目的 为了揭示埃可病毒3型(Echovirus 3, E3)的分子进化特征与流行规律，完善其基因分型方法，阐明其在中国及全球的分子流行病学特征，为E3的防控策略制定提供科学依据。方法 基于本实验室收集的2003-2023年30株E3毒株，对全长VP1区进行扩增、测序，并结合GenBank中全球99条E3 VP1全长序列(45条中国序列和54条国外序列)进行系统发育分析。利用BEAST X软件估计进化速率、共同祖先时间(The most recent common ancestor, tMRCA)及有效种群大小，对代表性毒株进行全基因组测序与重组分析。结果 75株中国E3分离株与原型株Morrisey的VP1区核苷酸相似度为79.7%–82.8%。系统进化分析将全球E3划分为A–E五个基因型，其中C和D基因型可进一步划分为C1–C6和D1–D4亚型。C基因型为全球当前优势基因型，中国优势基因型与全球一致。全球E3 VP1区平均进化速率为2.95×10-3每个碱基每年，最近共同祖先追溯至1944年，中国E3分离株起源较晚(tMRCA为1981年)。全球E3经历了从A基因型到B、C、D基因型共同流行再到C基因型主要流行的更替，而中国流行的E3起源于1981年，由B基因型更替到C基因型。VP1区氨基酸突变位点分析发现不同基因型存在特异性突变位点，这为C基因型取代B基因型提供了线索。全基因组重组分析提示E3在非结构蛋白区(P2、P3)与EV-B组其他血清型存在重组。结论 本研究完善了全球E3基于全长VP1的基因分型方法，揭示了E3在中国及全球的分子流行特征，明确了其进化历程和基因型更替规律，发现了不同基因型的特异性突变位点，证实了E3存在重组现象，为其防控策略制定提供了关键依据。
目的 探讨北京地区流行的埃可病毒18型（Echovirus 18, E18）基因组、病毒进化及体外感染特征。方法 对2010年3月至2019年10月收集的首都医科大学附属首都儿童医学中心诊断为手足口病、疱疹性咽峡炎等的患儿咽拭子样本通过实时荧光定量PCR(rRT-PCR)进行了通用型肠道病毒（pan-Enterovirus, pan-EV）及肠道病毒A组71型（Enterovirus A71, EV-A71）、柯萨奇病毒A(Coxsackievirus A,CVA)组16型（CVA16）、CVA6及CVA10回顾性筛查；对确定为pan-EV阳性但不能确定血清型的样本，经RT-PCR扩增VP1编码区，通过序列分析进行分型；确定为埃可病毒18型（E18）阳性的样本接种RD细胞，获得分离株，进行宏基因组测序获得全长基因组序列，确定基因型；多方法（RDP4、SimPlot、系统进化树）进行重组事件分析。通过rRT-PCR绘制生长曲线，比较RD与Hep-2细胞中代表株感染特征。结果 7652例样本中，E18阳性17例（0.20%,17/7652）;RD细胞中成功分离到14株，VP1编码区全序列分析显示所有分离株均属C2基因亚型，与我国既往流行株聚为一簇。以s6868为代表株，基因组全长7412 nt，与原型株（Metcalf）核苷酸序列相似性为80.30%,7种算法均提示其在P3编码区（4006-6592 nt）与CVB5重组。增殖实验表明，在RD细胞中E18 RNA拷贝数在感染12h后从lg6.5934±0.1714拷贝/μL增加至lg8.1852±0.2712拷贝/μL，在48h(lg9.3356±0.3829拷贝/μL)达到平台期，高于其在感染Hep-2细胞12h后的lg5.7121±0.1585拷贝/μL。结论 2010-2019年北京地区流行的E18分离株均属于C2基因亚型，s6868毒株在P3编码区与CVB5可能存在重组。E18在RD细胞中的增殖效率高于Hep-2细胞，RD细胞可作为E18体外研究细胞模型。
