网络首发
2025年北京市人副流感病毒4型全基因组分析
高斌;张维嘉;吴丹;徐晖;刘医萌;石伟先;卢桂兰;崔淑娟;张代涛;赵佳琛;目的 分析2025年北京市人副流感病毒4型（Human parainfluenza virus type 4,HPIV4）的基因特征。方法 采集2025年北京市流感样病例（Influenza-like illness, ILI）咽拭子标本21002份、严重急性呼吸道感染病例（Severe acute respiratory infection,SARI）咽拭子或下呼吸道标本7570份，进行HPIV4病原体筛查。对检测为HPIV4阳性且Ct值<30的样本进行全基因组测序。采用多重PCR方法扩增HPIV4的全基因组序列，采用BioEdit软件对病毒血凝素-神经氨酸酶（Hemagglutinin-neuraminidase protein,HN）和融合蛋白（Fusion protein,F）基因的核苷酸及氨基酸变异分析，并构建全基因组、HN和F基因的系统发育树，采用NetNGlyc 1.0 Server在线工具预测HPIV4的HN和F蛋白的糖基化位点，并采用SimPlot 3.5.1软件进行重组分析。结果 HPIV4总阳性率为0.31%(81/25872),ILI与SARI病例阳性率分别为0.30%(63/21002)和0.24%(18/7570)。病毒流行高峰主要集中在夏、秋季。测序获得19条HPIV4全基因组序列，其中优势血清亚型为HPIV4b亚型C分支，占比78.95%(15/19),HPIV4a主要为C3分支，占比21.05%(4/19)。19条完整基因组序列（平均测序深度>1100x）长度约为17,300 bp左右，Q30均>85%,GC含量在35.9%～36.3%。HPIV4b的HN、F基因核苷酸同源性分别为98.28%～100.00%、97.81%～100.00%,HPIV4a的HN、F基因核苷酸同源性分别为89.26%～99.93%、99.51%～99.82%。变异分析显示，HPIV4b与HPIV4a在F蛋白发现型别特异性氨基酸变异位点。HN与F基因均受到纯化选择作用。HN蛋白存在5个潜在N-糖基化位点，F蛋白存在3个潜在N-糖基化位点；HN与F基因均未检测到重组事件。结论 2025年北京市HPIV4流行特征呈型别特异性时间分布，HPIV4b为本地优势流行血清亚型；HPIV4基因组存在型别特异性氨基酸变异位点，整体进化以纯化选择为主，未检测到基因重组现象，糖基化位点存在保守性及型别特异性差异。本研究结果为北京市HPIV4的长期监测与防控策略制定提供了重要的基因组数据支撑。
猪急性腹泻综合征冠状病毒亚基因组RNA SYBR Green实时荧光定量PCR检测方法的建立及评价
陈凝雪;黄超;张柳露;李程;邱帅;孙媛;目的 为建立猪急性腹泻综合征冠状病毒(Swine acute diarrhea syndrome coronavirus,SADS-CoV)亚基因组RNA(sgRNAs)SYBR Green实时荧光定量RT-PCR检测方法。方法 根据SADS-CoV的5'-leader、N和S基因序列设计特异性扩增引物，进行SYBR Green实时荧光定量PCR检测，并对该方法的敏感性、特异性及与分别检测gRNA-N/S基因的相关性进行了评价。结果 该方法检测限可达到101 copies/μL，且与其他猪冠状病毒均无交叉反应，具有良好的敏感性和特异性；与分别检测gRNA-N/S基因的荧光定量结果对比，整体定量结果反映的sgRNAs随SADS-CoV感染时间延长的动态变化趋势一致，且特异性强，可通过检测亚基因组RNA(sgRNAs)来快速判断病毒活性。结论 本文建立的关于SADS-CoV亚基因组RNA(sgRNAs)SYBR Green实时荧光定量PCR法可区分和定量SADS-CoV在复制过程中产生的不同sgRNAs，为后续病毒的复制转录调控机理和相关抗病毒机制的研究提供了有效检测手段。
一种巨病毒单链DNA结合蛋白Crov372的功能鉴定
