行其生物学特性分析，为LSDV致弱毒株的筛选及弱毒疫苗研发提供候选毒株。首先，利用同源重组技术，构建pUC19T-LSDV-ΔORF143-EGFP转移载体，再将此转移载体转染至Vero细胞并感染LSDV，利用有限稀释与单细胞亚克隆方法筛选出纯合的以增强型绿色荧光蛋白（EGFP）为标识物的ORF143基因缺失重组LSDV(rLSDV-ΔORF143-EGFP)。对该重组病毒的生长曲线、滴度和遗传稳定性等进行分析。PCR扩增与重组病毒测序结果表明该rLSDV-ΔORF143-EGFP毒株已纯化成功，且至少20代内可稳定遗传；生长曲线结果表明该重组毒株增殖能力低于野生型LSDV毒株（LSDV-WT）。本研究成功构建并纯化出重组病毒rLSDV-ΔORF143-EGFP，为LSDV弱毒疫苗研究提供候选毒株，为LSD新型疫苗研究提供理论基础。
一株猪源N4样肺炎克雷伯菌噬菌体的分离鉴定及全基因组分析
杨心怡;李淑雅;朱伟云;林焱;肺炎克雷伯菌在动物生产中易引起多种疾病，而多重耐药性问题使得寻找替代抗生素的产品变得尤为迫切。噬菌体作为潜在的替抗产品受到关注，关于动物源肺炎克雷伯菌噬菌体鲜有报道。N4样噬菌体因其基因组特性被称为“基因组孤儿”，目前已报道的N4样肺炎克雷伯菌噬菌体仅10株。本研究成功从仔猪粪样中分离出可靶向裂解肺炎克雷伯菌的烈性噬菌体vB＿KpnP＿P184（简称为P184），其最佳感染复数（MOI）为0.01，潜伏期约为25 min，暴发时间约为115 min，裂解量约为每细胞27 700 PFU；在温度30℃～60℃、pH 5～10时效价稳定。基因组分析显示，P184基因组长度为76 617 bp,G+C含量为44.33%，属于Efbeekayvirus属，未发现毒力因子和耐药基因。BLASTn结果显示，噬菌体P184与现有N4样噬菌体基因组相似度较低，但功能蛋白与N4样噬菌体较一致。值得注意的是，噬菌体P184编码SGNH酯类水解酶，这在Efbeekayvirus属噬菌体中属于首次发现。综上，本研究从仔猪粪样中分离到一株可裂解肺炎克雷伯菌的N4样烈性噬菌体，安全性好，耐受性强，潜伏期短，裂解量大，可编码解聚酶，在防治肺炎克雷伯菌感染方面可能具有良好的临床应用潜力。
致病性芽孢杆菌噬菌体的分离鉴定及其应用现状
秦欣雨;于彬彬;王鹏;钟佑宏;噬菌体能够裂解特定的细菌，在农业、畜牧业和医学中的病原体诊断和治疗中发挥作用。炭疽芽孢杆菌和蜡样芽孢杆菌是引发炭疽和食物中毒的病原菌，可对人体产生危害。本文就炭疽芽孢杆菌噬菌体和蜡样芽孢杆菌噬菌体的分离鉴定及其应用现状等方面进行简要综述，以期扩展人们对致病性芽孢杆菌噬菌体的了解。
噬菌体疗法及其对免疫系统影响的研究进展
卢瑞辞;王瑞琳;刘心伟;有小娟;王春霞;朱芮;李永伟;噬菌体疗法作为耐药细菌感染的新型治疗策略备受瞩目，当前研究重点多集中于噬菌体疗法的临床疗效观察，对治疗过程中产生的某些免疫问题缺乏深入探讨。噬菌体作为外源物质，其某些成分会激活哺乳动物的固有免疫，亦会激活适应性免疫诱导机体产生中和抗体而影响治疗效果，给噬菌体疗法的推广带来挑战。本综述就噬菌体疗法的类型及其引起的不同免疫反应进行探讨，进一步阐明治疗过程中噬菌体与免疫系统相互作用、免疫系统对噬菌体治疗效果的影响及应对策略，以期为噬菌体疗法的临床应用提供参考。