目的 阐明柯萨奇病毒A16(Coxsackievirus A16, CVA16)在跨宿主适应过程中毒力增强的分子基础，并构建从母株（P0株）到小鼠适应株（P5株）的表型与遗传演化框架，为解析其宿主适应性机制提供理论依据。方法 以临床分离的CVA16母株（P0株）为起始毒株，通过在ICR乳鼠体内连续传代构建小鼠适应性毒株，建立P0株至P5株的完整演化谱系。利用全基因组测序技术比较P0株与P5株的遗传变异差异，结合RD细胞感染实验与乳鼠攻毒实验，系统评估不同代次毒株的体外复制能力、体内致病性及靶器官组织病理学改变。通过病毒结合试验与内化试验，解析CVA16毒力增强的可能分子机制。结果 基因组比对分析明确了P0株与P5株间的变异特征，其中VP1的关键突变定位于病毒入侵相关功能区域。体内外表型验证显示，P5株相较于P0母株呈现显著增强的复制能力与致病性：在RD细胞中可诱导更高水平的病毒颗粒产生及病毒RNA复制；对乳鼠攻毒后，能引发快速体重下降、后肢麻痹等典型症状，且致死率达100%；在乳鼠骨骼肌、肺和脊髓中，病毒滴度显著升高，并造成更严重的组织炎性浸润与结构损伤。机制研究证实，P5株毒力升高主要与病毒内化效率及后续胞内复制能力的提升有关，而病毒与宿主细胞的初始结合能力无显著差异。结论 本研究揭示CVA16在小鼠适应过程中，其毒力增强是由多层次遗传变异驱动的结果，其中病毒进入效率和胞内复制能力的提升是关键调控因素。本研究为理解CVA16跨宿主适应机制及神经系统致病机理提供了试验证据，也为靶向病毒结构功能域的抗病毒药物研发及疫苗设计奠定了基础。
目的 近年来，柯萨奇病毒A组6型(CoxsackievirusA6, CVA6)成为国内手足口病(Hand, foot, and mouth disease, HFMD)的主要血清型，2013年起，中国CVA6流行基因型已由D2基因亚型演变成D3a基因亚型，本研究旨在分析这两种基因亚型在乳鼠体内致病力差异及潜在分子机制，为疾病防控与疫苗研发提供依据。方法 研究选取代表性的两株D2和四株D3a基因亚型CVA6毒株，以106半数组织培养细胞感染剂量(50%Tissue Culture Infectious Dose, TCID50)肌肉注射感染1日龄ICR乳鼠，观察六株病毒对小鼠的生存曲线、体重、临床评分，检测乳鼠脑组织病毒滴度，结合组织病理学与免疫组化的结果，分析P1编码区氨基酸序列并预测蛋白结构。结果 D2和D3a基因亚型CVA6在乳鼠脑组织的病毒滴度最高分别为103.875 TCID50和102.25TCID50，存在显著统计学差异(P<0.05);233/HeB/CHN/2011株(D2基因亚型)感染组乳鼠脑组织出现神经元变性坏死、尼氏体丢失及明显炎性反应，同时免疫组化检测显示VP2抗原阳性；26/YC/CHN/2023株(D3a基因亚型)感染组乳鼠脑组织中未见明显损伤，无抗原检出。氨基酸序列比对结果发现，两株病毒在VP2-172、VP3-49和VP1-242等关键位点存在异亮氨酸(I)/缬氨酸(V)替换；单点氨基酸替换后预测其蛋白结构，结果显示，VP1-54和VP1-90位点氨基酸替换改变了VP1环区氢键网络与表面电荷分布，可能影响病毒衣壳结构稳定性、受体亲和力及致病力。结论 本研究结果显示CVA6不同基因亚型(D2与D3a)毒株间的神经致病力差异，并借助蛋白结构预测，筛选出影响病毒致病力的关键氨基酸位点，这些位点可作为CVA6分子流行病学监测与流行风险预警的重要位点。