郭宴菲;孙宾莲;付艳;目的 探究巨病毒中是否存在单链DNA结合蛋白，并通过实验验证其功能。方法 利用原核表达系统表达并纯化Crov372蛋白，纯化的蛋白质采用Western blot验证并通过电泳迁移率实验检测其与单链DNA的结合能力；采用AlphaFold2对Crov372蛋白质进行三级结构预测，根据预测结果对该蛋白质进行截短、取代突变和缺失突变，研究Crov372蛋白与核酸结合调控的关键区域。结果 表达纯化得到Crov372蛋白，三级结构预测显示，该蛋白主要由N端的寡核苷酸结合折叠和长约100个酸性氨基酸富集的C端无序尾巴组成。电泳迁移率实验结果显示全长Crov372蛋白与单链DNA结合能力较弱；对C端进行截短后，截短体随着C端长度的变短，与核酸结合能力显著增强。对C端无序区的一段酸性氨基酸聚集区进行取代突变与缺失突变实验，结果表明减少酸性残基在C端的比例可增强结合能力，该酸性氨基酸簇在调控单链DNA结合蛋白与单链DNA结合中起关键作用。结论 本研究通过实验证实巨病毒中Crov372的单链DNA结合蛋白功能，并揭示其C端无序区对结合活性具有负调控作用，其中酸性氨基酸簇是调控与单链DNA结合的关键区域，为理解SSB蛋白在巨病毒复制中的作用提供了新线索。
HPV分型、病毒载量与宫颈癌局部进展分层及淋巴结转移的相关性研究
王波;王明霞;陈忠光;目的 为明确人乳头瘤病毒（Human papillomavirus,HPV）分型及病毒载量与宫颈癌淋巴结（Lymph node,LN）转移的相关性，并评估病毒学指标的增量预测价值。方法 本研究回顾性纳入2020—2025年确诊的宫颈癌患者108例，提取HPV主导型别（HPV16主导、HPV18主导、其他高危型人乳头瘤病毒（High-risk human papillomavirus,HR-HPV）主导）及最大型别病毒载量（log10(Max load)）等变量。以病理淋巴结转移（LN+/LN-）为主要结局，并以不含淋巴结信息的局部进展分层（Locally advanced stage,LA-stage）作为探索性分层变量（基于国际妇产科联盟（International Federation of Gynecology and Obstetrics,FIGO）2018局部肿瘤范围条目构建，定义为≥IIB并排除IIIC1/IIIC2）及侵袭相关病理特征（淋巴血管间隙侵犯（Lymphovascular space invasion,LVSI）、深肌层浸润、宫旁浸润）为次要结局/分层指标。采用组间比较、二元logistic回归及嵌套模型比较（（赤池信息准则（Akaike information criterion,AIC）、受试者工作特征曲线下面积（Area under the curve,AUC）与似然比检验（Likelihood ratio test,LRT））进行分析。结果 病毒载量在不同分期与淋巴结状态间呈梯度分布，高载量与LAstage及LN转移更为一致相关。模型比较中，LN转移的基线模型AUC为0.780(95%CI:0.691–0.868)，加入HPV主导型别后模型改善有限（LR检验P=0.111,AUC=0.797），进一步加入log10病毒载量后模型拟合与判别能力提高（LRT P=0.005,AUC=0.865）。结论 病毒载量与宫颈癌局部进展分层及LN转移密切相关，并可为围手术期综合评估提供补充信息；相较之下，单纯分型/主导型别带来的增益相对有限。
建国初期上海地区流行性乙型脑炎防控历程与启示
相强宇;张璐;吴宗震;刘欢;本文以1952至1965年间上海地区流行性乙型脑炎防控实践为研究对象，结合档案、地方志、报刊与医学期刊等材料，考察上海地区在乙脑反复流行背景下的防治安排及其运行过程。文章从既往流行基础、季节节律、人群易感差异等环节入手，说明乙脑作为典型蚊媒传染病，其流行与气象条件、人群免疫水平和媒介控制密切相关。继而围绕1952至1956年防控体系起步、1957至1960年策略强化与体系扩展、1961至1963年多种疫情压力下的防控调整、1964至1965年疫情反扑与体系承压四个阶段，梳理上海地区不同时间段乙脑防控的主要做法。研究表明，上海地区乙脑防治逐步形成了监测报告、环境治理和医疗救治相互配合的专病防治模式，并在降低病死率、缓解流行强度方面取得一定成效。同时，卫生观念不足、基层执行受限、城乡差异明显等问题，也持续制约着防控效果。相关历史经验表明，大城市蚊媒传染病防控需要将日常环境管理、基层网络运行、医疗体系协同与流行季应急处置结合起来，才能维持防控工作的稳定。
犬细小病毒主要亚型VP2与NS1密码子使用模式及演化动态分析