目的 本研究旨在系统评估2023-2024年西藏自治区健康儿童肠道病毒（Enterovirus,EV）的流行特征，为区域性病毒监测和疾病预防提供依据。方法 本研究纳入456份健康儿童粪便样本进行分析，通过实时荧光聚合酶链反应（Real-time reverse-transcription polymerase chain reaction,real-time RT-PCR）进行EV筛查，采用逆转录PCR对阳性样本扩增并测序VP1区，并对测定的序列进行分子分型及系统发育分析。结果 EV总体检出率为21.71%(99/456)，分属Enterovirus alphacoxsackie、Enterovirus betacoxsackie和Enterovirus coxsackiepol，其中Enterovirus betacoxsackie占比最高（54.55%,54/99）。主要检出血清型包括Coxsackievirus A4(CVA4,26/99,26.26%)、Coxsackievirus B5(CVB5,23/99,23.23%)、Coxsackievirus B4(CVB4,14/99,14.14%)、Coxsackievirus B2(CVB2,10/99,10.10%)及Poliovirus type 3(PV3,9/99,9.09%)等。EV感染集中于3–5岁儿童阶段，性别差异无统计学意义。地区分布结果表明，拉萨市检出的EV型别最为丰富，日喀则及阿里地区以CVA4和CVB组为主，山南市CVB5型比例最高。系统发育分析显示，西藏自治区分离的CVB2、CVB4和CVB5均属各自血清型的D基因型，与国内外流行株具有较近系统进化关系。结论 本研究揭示了2023–2024年西藏自治区EV的流行现状，结合2020-2022的既往监测数据，发现CVB组病毒活跃度有所抬升，亟需对该地区CVB组病毒进行持续性监测和应对性防控。
目的 近年来，新型肠道病毒B75型(Enterovirus B75, EV-B75)在全球多地出现病例，可引起急性弛缓性麻痹等严重症状。但因病例稀少，其致病机制及引发严重疾病的机制尚未明确。本研究旨在通过构建EV-B75感染动物模型，明确其致病性和组织嗜性，为后续研究其致病机理等提供基础。方法 以2日龄I型干扰素受体缺陷型(Type I interferon receptor gene-knockout, IFNAR-/-)乳鼠为实验对象，经肌肉注射构建EV-B75感染模型，并通过体重检测、临床评分，生存率监测和测定各脏器组织中病毒载量来评估其致病性。采用HE染色观察组织病理变化，对肌肉组织进行RNA测序并通过GO、KEGG分析差异表达基因功能与通路。结果 感染乳鼠自第2天起出现生长迟滞，至第6天时实验组平均体重(1.7g)显著低于对照组(3.6g)。在感染后第4天，90%的乳鼠出现后肢麻痹症状，并于第6天全部死亡。脑和骨骼肌中病毒载量持续升高，并于第6天达到峰值(分别为105.5TCID50、10~7TCID50)。多脏器出现炎症损伤，以脑部水肿、骨骼肌纤维排列紊乱及断裂溶解最为突出。转录组测序分析共鉴定出1870个差异表达基因，显著富集于炎症小体激活、活性氧代谢、T细胞活化及JAK-STAT等免疫相关通路。结论EV-B75在IFNAR-/-乳鼠中表现出强神经侵袭性和高致病性，骨骼肌或为早期主要复制靶器官，病毒可经其扩散至脑等组织；差异表达基因在JAK-STAT等信号通路中显著富集，提示该通路异常激活及介导的过度炎症反应，可能是EV-B75感染后病毒复制增强、组织严重损伤的关键机制。本感染模型为探索EV-B75的致病机制及潜在抗病毒策略提供了重要实验平台。