阿依达娜·哈尔恒;粟硕;董瑞华;目的探究犬细小病毒（Canine parvovirus, CPV）2a、2b、2c亚型VP2及NS1基因的密码子使用偏好性（Codon usage bias, CUB）及演化特征。方法 基于全球3583条VP2和855条NS1完整编码序列，通过碱基组成、有效密码子数（Effective number of codons, ENC）、相对同义密码子使用度、密码子适应指数（Codon adaptation index, CAI）指标，结合ENC-plot、中性绘图、PR2-plot、时间趋势分析、地区及气候相关性分析等，评估突变压力与自然选择对密码子使用偏好的影响，探究各亚型演化特点及宿主适应性的差异。结果 VP2与NS1基因的ENC值分别约为32.7和37.8，且VP2具有更显著的CpG抑制特征。时间趋势分析显示，CPV-2c的CUB相关指标变动幅度最为显著，两基因的ENC值均随时间显著升高，且宿主适应性呈非对称变化，VP2的CAI值随时间升高，而NS1的CAI值则随时间降低。CPV-2a两个基因的ENC、GC3s与CAI指标均随时间轻微上升；CPV-2b的密码子偏好特征指标随时间的变化较为平稳。此外，亚洲地区CPV序列ENC水平高于其他地区，密码子使用偏好性相对较弱。结论 自然选择是CPV主要亚型VP2和NS1基因密码子使用偏好的主导因素。CPV-2a和CPV-2b的演化模式较CPV-2c相对平稳。CPV-2c的VP2及NS1基因的宿主适应模式值得进一步深入研究。研究可为CPV疫苗优化提供参考，通过NS1密码子去优化增强减毒效果，或优化VP2密码子组成以提升亚单位疫苗的抗原表达效率。
Nrf2/HO-1信号通路在诺如病毒腹泻患儿中的表达与机制
于丽瑞;黄玉焕;周曼丽;目的 探讨核因子E2相关因子2/血红素氧合酶-1(Nuclear factor E2-related factor 2/Heme oxygenase-1,Nrf2/HO-1)信号通路在诺如病毒（Norovirus, NV）感染腹泻患儿中的表达水平及机制，为NV感染腹泻患儿诊治提供参考意见。方法 本研究选取2023年1月至2025年6月于南阳市第一人民医院就诊的NV感染腹泻患儿255例作为研究对象。根据Vesikari评分将NV感染腹泻患儿分为轻度组（n=113）、中度组（n=105）、重度组（n=37），采用酶联免疫吸附试验检测3组患儿血清中氧化应激指标，包括丙二醛（Malondialdehyde, MDA）、超氧化物歧化酶（Superoxide dismutase, SOD）和谷胱甘肽过氧化物酶（Glutathione peroxidase, GSH-Px）水平。实时荧光定量PCR(Quantitative Real-time polymerase chain reaction, qRT-PCR)检测3组患儿外周血中Nrf2、HO-1的表达水平。分析Nrf2、HO-1表达水平与MDA、SOD、GSH-Px及Vesikari评分的相关性，采用受试者工作特征（ROC）曲线分析Nrf2、HO-1表达水平对重度NV感染腹泻的鉴别价值。结果 从轻度组到重度组，Nrf2和HO-1的表达水平逐步降低（P<0.05）。与轻度组相比，中度组、重度组患儿血清MDA水平逐渐升高，而SOD、GSH-Px水平逐渐降低（P<0.05）。相关性分析显示，Nrf2和HO-1的表达水平与血清MDA水平均呈负相关，Nrf2和HO-1的表达水平与血清SOD、GSH-Px活性、Vesikari评分呈正相关（P<0.05）。ROC曲线结果显示，Nrf2、HO-1、两组指标联合检测评估重度NV感染腹泻的曲线下面积（AUC）分别为0.882、0.895、0.949，约登指数分别为0.703、0.745、0.785。结论 NV感染腹泻患儿的疾病严重程度与机体氧化应激水平密切相关。随着病情加重，患儿体内氧化损伤加剧，抗氧化能力减弱，Nrf2/HO-1通路表达降低，其通路表达水平与疾病严重程度相关，联合检测Nrf2、HO-1表达可辅助评估NV感染腹泻的病情。
基于微流控芯片的乙型肝炎病毒快速检测：性能验证与分析