目的 系统评价金振口服液（Jinzhen oral liquid, JZOL）对甲型H1N1流感病毒PR8株（H1N1/PR8）及呼吸道合胞病毒（Respiratory syncytial virus, RSV）感染所致肺炎小鼠模型的治疗作用，通过网络药理学方法研究JZOL治疗H1N1与RSV感染致肺炎的作用机制，为JZOL的临床应用提供实验药理学依据。方法 建立H1N1/PR8病毒感染的小鼠肺炎模型，观察JZOL对小鼠肺指数、肺组织病毒载量和死亡保护的作用。建立RSV病毒感染的小鼠肺炎模型，考察JZOL对小鼠肺指数及肺指数抑制率的影响。利用中药系统药理学数据库和分析平台筛选JZOL中药物的活性成分与作用靶点，通过GeneCards数据库检索H1N1与RSV相关靶点，统一利用Uniprot数据库进行标准化，采用Cytoscape 3.10.4软件建立JZOL成分-靶点网络图，借助Venny 2.1.0在线平台获取JZOL药物靶点分别与H1N1和RSV疾病靶点的交集靶点，将交集靶点上传至STRING 12.0数据库获得蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）关系网络，并在Metascape平台中进行基因本体（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析。结果 JZOL3个剂量组均可不同程度的降低H1N1/PR8感染小鼠和RSV病毒感染小鼠肺指数，在H1N1/PR8感染模型中，JZOL还能有效降低肺组织病毒载量，并对感染小鼠表现出明确的死亡保护作用。通过TCMSP平台筛选出JZOL主要活性成分141个，对应作用靶点238个，JZOL-H1N1交集靶点61个，JZOL-RSV交集靶点112个，PPI网络分析提示，JZOL治疗H1N1可能关键作用于AKT1、IL-6、TNF、IL1B、TP53等靶点；治疗RSV则可能涉及IL-6、TNF、AKT1、IL1B、JUN等核心靶标。GO与KEGG富集分析表明，JZOL可能通过调控炎症反应、细胞凋亡、免疫应答等生物学过程，并作用于AGE-RAGE、IL-17、TNF、流感病毒感染、PI3K-Akt等多条信号通路，从而发挥治疗作用。结论 研究结果表明JZOL对H1N1/PR8流感病毒和RSV病毒感染肺炎小鼠具有显著治疗效果，其治疗作用通过多成分、多靶点、多通路发挥。
目的基于入血成分探讨开痹补肺汤治疗病毒性肺炎急性呼吸窘迫综合征（Acute respiratory distress syndrome, ARDS）的药效物质基础及潜在作用机制。方法 采用超高效液相色谱-四级杆-静电场轨道阱质谱（UHPLC-Q-Orbitrap-MS）技术分析小鼠灌胃开痹补肺汤后的入血成分。运用网络药理学方法，预测入血成分的作用靶点，并与病毒性肺炎ARDS疾病靶点进行交集分析，构建蛋白互作（PPI）网络，进行基因本体（GO）功能与京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。通过甲型流感病毒（PR8株）滴鼻感染C57BL/6J小鼠建立病毒性肺炎ARDS模型，评估开痹补肺汤对小鼠肺指数、肺组织病理损伤、血清炎症因子（TNF-α、IL-6、IL-1β、CXCL10）水平及肺组织NF-κB p65蛋白表达的影响。结果 共鉴定出58个开痹补肺汤入血成分。网络药理学筛选出86个药物-疾病交集靶点，GO和KEGG富集分析表明这些靶点显著富集于炎症反应、免疫调节等生物过程，其中NF-κB信号通路是关键通路。动物实验证实，开痹补肺汤能显著降低模型小鼠的肺指数，减轻肺泡结构破坏和炎细胞浸润，抑制血清中TNF-α、IL-6和CXCL10的升高，并下调肺组织中NF-κB p65的蛋白表达水平。结论 开痹补肺汤可能通过其多种入血成分，协同作用于NF-κB信号通路等关键靶点，抑制过度炎症反应，从而发挥治疗病毒性肺炎ARDS的作用。