王瑞兴;王茜;魏平;裴保河;郭永豪;目的 本研究旨在验证和评价微流控芯片法在快速检测乙型肝炎病毒(Hepatitis B Virus, HBV)中的性能。方法 通过一系列实验，包括阳性判断值、检出限、重复性、特异性、一致性和同源比对的测试，来全面评估该方法的准确性和可靠性。结果 微流控芯片法阳性判断值确定为Ct≤43，与传统试剂总符合率98.31%、Kappa值0.97；最低检出限为10 IU/mL，定量限为20 IU/mL；强阳性(3×105 IU/mL)、弱阳性(3×102IU/mL)样本检测结果对数值变异系数分别≤5%、≤10%；对丙肝、戊肝等20例非HBV感染样本检测阴性符合率100%;466例样本一致性验证中，阳性符合率98.83%、阴性符合率99.20%、总符合率98.93%、Kappa值0.98;Bland-Altman分析显示96.48%散点在临床可接受偏倚范围内；41例同源血清与血浆样本检测结果无显著性差异(P>0.05)。结论 微流控芯片法作为一种快速、简便且高灵敏度的HBV检测方法，具有在临床应用中广泛推广的潜力。
不同培养条件下CVA16病毒在KMB17细胞上的增殖特性及宿主细胞的相关转录特征分析
龙佳卿;李盈妍;于丽;郑惠文;廖芸;王晶晶;李恒;赵鑫;赵恒;李丹丹;张莹;刘龙丁;目的 手足口病(Hand, foot, and mouth disease, HFMD)是一种在儿童中高发的病毒性传染病，主要病原体为肠道病毒71型(Enterovirus A 71, EVA71)和柯萨奇病毒A16型(Coxsackievirus A16, CVA16)，其中EVA71与严重神经系统并发症及死亡密切相关。随着EVA71疫苗的广泛应用，CVA16逐渐成为主要致病因子，亟需建立高效的大规模疫苗生产工艺。方法 本研究在不同温度(33℃、37℃、38.5℃)及感染复数(Multiplicity of infection,MOI:0.01、0.1、0.5)条件下，将CVA16在KMB17二倍体细胞中连续传代30次，系统评估病毒生长动力学、病毒颗粒完整性、遗传稳定性，并结合单细胞转录组分析宿主细胞应答机制，旨在为优化培养工艺参数、提升病毒产量与质量、保障疫苗生产过程提供科学依据。结果 结果显示，37℃、MOI=0.1为最佳扩增条件，病毒在24～36h达到增殖高峰，滴度可达108.0 CCID50以上，且完整病毒颗粒达78%。基因组测序证实前10代VP1突变率低于0.1%，至P20和P30仍低于0.2%。单细胞分析提示接种病毒后，宿主细胞CXCL8、IER3等生长因子及内质网蛋白加工通路的应答利于促进病毒复制，后期IL6、LDHA等基因进一步上调表明病毒通过调控宿主翻译与细胞周期实现高效复制。结论 本研究表明，在37℃和MOI=0.1条件下有利于CVA16毒株在KMB17二倍体细胞的复制，为大规模生产培养CVA16提供了关键工艺参数。
靶向2型人博卡病毒DR2多肽的单克隆抗体制备及表征分析
德日;张可祥;傅涵浩钰;孙宇;朱汝南;贾立平;赵林清;目的制备针对2型人博卡病毒(Human bocavirus, HBoVs)VP3蛋白DR2多肽的特异性单克隆抗体(Monoclonal antibody,mAb)，并系统鉴定其特异性、亲和力。方法 针对HBoV2与HBoV1 VP3蛋白差异最显著的DR2区，合成特异性多肽并免疫BALB/c小鼠。通过细胞融合、杂交瘤筛选法，获得稳定分泌抗HBoV2-DR2单克隆抗体的杂交瘤细胞株。采用酶联免疫吸附(Enzyme linked immunosorbent assay,ELISA)、间接免疫荧光(Indirect Immunofluorescence Assay,IFA)鉴定抗体的特异性；利用生物膜层干涉技术(Bio-Layer Interferometry,BLI)测定抗体亲和力常数(KD)。结果 成功获得一株稳定分泌抗HBoV2-DR2 mAb的杂交瘤细胞株，命名为3A6，亚类鉴定为IgG1/κ型。ELISA和IFA结果显示，mAb 3A6与原核表达的HBoV2 VP3及表达HBoV2 VP3的细胞呈强阳性反应，而与HBoV1 VP3仅存在弱反应，与表达HBoV1 VP3的细胞未见阳性反应；在BLI检测中，其与HBoV2 VP3亲和力高，KD值达2.09×10?10M，与HBoV1 VP3未见显著结合，无KD值；提示3A6的区别于HBoV1的HBoV2型特异性。结论 本研究成功制备了一株具有高亲和力的抗HBoV2 DR2区的单克隆抗体，为HBoV2诊断试剂及药物研发奠定基础。