目的 苍麻化毒颗粒治疗呼吸道病毒感染的药效作用、调节炎症与免疫功能的作用已得到初步验证。本项研究旨在揭示苍麻化毒颗粒通过调节血清/粪便代谢与肠道菌群发挥药效作用的机制。方法 通过肺指数、病毒载量指标，评价苍麻化毒颗粒的药效作用。通过代谢组学与肠道菌群测序方法，分析苍麻化毒颗粒分别对血清/粪便代谢与肠道菌群的调节作用。结果 在血清代谢调节中FDR值<0.05且排名前十的差异代谢物中，苍麻化毒颗粒显著改善模型对照组异常表达的代谢物7种；显著调节模型对照组11条显著变化代谢通路中的5条，包括蛋白质代谢与吸收，癌症相关的中心碳代谢，矿物质吸收等；在粪便代谢调节中FDR值<0.05且排名前十的差异代谢物中，苍麻化毒颗粒显著改善模型对照组异常表达的代谢物2种；显著干预模型对照组26条显著变化代谢通路中的6条，包括精氨酸产物合成，肠道免疫网络与IgA生成，亚油酸代谢等。相关性分析结果显示同一种差异代谢物与多种代谢物密切相关。肠道菌群测序结果显示，各组样本间的物种组成存在一定差异，苍麻化毒颗粒可显著抑制模型对照组瘤胃球菌（属）相对丰度的降低。结论 苍麻化毒颗粒可以调节多条代谢通路，对肠道菌群具有一定的调节作用，其药效作用机制可能与之相关。
目的 为深入探究非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)CP312R蛋白的生物学特性，通过2株与CP312R蛋白发生特异性反应的单克隆抗体，识别出该蛋白的一个线性抗原表位，通过合成多肽与ASF阳性临床猪血清反应，确认阳性血清中含有该线性抗原表位的抗体。方法 通过原核表达一系列CP312R蛋白截短体多肽，使用此前制备的两株单克隆抗体进行Western blot试验，鉴定出单克隆抗体结合位点。进一步诱导表达截短重叠蛋白，与两株单克隆抗体进行Western blot反应，鉴定该蛋白的线性抗原表位。继而合成包含该抗原表位的多肽，与ASF临床阳性猪血清进行ELISA反应。结果 初步鉴定出这两株单克隆抗体结合位点为117GLTVKKNEQG126氨基酸，进而通过截短重叠蛋白鉴定出CP312R蛋白1个核心线性抗原表位，即118LTVK121。对ASFV不同基因型比对发现，该位置在ASFV Ⅰ/Ⅱ型重组毒株和基因Ⅰ型、Ⅱ型、Ⅳ型、Ⅸ型、ⅩⅩ型、ⅩⅫ型中高度保守。包含该抗原表位的多肽与ASF临床阳性猪血清进行ELISA反应，显示血清中含有该抗原表位的抗体，证明猪感染ASFV后可以产生针对该抗原表位的抗体。结论 上述研究结果有助于了解ASFV CP312R的抗原表位，为开发更精准的ASF血清学诊断方法和设计基于CP312R蛋白的疫苗候选抗原提供了理论依据。
2026年1月8日，Elsevier 旗下 Scopus 数据库评审部正式致函《病毒学报》编辑部：经 Scopus Content Selection & Advisory Board（CSAB）评审，《病毒学报》（Chinese Journal of Virology）被Scopus数据库批准收录。
Scopus 是全球规模最大的同行评议文献摘要与引文数据库，覆盖 7 000 余家出版机构的 2.9 万余种学术期刊，其遴选标准涵盖出版规范、同行评审、国际化程度、引用表现等 40 余项量化指标。
《病毒学报》此次被 Scopus 数据库收录，是继入选《中文核心期刊要目总览》2023 年版（北大核心）之后获得的又一突破性进展，标志着本刊在学术质量与编辑标准化方面获得国际权威数据库的认可，不仅使本刊论文进入全球科研人员的视野，也将进一步提升我国病毒学研究的国际显示度与学术话语权。
《病毒学报》将以此为契机，继续严格执行同行评审制度，加快中英双语出版与数字化传播，努力将《病毒学报》建设成为具有全球影响力的病毒学期刊，为推动我国乃至全球病毒病防控和生物医药创新贡献更大力量。
